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- PDB-7ljc: Allosteric modulator LY3154207 binding to SKF-81297-bound dopamin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ljc
タイトルAllosteric modulator LY3154207 binding to SKF-81297-bound dopamine receptor 1 in complex with miniGs protein
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 2
  • D(1A) dopamine receptor
  • Engineered human Gs alpha subunit
  • Nanoboy 35
キーワードSIGNALING PROTEIN / Dopamine receptor 2 (ドーパミン受容体) / Gs protein (Gsタンパク質αサブユニット) / SKF-81297 / PAM / LY3154207
機能・相同性
機能・相同性情報


dopamine neurotransmitter receptor activity / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / ドーパミン受容体 / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / オペラント条件づけ / dopamine binding / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / modification of postsynaptic structure / heterotrimeric G-protein binding / 感作 ...dopamine neurotransmitter receptor activity / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / ドーパミン受容体 / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / オペラント条件づけ / dopamine binding / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / modification of postsynaptic structure / heterotrimeric G-protein binding / 感作 / regulation of dopamine metabolic process / dopamine transport / 蠕動 / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor complex / grooming behavior / positive regulation of neuron migration / 馴化 / astrocyte development / conditioned taste aversion / positive regulation of potassium ion transport / striatum development / dentate gyrus development / maternal behavior / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Ca2+ pathway / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (z) signalling events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / arrestin family protein binding / non-motile cilium / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / adult walking behavior / G alpha (i) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / mating behavior / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / long-term synaptic depression / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / ciliary membrane / G alpha (q) signalling events / photoreceptor outer segment membrane / dopamine receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / temperature homeostasis / spectrin binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / dopamine metabolic process / transmission of nerve impulse / glucose import / behavioral response to cocaine / PKA activation in glucagon signalling / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / hair follicle placode formation / photoreceptor outer segment / developmental growth / G-protein alpha-subunit binding / neuronal action potential / intracellular transport / GABA-ergic synapse / D1 dopamine receptor binding / behavioral fear response / positive regulation of cAMP-mediated signaling / Hedgehog 'off' state / prepulse inhibition / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cardiac muscle cell apoptotic process / synapse assembly
類似検索 - 分子機能
Dopamine D1 receptor / Dopamine receptor family / G-protein alpha subunit, group S / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...Dopamine D1 receptor / Dopamine receptor family / G-protein alpha subunit, group S / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / Chem-G4C / パルミチン酸 / Chem-SK0 / D(1A) dopamine receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Bos taurus (ウシ)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhuang, Y. / Krumm, B. / Zhang, H. / Zhou, X.E. / Wang, Y. / Guo, J. / Huang, X.-P. / Liu, Y. / Wang, L. / Cheng, X. ...Zhuang, Y. / Krumm, B. / Zhang, H. / Zhou, X.E. / Wang, Y. / Guo, J. / Huang, X.-P. / Liu, Y. / Wang, L. / Cheng, X. / Jiang, Y. / Jiang, H. / Melcher, K. / Zhang, C. / Yi, W. / Roth, B.L. / Zhang, Y. / Xu, H.E.
資金援助 中国, 米国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81922071 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770796 中国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)RO1MH112205 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128641 米国
引用
ジャーナル: Cell Res / 年: 2021
タイトル: Mechanism of dopamine binding and allosteric modulation of the human D1 dopamine receptor.
著者: Youwen Zhuang / Brian Krumm / Huibing Zhang / X Edward Zhou / Yue Wang / Xi-Ping Huang / Yongfeng Liu / Xi Cheng / Yi Jiang / Hualiang Jiang / Cheng Zhang / Wei Yi / Bryan L Roth / Yan Zhang / H Eric Xu /
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Mechanism of dopamine binding and allosteric modulation of the human D1 dopamine receptor
著者: Zhuang, Y. / Krumm, B. / Zhang, H. / Zhou, X.E. / Wang, Y. / Guo, J. / Huang, X.-P. / Liu, Y. / Wang, L. / Cheng, X. / Jiang, Y. / Jiang, H. / Melcher, K. / Zhang, C. / Yi, W. / Roth, B.L. / Zhang, Y. / Xu, H.E.
履歴
登録2021年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23390
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: D(1A) dopamine receptor
A: Engineered human Gs alpha subunit
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
N: Nanoboy 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,61519
ポリマ－146,0165
非ポリマー4,59914
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 RA

#1: タンパク質 D(1A) dopamine receptor / Dopamine D1 receptor


分子量: 55668.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DRD1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21728
#2: タンパク質 Engineered human Gs alpha subunit


分子量: 29048.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63092*PLUS

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 2種, 2分子 BG

#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 39020.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gnb1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P54311
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7432.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63212

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抗体 , 1種, 1分子 N

#5: 抗体 Nanoboy 35


分子量: 14845.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 14分子

#6: 化合物 ChemComp-SK0 / (1R)-6-chloro-1-phenyl-2,3,4,5-tetrahydro-1H-3-benzazepine-7,8-diol / 1β-フェニル-6-クロロ-2,3,4,5-テトラヒドロ-1H-3-ベンゾアゼピン-7,8-ジオ-ル


分子量: 289.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16ClNO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-G4C / 2-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-1-[(1S,3R)-3-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-(3-methyl-3-oxidanyl-butyl)-3,4-dihydro-1H-isoquinolin-2-yl]ethanone


分子量: 450.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29Cl2NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#9: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: LY3154207 and SKF-81297-bound dopamine receptor 1 in complex with Gi protein
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
31Bos taurus (ウシ)9913
41Lama glama (ラマ)9844
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
21Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212256 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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