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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wfs | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Hepatitis B virus T=4 capsid in complex with the antiviral molecule DBT1 | ||||||
要素 | Capsid proteinカプシド | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / capsid (カプシド) / antiviral (抗ウイルス薬) / HBV | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hepatitis B virus genotype D subtype adw (B型肝炎ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||
データ登録者 | Schlicksup, C. / Laughlin, P. / Dunkelbarger, S. / Wang, J.C. / Zlotnick, A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2020 タイトル: Local Stabilization of Subunit-Subunit Contacts Causes Global Destabilization of Hepatitis B Virus Capsids. 著者: Christopher John Schlicksup / Patrick Laughlin / Steven Dunkelbarger / Joseph Che-Yen Wang / Adam Zlotnick / 要旨: Development of antiviral molecules that bind virion is a strategy that remains in its infancy, and the details of their mechanisms are poorly understood. Here we investigate the behavior of DBT1, a ...Development of antiviral molecules that bind virion is a strategy that remains in its infancy, and the details of their mechanisms are poorly understood. Here we investigate the behavior of DBT1, a dibenzothiazepine that specifically interacts with the capsid protein of hepatitis B virus (HBV). We found that DBT1 stabilizes protein-protein interaction, accelerates capsid assembly, and can induce formation of aberrant particles. Paradoxically, DBT1 can cause preformed capsids to dissociate. These activities may lead to (i) assembly of empty and defective capsids, inhibiting formation of new virus, and (ii) disruption of mature viruses, which are metastable, to inhibit new infection. Using cryo-electron microscopy, we observed that DBT1 led to asymmetric capsids where well-defined DBT1 density was bound at all intersubunit contacts. These results suggest that DBT1 can support assembly by increasing buried surface area but induce disassembly of metastable capsids by favoring asymmetry to induce structural defects. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wfs.cif.gz | 110.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wfs.ent.gz | 88.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wfs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/6wfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/6wfs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16791.104 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-149 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis B virus genotype D subtype adw (B型肝炎ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03147 #2: 化合物 | ChemComp-U0A / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Hepatitis B virus genotype D subtype adw / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus genotype D subtype adw (B型肝炎ウイルス) 株: isolate United Kingdom/adyw/1979 | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 33 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 679 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 24823 | |||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11080 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient | |||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6BVF PDB chain-ID: A / Accession code: 6BVF / Pdb chain residue range: 1-143 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |