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- PDB-6u5k: CryoEM Structure of Pyocin R2 - postcontracted - baseplate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u5k
タイトルCryoEM Structure of Pyocin R2 - postcontracted - baseplate
要素
  • Glue PA0627
  • Sheath Initiator PA0617
  • Sheath PA0622
  • Tri1a PA0618
  • Tri2 PA0619
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / bacteriocin (バクテリオシン) / pyocin
機能・相同性
機能・相同性情報


Tail protein I / Phage tail protein (Tail_P2_I) / Phage Tail Protein X-like / Baseplate assembly protein J, predicted / Phage Tail Protein X / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Tail sheath protein, subtilisin-like domain ...Tail protein I / Phage tail protein (Tail_P2_I) / Phage Tail Protein X-like / Baseplate assembly protein J, predicted / Phage Tail Protein X / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable bacteriophage protein / Probable bacteriophage protein / Probable bacteriophage protein / Phage tail protein / Probable bacteriophage protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ge, P. / Avaylon, J. / Scholl, D. / Shneider, M.M. / Browning, C. / Buth, S.A. / Plattner, M. / Ding, K. / Leiman, P.G. / Miller, J.F. / Zhou, Z.H.
資金援助 米国, スイス, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI085318 米国
Swiss National Science Foundation31003A_146284 スイス
National Science Foundation (NSF, United States)XSEDE MCB140140 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Action of a minimal contractile bactericidal nanomachine.
著者: Peng Ge / Dean Scholl / Nikolai S Prokhorov / Jaycob Avaylon / Mikhail M Shneider / Christopher Browning / Sergey A Buth / Michel Plattner / Urmi Chakraborty / Ke Ding / Petr G Leiman / Jeff ...著者: Peng Ge / Dean Scholl / Nikolai S Prokhorov / Jaycob Avaylon / Mikhail M Shneider / Christopher Browning / Sergey A Buth / Michel Plattner / Urmi Chakraborty / Ke Ding / Petr G Leiman / Jeff F Miller / Z Hong Zhou /
要旨: R-type bacteriocins are minimal contractile nanomachines that hold promise as precision antibiotics. Each bactericidal complex uses a collar to bridge a hollow tube with a contractile sheath loaded ...R-type bacteriocins are minimal contractile nanomachines that hold promise as precision antibiotics. Each bactericidal complex uses a collar to bridge a hollow tube with a contractile sheath loaded in a metastable state by a baseplate scaffold. Fine-tuning of such nucleic acid-free protein machines for precision medicine calls for an atomic description of the entire complex and contraction mechanism, which is not available from baseplate structures of the (DNA-containing) T4 bacteriophage. Here we report the atomic model of the complete R2 pyocin in its pre-contraction and post-contraction states, each containing 384 subunits of 11 unique atomic models of 10 gene products. Comparison of these structures suggests the following sequence of events during pyocin contraction: tail fibres trigger lateral dissociation of baseplate triplexes; the dissociation then initiates a cascade of events leading to sheath contraction; and this contraction converts chemical energy into mechanical force to drive the iron-tipped tube across the bacterial cell surface, killing the bacterium.
履歴
登録2019年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20648
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Sheath PA0622
G: Glue PA0627
M: Tri1a PA0618
0: Tri2 PA0619
B: Sheath Initiator PA0617
1: Tri2 PA0619
5: Tri2 PA0619
4: Tri2 PA0619
3: Tri2 PA0619
2: Tri2 PA0619
b: Sheath PA0622
f: Sheath PA0622
e: Sheath PA0622
d: Sheath PA0622
c: Sheath PA0622
A: Sheath Initiator PA0617
F: Sheath Initiator PA0617
E: Sheath Initiator PA0617
D: Sheath Initiator PA0617
C: Sheath Initiator PA0617
N: Tri1a PA0618
R: Tri1a PA0618
Q: Tri1a PA0618
P: Tri1a PA0618
O: Tri1a PA0618
H: Glue PA0627
L: Glue PA0627
K: Glue PA0627
J: Glue PA0627
I: Glue PA0627
g: Sheath PA0622
S: Tri1a PA0618
h: Sheath PA0622
l: Sheath PA0622
k: Sheath PA0622
j: Sheath PA0622
i: Sheath PA0622
T: Tri1a PA0618
X: Tri1a PA0618
W: Tri1a PA0618
V: Tri1a PA0618
U: Tri1a PA0618
m: Sheath PA0622
n: Sheath PA0622
s: Sheath PA0622
r: Sheath PA0622
q: Sheath PA0622
p: Sheath PA0622
o: Sheath PA0622
t: Sheath PA0622
x: Sheath PA0622
w: Sheath PA0622
v: Sheath PA0622
u: Sheath PA0622


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,609,94754
ポリマ－1,609,94754
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Sheath PA0622


分子量: 41247.332 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: G3XD39
#2: タンパク質
Glue PA0627


分子量: 7486.475 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: G3XD62
#3: タンパク質
Tri1a PA0618


分子量: 31986.117 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: G3XCX5
#4: タンパク質
Tri2 PA0619


分子量: 20013.682 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: G3XD92
#5: タンパク質
Sheath Initiator PA0617


分子量: 11862.759 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
参照: UniProt: G3XD42

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pyocin R2 - Postcontracted / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2130 mMSaltNaCl塩化ナトリウム1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2160 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2160 nm / Calibrated defocus min: 1100 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 81 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7331
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 10 eV / エネルギーフィルター 下限: -10 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 3-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN1.8粒子像選択
2Leginon3.2画像取得
4RELION1.4CTF補正
9PHENIX1.13モデル精密化
11RELION1.4最終オイラー角割当
13RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 36116
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15581 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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