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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r7l | ||||||||||||
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タイトル | Ribosome-bound SecYEG translocon in a nanodisc | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() protein insertion into membrane from inner side / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Kater, L. / Beckmann, R. / Kedrov, A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Partially inserted nascent chain unzips the lateral gate of the Sec translocon. 著者: Lukas Kater / Benedikt Frieg / Otto Berninghausen / Holger Gohlke / Roland Beckmann / Alexej Kedrov / ![]() 要旨: The Sec translocon provides the lipid bilayer entry for ribosome-bound nascent chains and thus facilitates membrane protein biogenesis. Despite the appreciated role of the native environment in the ...The Sec translocon provides the lipid bilayer entry for ribosome-bound nascent chains and thus facilitates membrane protein biogenesis. Despite the appreciated role of the native environment in the translocon:ribosome assembly, structural information on the complex in the lipid membrane is scarce. Here, we present a cryo-electron microscopy-based structure of bacterial translocon SecYEG in lipid nanodiscs and elucidate an early intermediate state upon insertion of the FtsQ anchor domain. Insertion of the short nascent chain causes initial displacements within the lateral gate of the translocon, where α-helices 2b, 7, and 8 tilt within the membrane core to "unzip" the gate at the cytoplasmic side. Molecular dynamics simulations demonstrate that the conformational change is reversed in the absence of the ribosome, and suggest that the accessory α-helices of SecE subunit modulate the lateral gate conformation. Site-specific cross-linking validates that the FtsQ nascent chain passes the lateral gate upon insertion. The structure and the biochemical data suggest that the partially inserted nascent chain remains highly flexible until it acquires the transmembrane topology. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10880.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 48553.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Stalled E. coli ribosome nascent chain complex (RNC) bound to the translocon SecYEG in a nanodisc タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 2.5 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 13098 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 837184 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112366 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT |