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- PDB-6gsn: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gsn
タイトルStructure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 17
  • (Eukaryotic translation initiation factor ...) x 10
  • 18S rRNA (1798-MER)
  • 60S ribosomal protein L41-Aリボソーム
  • KLLA0A07194p
  • KLLA0A10483p
  • KLLA0B01474p
  • KLLA0B01562p
  • KLLA0B06182p
  • KLLA0B08173p
  • KLLA0D08305p
  • KLLA0D10659p
  • KLLA0E12277p
  • KLLA0E23673p
  • KLLA0F07843p
  • KLLA0F09812p
  • KLLA0F18040p
  • KLLA0F25542p
  • RPS2340S ribosomal protein S23
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • mRNA伝令RNA
  • tRNAi (75-MER)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / initiation factors / 40S / eIF1A / eIF3 (EIF3) / eIF2 / tRNAi / 48S PIC / small ribosome subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of translation initiation ternary complex / Cellular response to mitochondrial stress / Recycling of eIF2:GDP / selenocysteine metabolic process / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / ABC-family proteins mediated transport / methionyl-initiator methionine tRNA binding / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex ...formation of translation initiation ternary complex / Cellular response to mitochondrial stress / Recycling of eIF2:GDP / selenocysteine metabolic process / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / ABC-family proteins mediated transport / methionyl-initiator methionine tRNA binding / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / selenocysteine insertion sequence binding / incipient cellular bud site / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase / cytoplasmic translational initiation / formation of translation preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / positive regulation of translational fidelity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Formation of a pool of free 40S subunits / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal small subunit binding / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / 90S preribosome / translational initiation / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / リボソーム / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / positive regulation of protein phosphorylation / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / GTP binding / protein kinase binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G, N-terminal / eIF3G, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G, N-terminal / eIF3G, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / SUI1 domain / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / IF2a, S1-like domain / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S1 domain profile. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / : / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / RS4NT (NUC023) domain / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal family S4e
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / メチオニン / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G ...PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / メチオニン / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / Small ribosomal subunit protein eS32A / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor eIF-1 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 1A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p / KLLA0F09812p / KLLA0F07843p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / KLLA0E23673p / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / KLLA0E12277p / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / KLLA0D10659p / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / KLLA0B08173p / Small ribosomal subunit protein uS8 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S4 / KLLA0B01562p / KLLA0B01474p / KLLA0A10483p / KLLA0A07194p / Small ribosomal subunit protein eS21 / RPS23 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Kluyveromyces lactis (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.75 Å
データ登録者Llacer, J.L. / Hussain, T. / Ramakrishnan, V.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184332 英国
Wellcome TrustWT096570 英国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Large-scale movement of eIF3 domains during translation initiation modulate start codon selection.
著者: Jose L Llácer / Tanweer Hussain / Jinsheng Dong / Laura Villamayor / Yuliya Gordiyenko / Alan G Hinnebusch /
要旨: The eukaryotic initiation factor 3 (eIF3) complex is involved in every step of translation initiation, but there is limited understanding of its molecular functions. Here, we present a single ...The eukaryotic initiation factor 3 (eIF3) complex is involved in every step of translation initiation, but there is limited understanding of its molecular functions. Here, we present a single particle electron cryomicroscopy (cryo-EM) reconstruction of yeast 48S ribosomal preinitiation complex (PIC) in an open conformation conducive to scanning, with core subunit eIF3b bound on the 40S interface near the decoding center in contact with the ternary complex eIF2·GTP·initiator tRNA. eIF3b is relocated together with eIF3i from their solvent interface locations observed in other PIC structures, with eIF3i lacking 40S contacts. Re-processing of micrographs of our previous 48S PIC in a closed state also suggests relocation of the entire eIF3b-3i-3g-3a-Cter module during the course of initiation. Genetic analysis indicates that high fidelity initiation depends on eIF3b interactions at the 40S subunit interface that promote the closed PIC conformation, or facilitate the relocation of eIF3b/eIF3i to the solvent interface, on start codon selection.
#1: ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015
タイトル: Conformational Differences between Open and Closed States of the Eukaryotic Translation Initiation Complex.
著者: Jose L Llácer / Tanweer Hussain / Laura Marler / Colin Echeverría Aitken / Anil Thakur / Jon R Lorsch / Alan G Hinnebusch / V Ramakrishnan /
要旨: Translation initiation in eukaryotes begins with the formation of a pre-initiation complex (PIC) containing the 40S ribosomal subunit, eIF1, eIF1A, eIF3, ternary complex (eIF2-GTP-Met-tRNAi), and ...Translation initiation in eukaryotes begins with the formation of a pre-initiation complex (PIC) containing the 40S ribosomal subunit, eIF1, eIF1A, eIF3, ternary complex (eIF2-GTP-Met-tRNAi), and eIF5. The PIC, in an open conformation, attaches to the 5' end of the mRNA and scans to locate the start codon, whereupon it closes to arrest scanning. We present single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstructions of 48S PICs from yeast in these open and closed states, at 6.0 Å and 4.9 Å, respectively. These reconstructions show eIF2β as well as a configuration of eIF3 that appears to encircle the 40S, occupying part of the subunit interface. Comparison of the complexes reveals a large conformational change in the 40S head from an open mRNA latch conformation to a closed one that constricts the mRNA entry channel and narrows the P site to enclose tRNAi, thus elucidating key events in start codon recognition.
履歴
登録2018年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection
カテゴリ: em_admin / em_map ...em_admin / em_map / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _em_admin.last_update / _em_map.contour_level ..._em_admin.last_update / _em_map.contour_level / _em_map.contour_level_source / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / em_admin / em_map / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _em_map.file / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0058
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
2: 18S rRNA (1798-MER)
C: KLLA0F09812p
D: KLLA0D08305p
F: KLLA0D10659p
K: KLLA0B08173p
M: 40S ribosomal protein S12
P: KLLA0F07843p
Q: 40S ribosomal protein S16
R: KLLA0B01474p
S: KLLA0B01562p
T: KLLA0A07194p
U: KLLA0F25542p
Z: KLLA0B06182p
c: 40S ribosomal protein S28
f: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
g: KLLA0E12277p
d: 40S ribosomal protein S29
e: 40S ribosomal protein S30
h: 60S ribosomal protein L41-A
3: mRNA
i: Eukaryotic translation initiation factor 1A
m: Eukaryotic translation initiation factor eIF-1
o: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A,eIF3a
q: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
k: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
l: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
j: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
1: tRNAi (75-MER)
A: 40S ribosomal protein S0
B: 40S ribosomal protein S1
E: 40S ribosomal protein S4
G: 40S ribosomal protein S6
H: 40S ribosomal protein S7
I: 40S ribosomal protein S8
J: KLLA0E23673p
L: KLLA0A10483p
N: KLLA0F18040p
O: 40S ribosomal protein S14
V: 40S ribosomal protein S21
W: 40S ribosomal protein S22
Y: 40S ribosomal protein S24
X: RPS23
a: 40S ribosomal protein S26
b: 40S ribosomal protein S27
p: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
s: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
r: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,543,510134
ポリマ－1,540,61047
非ポリマー2,90187
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 231

#1: RNA鎖 18S rRNA (1798-MER)


分子量: 579239.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: GenBank: 49642208
#20: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 4321.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
#28: RNA鎖 tRNAi (75-MER)


分子量: 24223.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 176433

-
タンパク質 , 16種, 16分子 CDFKPRSTUZfgJLNX

#2: タンパク質 KLLA0F09812p


分子量: 23162.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CKL3
#3: タンパク質 KLLA0D08305p


分子量: 24830.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CRK7
#4: タンパク質 KLLA0D10659p


分子量: 22912.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CRA3
#5: タンパク質 KLLA0B08173p


分子量: 11423.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CVZ5
#7: タンパク質 KLLA0F07843p


分子量: 13220.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CKV4
#9: タンパク質 KLLA0B01474p


分子量: 14886.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CWU3
#10: タンパク質 KLLA0B01562p


分子量: 16953.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CWT9
#11: タンパク質 KLLA0A07194p


分子量: 15747.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CXM0
#12: タンパク質 KLLA0F25542p


分子量: 12032.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CIM1
#13: タンパク質 KLLA0B06182p


分子量: 7939.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CW78
#15: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a


分子量: 7958.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: P69061
#16: タンパク質 KLLA0E12277p


分子量: 35612.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CNI7
#35: タンパク質 KLLA0E23673p


分子量: 20882.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CM18
#36: タンパク質 KLLA0A10483p


分子量: 17712.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CX80
#37: タンパク質 KLLA0F18040p


分子量: 16858.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CJK0
#42: タンパク質 RPS23 / 40S ribosomal protein S23


分子量: 15916.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q875M3

-
40S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 MQcdeABEGHIOVWYab

#6: タンパク質 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 12710.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CLU4
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S16 /


分子量: 15656.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q875N2
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / / S33


分子量: 6972.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: P33285
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S29 /


分子量: 6322.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CPG3
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S30 /


分子量: 6608.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CUH5
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S0 /


分子量: 24368.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CN12
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S1 /


分子量: 26404.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CWD0
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S4 /


分子量: 29486.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CWJ2
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 25810.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CM04
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 21033.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CTD6
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 22511.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CMG3
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / / RP59


分子量: 13458.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: P27069
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S21 /


分子量: 9797.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CXT6
#40: タンパク質 40S ribosomal protein S22 /


分子量: 14513.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CW21
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S24 /


分子量: 15063.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CU44
#43: タンパク質 40S ribosomal protein S26 /


分子量: 11166.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CS01
#44: タンパク質 40S ribosomal protein S27 /


分子量: 8753.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: Q6CNL2

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 h

#19: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A / リボソーム / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-A / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
参照: UniProt: P0CX86

-
Eukaryotic translation initiation factor ... , 10種, 10分子 imoqkljpsr

#21: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 1A / eIF-1A / Eukaryotic translation initiation factor 4C / eIF-4C


分子量: 12659.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: TIF11, YMR260C, YM8156.02C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38912
#22: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor eIF-1 / Protein translation factor SUI1


分子量: 10299.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SUI1, RFR1, YNL244C, N0905 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32911
#23: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A,eIF3a / EIF3 / eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 110 kDa subunit homolog / eIF3 p110 / ...eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 110 kDa subunit homolog / eIF3 p110 / Translation initiation factor eIF3 / p110 subunit homolog


分子量: 62822.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: RPG1, TIF32, YBR079C, YBR0734 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38249
#24: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / EIF3 / eIF3c / Eukaryotic translation initiation factor 3 93 kDa subunit / eIF3 p93 / Nuclear transport ...eIF3c / Eukaryotic translation initiation factor 3 93 kDa subunit / eIF3 p93 / Nuclear transport protein NIP1 / Translation initiation factor eIF3 / p93 subunit


分子量: 80545.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: NIP1, YMR309C, YM9924.01C, YM9952.11C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32497
#25: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / eIF-2-gamma


分子量: 47230.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: GCD11, TIF213, YER025W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32481
#26: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / eIF-2-beta


分子量: 16458.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SUI3, TIF212, YPL237W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P09064
#27: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF-2-alpha


分子量: 30221.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SUI2, TIF211, YJR007W, J1429 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20459
#45: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / EIF3 / eIF3b / Cell cycle regulation and translation initiation protein / Eukaryotic translation ...eIF3b / Cell cycle regulation and translation initiation protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 90 kDa subunit / eIF3 p90 / Translation initiation factor eIF3 p90 subunit


分子量: 76738.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: PRT1, CDC63, YOR361C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06103
#46: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / EIF3 / eIF3i / Eukaryotic translation initiation factor 3 39 kDa subunit homolog / eIF-3 39 kDa subunit homolog


分子量: 38229.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: TIF34, SCY_4321 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A6ZMK5, UniProt: P40217*PLUS
#47: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / EIF3 / eIF3g / Eukaryotic translation initiation factor 3 RNA-binding subunit / eIF-3 RNA-binding subunit ...eIF3g / Eukaryotic translation initiation factor 3 RNA-binding subunit / eIF-3 RNA-binding subunit / Translation initiation factor eIF3 p33 subunit homolog / eIF3 p33 homolog


分子量: 5576.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: TIF35, SCY_1313 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A6ZZ25

-
非ポリマー , 4種, 87分子

#48: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#49: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#50: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#51: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformationRIBOSOME#1-#470MULTIPLE SOURCES
2RibosomeリボソームORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#1-#19, #29-#441NATURAL
3tRNA転移RNACOMPLEX#281NATURAL
4Initiation factorsInitiation factorCOMPLEX#23-#27, #45-#471RECOMBINANT
5mRNA伝令RNACOMPLEX#201RECOMBINANT
6Initiation factorsInitiation factorCOMPLEX#21-#221RECOMBINANT
分子量値: 1.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)284590
23Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
34Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
35Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
56Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
24Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
36Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
45synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMMES1
28 mMMagnessium acetate1
340 mMPotassium acetate1
410 mMAmmonium acetate1
52 mMDithiothreitol (DTT)1
60.25 mMGDPCP1
試料濃度: 0.18 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 90 K
撮影平均露光時間: 1.1 sec. / 電子線照射量: 32 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 5500
詳細: Images were collected in movie-mode at 32 frames per second

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EMAN粒子像選択
3EPU画像取得
5CTFFIND3CTF補正
8UCSF Chimera1.1モデルフィッティング
9Coot0.8モデルフィッティング
11RELION1.4初期オイラー角割当
12RELION1.4最終オイラー角割当
13RELION1.4分類
14RELION1.4３次元再構成
15REFMAC5.8モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1182309
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12586 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: FSC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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