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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the PP2A:B55-FAM122A complex, B55 body | ||||||||||||
![]() | Relion multi-body refinement, B55 body, full map | ||||||||||||
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![]() | Protein Phosphatase 2A:B55 holoenzyme FAM122A inhibitor substrate binding cell cycle regulation / ![]() | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Fuller JR / Padi SKR / Peti W / Page R | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018 タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography. 著者: Pavel V Afonine / Billy K Poon / Randy J Read / Oleg V Sobolev / Thomas C Terwilliger / Alexandre Urzhumtsev / Paul D Adams / ![]() ![]() ![]() 要旨: This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast ...This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast calculation, which in turn makes it possible to identify optimal data-restraint weights as part of routine refinements with little runtime cost. Refinement of atomic models against low-resolution data benefits from the inclusion of as much additional information as is available. In addition to standard restraints on covalent geometry, phenix.real_space_refine makes use of extra information such as secondary-structure and rotamer-specific restraints, as well as restraints or constraints on internal molecular symmetry. The re-refinement of 385 cryo-EM-derived models available in the Protein Data Bank at resolutions of 6 Å or better shows significant improvement of the models and of the fit of these models to the target maps. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 457.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 27.6 KB 27.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 19.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 157.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 600.7 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 363.2 MB 459.2 MB 459.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Relion multi-body refinement, B55 body, full map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.534 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map sharpened by an automatically-determined B-factor (-52.9654) and...
ファイル | emd_41667_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map sharpened by an automatically-determined B-factor (-52.9654) and filtered to local resolution by the Relion locres implementation | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Relion multi-body refinement, B55 body, half map 1
ファイル | emd_41667_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion multi-body refinement, B55 body, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Relion multi-body refinement, B55 body, half map 2
ファイル | emd_41667_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion multi-body refinement, B55 body, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Quadruple complex of PP2A:B55 (PP2Aa:PP2Ac:B55) bound to FAM122A
全体 | 名称: Quadruple complex of PP2A:B55 (PP2Aa:PP2Ac:B55) bound to FAM122A |
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要素 |
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-超分子 #1: Quadruple complex of PP2A:B55 (PP2Aa:PP2Ac:B55) bound to FAM122A
超分子 | 名称: Quadruple complex of PP2A:B55 (PP2Aa:PP2Ac:B55) bound to FAM122A タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-分子 #1: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit...
分子 | 名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 64.95798 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GHMSLYPIAV LIDELRNEDV QLRLNSIKKL STIALALGVE RTRSELLPFL TDTIYDEDEV LLALAEQLGT FTTLVGGPEY VHCLLPPLE SLATVEETVV RDKAVESLRA ISHEHSPSDL EAHFVPLVKR LAGGDWFTSR TSACGLFSVC YPRVSSAVKA E LRQYFRNL ...文字列: GHMSLYPIAV LIDELRNEDV QLRLNSIKKL STIALALGVE RTRSELLPFL TDTIYDEDEV LLALAEQLGT FTTLVGGPEY VHCLLPPLE SLATVEETVV RDKAVESLRA ISHEHSPSDL EAHFVPLVKR LAGGDWFTSR TSACGLFSVC YPRVSSAVKA E LRQYFRNL CSDDTPMVRR AAASKLGEFA KVLELDNVKS EIIPMFSNLA SDEQDSVRLL AVEACVNIAQ LLPQEDLEAL VM PTLRQAA EDKSWRVRYM VADKFTELQK AVGPEITKTD LVPAFQNLMK DCEAEVRAAA SHKVKEFCEN LSADCRENVI MSQ ILPCIK ELVSDANQHV KSALASVIMG LSPILGKDNT IEHLLPLFLA QLKDECPEVR LNIISNLDCV NEVIGIRQLS QSLL PAIVE LAEDAKWRVR LAIIEYMPLL AGQLGVEFFD EKLNSLCMAW LVDHVYAIRE AATSNLKKLV EKFGKEWAHA TIIPK VLAM SGDPNYLHRM TTLFCINVLS EVCGQDITTK HMLPTVLRMA GDPVANVRFN VAKSLQKIGP ILDNSTLQSE VKPILE KLT QDQDVDVKYF AQEALTVLSL A UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform |
-分子 #2: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit...
分子 | 名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 52.10134 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GHMGSAGAGG GNDIQWCFSQ VKGAVDDDVA EADIISTVEF NHSGELLATG DKGGRVVIFQ QEQENKIQSH SRGEYNVYST FQSHEPEFD YLKSLEIEEK INKIRWLPQK NAAQFLLSTN DKTIKLWKIS ERDKRPEGYN LKEEDGRYRD PTTVTTLRVP V FRPMDLMV ...文字列: GHMGSAGAGG GNDIQWCFSQ VKGAVDDDVA EADIISTVEF NHSGELLATG DKGGRVVIFQ QEQENKIQSH SRGEYNVYST FQSHEPEFD YLKSLEIEEK INKIRWLPQK NAAQFLLSTN DKTIKLWKIS ERDKRPEGYN LKEEDGRYRD PTTVTTLRVP V FRPMDLMV EASPRRIFAN AHTYHINSIS INSDYETYLS ADDLRINLWH LEITDRSFNI VDIKPANMEE LTEVITAAEF HP NSCNTFV YSSSKGTIRL CDMRASALCD RHSKLFEEPE DPSNRSFFSE IISSISDVKF SHSGRYMMTR DYLSVKIWDL NME NRPVET YQVHEYLRSK LCSLYENDCI FDKFECCWNG SDSVVMTGSY NNFFRMFDRN TKRDITLEAS RENNKPRTVL KPRK VCASG KRKKDEISVD SLDFNKKILH TAWHPKENII AVATTNNLYI FQDKVN UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform |
-分子 #3: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha i...
分子 | 名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-serine/threonine phosphatase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 35.845375 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GHMDEKVFTK ELDQWIEQLN ECKQLSESQV KSLCEKAKEI LTKESNVQEV RCPVTVCGDV HGQFHDLMEL FRIGGKSPDT NYLFMGDYV DRGYYSVETV TLLVALKVRY RERITILRGN HESRQITQVY GFYDECLRKY GNANVWKYFT DLFDYLPLTA L VDGQIFCL ...文字列: GHMDEKVFTK ELDQWIEQLN ECKQLSESQV KSLCEKAKEI LTKESNVQEV RCPVTVCGDV HGQFHDLMEL FRIGGKSPDT NYLFMGDYV DRGYYSVETV TLLVALKVRY RERITILRGN HESRQITQVY GFYDECLRKY GNANVWKYFT DLFDYLPLTA L VDGQIFCL HGGLSPSIDT LDHIRALDRL QEVPHEGPMC DLLWSDPDDR GGWGISPRGA GYTFGQDISE TFNHANGLTL VS RAHQLVM EGYNWCHDRN VVTIFSAPNY CYRCGNQAAI MELDDTLKYS FLQFDPAPRR GEPHVTRRTP DYF(MLL) UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform |
-分子 #4: PPP2R1A-PPP2R2A-interacting phosphatase regulator 1
分子 | 名称: PPP2R1A-PPP2R2A-interacting phosphatase regulator 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.680907 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GHMGGGLRRS NSAPLIHGLS DSSPVFQDEA PSARRNRTTF PSRHGLLLPA SPVRMHSSRL HQIKQEEGMD LINRETVHER EVQTAMQIS HSWEES UniProtKB: PPP2R1A-PPP2R2A-interacting phosphatase regulator 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.2 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: CHAPSO was added only immediately prior to vitrification | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm 最大 デフォーカス(補正後): 2.5300000000000002 µm 最小 デフォーカス(補正後): 0.55 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD ![]() 最大 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 81000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 詳細: Camera was operated in CDS mode, writing super-resolution movies with 59 frames |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Iterating between manual refinement in Coot and automated real-space refinement in Phenix | ||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation | ||||||
得られたモデル | ![]() PDB-8twe: |