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万見
- PDB-3j1a: HK97-like fold fitted into 3D reconstruction of bacteriophage CW02 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j1a
タイトルHK97-like fold fitted into 3D reconstruction of bacteriophage CW02
要素capsid proteinカプシド
キーワードVIRUS (ウイルス) / halophage / bacteriophage HK97 / bacteriophage T7 (T7ファージ) / T7-like phage / turret / extremophile (極限環境微生物) / Great Salt Lake
機能・相同性Phage capsid / Phage capsid family / viral procapsid maturation / T=7 icosahedral viral capsid / カプシド / identical protein binding / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Great Salt Lake bacteriophage CW02 (未定義)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16 Å
データ登録者Shen, P.S. / Domek, M.J. / Sanz-Garcia, E. / Makaju, A. / Taylor, R. / Culumber, M. / Breakwell, D.P. / Prince, J.T. / Belnap, D.M.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2012
タイトル: Sequence and structural characterization of great salt lake bacteriophage CW02, a member of the T7-like supergroup.
著者: Peter S Shen / Matthew J Domek / Eduardo Sanz-García / Aman Makaju / Ryan M Taylor / Ryan Hoggan / Michele D Culumber / Craig J Oberg / Donald P Breakwell / John T Prince / David M Belnap /
要旨: Halophage CW02 infects a Salinivibrio costicola-like bacterium, SA50, isolated from the Great Salt Lake. Following isolation, cultivation, and purification, CW02 was characterized by DNA sequencing, ...Halophage CW02 infects a Salinivibrio costicola-like bacterium, SA50, isolated from the Great Salt Lake. Following isolation, cultivation, and purification, CW02 was characterized by DNA sequencing, mass spectrometry, and electron microscopy. A conserved module of structural genes places CW02 in the T7 supergroup, members of which are found in diverse aquatic environments, including marine and freshwater ecosystems. CW02 has morphological similarities to viruses of the Podoviridae family. The structure of CW02, solved by cryogenic electron microscopy and three-dimensional reconstruction, enabled the fitting of a portion of the bacteriophage HK97 capsid protein into CW02 capsid density, thereby providing additional evidence that capsid proteins of tailed double-stranded DNA phages have a conserved fold. The CW02 capsid consists of bacteriophage lambda gpD-like densities that likely contribute to particle stability. Turret-like densities were found on icosahedral vertices and may represent a unique adaptation similar to what has been seen in other extremophilic viruses that infect archaea, such as Sulfolobus turreted icosahedral virus and halophage SH1.
履歴
登録2012年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: em_image_scans / em_software / struct_ref_seq
Item: _em_software.image_processing_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5388
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5388
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: capsid protein
B: capsid protein
C: capsid protein
D: capsid protein
E: capsid protein
F: capsid protein
G: capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,6137
ポリマ－153,6137
非ポリマー00
水0
1
A: capsid protein
B: capsid protein
C: capsid protein
D: capsid protein
E: capsid protein
F: capsid protein
G: capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,216,764420
ポリマ－9,216,764420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: capsid protein
B: capsid protein
C: capsid protein
D: capsid protein
E: capsid protein
F: capsid protein
G: capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 768 kDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)768,06435
ポリマ－768,06435
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: capsid protein
B: capsid protein
C: capsid protein
D: capsid protein
E: capsid protein
F: capsid protein
G: capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 922 kDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)921,67642
ポリマ－921,67642
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
capsid protein / カプシド / HK97 fold / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 21944.676 Da / 分子数: 7 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Great Salt Lake bacteriophage CW02 (未定義)
参照: UniProt: P49861*PLUS
配列の詳細MODELED SEQUENCE COMPRISES RESIDUES 182-380 OF MAJOR CAPSID PROTEIN FROM ENTEROBACTERIA PHAGE HK97 ...MODELED SEQUENCE COMPRISES RESIDUES 182-380 OF MAJOR CAPSID PROTEIN FROM ENTEROBACTERIA PHAGE HK97 (UNP P49861).

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bacteriophage CW02 / タイプ: VIRUS
詳細: Head and tail phage. Sample buffer solution contains 8% NaCl
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: BACTERIA(EUBACTERIA) / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Salinivibrio costicola
緩衝液pH: 8
詳細: 1.35 M NaCl, 48 mM MgSO4-7H2O, 1 mM CaCl2, 2 mM Tris-Cl
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 1.35 M NaCl, 48 mM MgSO4-7H2O, 1 mM CaCl2, 2 mM Tris-Cl
試料支持詳細: 200 mesh, holey-carbon-coated copper grid
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Blotted for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI Vitrobot MarK III)
手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2009年7月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 39000 X / 倍率（補正後）: 37564 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm / Cs: 2 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 93 K / 最高温度: 94 K / 最低温度: 92 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2EM3DR2３次元再構成
3PFT2３次元再構成
4PFT3DR３次元再構成
CTF補正詳細: whole micrograph
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 8695 / 詳細: Particles were manually selected using X3D / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--Automatic rigid body DETAILS--C-alpha coordinates pertaining to the HK97-fold were separately fitted as rigid bodies into capsid hexamers or pentamers.
原子モデル構築PDB-ID: 1OHG

1ohg


PDB chain-ID: G / Accession code: 1OHG / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数898 0 0 0 898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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