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万見
- EMDB-38109: MCM in the Apo state. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38109
タイトルMCM in the Apo state.
マップデータSample of MCM_apo
試料
  • 複合体: MCM homohexamer
    • タンパク質・ペプチド: mini-chromosome maintenance complex 3
キーワードHelicase (ヘリカーゼ) / Replication (DNA複製) / HYDROLASE (加水分解酵素)
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Ma J / Yi G / Ye M / MacGregor-Chatwin C / Sheng Y / Lu Y / Li M / Gilbert RJC / Zhang P
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MCM in the Apo state
著者: Ma J / Yi G / Ye M / MacGregor-Chatwin C / Sheng Y / Lu Y / Li M / Gilbert RJC / Zhang P
履歴
登録2023年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月17日-
マップ公開2024年1月17日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38109.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38109.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sample of MCM_apo
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.072 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.1200522 - 1.7625575
平均 (標準偏差)0.0017246403 (±0.020496562)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 411.648 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MCM homohexamer

全体名称: MCM homohexamer
要素
  • 複合体: MCM homohexamer
    • タンパク質・ペプチド: mini-chromosome maintenance complex 3

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超分子 #1: MCM homohexamer

超分子名称: MCM homohexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)

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分子 #1: mini-chromosome maintenance complex 3

分子名称: mini-chromosome maintenance complex 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 76.631242 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDREEMIARF AKFLREYVDD EGNEVYINRL KDLLTVTPKR SLAIDWAHLN SFDPELADEL LNNPEEAIAS AEDAIQIVLR EPPLLVERE FKVHARFYNL PKTLLVKELG SEHINKLIQV EGIITRVSEV KPFVEKAVFV CRDCGNEMVR LQRPYENLVK P AKCDACGS ...文字列:
MDREEMIARF AKFLREYVDD EGNEVYINRL KDLLTVTPKR SLAIDWAHLN SFDPELADEL LNNPEEAIAS AEDAIQIVLR EPPLLVERE FKVHARFYNL PKTLLVKELG SEHINKLIQV EGIITRVSEV KPFVEKAVFV CRDCGNEMVR LQRPYENLVK P AKCDACGS RNIELDVDKS RFLNFQSFRL QDRPESLKGG QMPRFVDAIL LDDLVDAALP GDRVLVTGVL RVILEQREKR PI FKKILEV NHIEQLSKEI EELEISPEDE QKIRELAKRK DIVDAIVDSI APAIWGHRIV KKGIALALFG GVQRTLPDGT KLR GESHVL LVGDPGVAKS QLLRYVANLA PRAIYTSGKS SSAAGLTAAA VRDEFTGSWV LEAGVLVLAD GGFALIDEFD KMSD RDRSA IHEALEQQTI SISKAGITAT LNSRTTVIAA ANPKFGRFNR HKSLPEQLDL PPTLLSRFDL IFLLLDEPDE KVDAS IAEH ILKVRRGEAE AVTPKIPYDL LKKYIAYARK NVHPVLSREA MEEIKRYYVK MRKGLRRGDE DGVQPIPITA RQLEAL IRL SEAHARMRLS ETVTREDARA AIEIIEAMMK TIAVDEEGNL DVSILEVGKS SKKINKIEKL VDIIKSLESE GEFGAPE EK VIEAAKQAGI GTKADIEKLL NELKSDGRVY EPRAGFYRVI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Generated using ab-initio reconstruction routine in cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 445096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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