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- EMDB-31891: Structure of Xenopus laevis NPC nuclear ring asymmetric unit -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31891
タイトルStructure of Xenopus laevis NPC nuclear ring asymmetric unit
マップデータ
試料
  • 複合体: nuclear pore complex核膜孔
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
機能・相同性
機能・相同性情報


GATOR2 complex / nephron development / nuclear pore inner ring / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / COPII vesicle coat ...GATOR2 complex / nephron development / nuclear pore inner ring / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / COPII vesicle coat / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / structural constituent of nuclear pore / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mitotic metaphase chromosome alignment / cellular response to nutrient levels / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / nuclear periphery / 動原体 / protein import into nucleus / protein transport / 核膜 / lysosomal membrane / 細胞分裂 / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ELYS-like domain / ELYS, beta-propeller domain / Nuclear pore complex assembly / beta-propeller of ELYS nucleoporin / Nuclear pore complex protein NUP98-NUP96 / Nucleoporin Nup37 / Nucleoporin Nup85-like / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 ...ELYS-like domain / ELYS, beta-propeller domain / Nuclear pore complex assembly / beta-propeller of ELYS nucleoporin / Nuclear pore complex protein NUP98-NUP96 / Nucleoporin Nup37 / Nucleoporin Nup85-like / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Sec13/Seh1 family / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin autopeptidase / NUP C-terminal domain profile. / Nucleoporin peptidase S59-like / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nuclear pore complex protein Nup133 / Nuclear pore complex protein / MGC154553 protein / Nucleoporin SEH1-A / Protein ELYS / MGC83295 protein / MGC83926 protein / Nuclear pore complex protein Nup85 / Nuclear pore complex protein Nup93 / Protein SEC13 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / African clawed frog (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Tai L / Zhu Y / Sun F
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2022
タイトル: 8 Å structure of the outer rings of the Xenopus laevis nuclear pore complex obtained by cryo-EM and AI.
著者: Linhua Tai / Yun Zhu / He Ren / Xiaojun Huang / Chuanmao Zhang / Fei Sun /
要旨: The nuclear pore complex (NPC), one of the largest protein complexes in eukaryotes, serves as a physical gate to regulate nucleocytoplasmic transport. Here, we determined the 8 Å resolution cryo- ...The nuclear pore complex (NPC), one of the largest protein complexes in eukaryotes, serves as a physical gate to regulate nucleocytoplasmic transport. Here, we determined the 8 Å resolution cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure of the outer rings containing nuclear ring (NR) and cytoplasmic ring (CR) from the Xenopus laevis NPC, with local resolutions reaching 4.9 Å. With the aid of AlphaFold2, we managed to build a pseudoatomic model of the outer rings, including the Y complexes and flanking components. In this most comprehensive and accurate model of outer rings to date, the almost complete Y complex structure exhibits much tighter interaction in the hub region. In addition to two copies of Y complexes, each asymmetric subunit in CR contains five copies of Nup358, two copies of the Nup214 complex, two copies of Nup205 and one copy of newly identified Nup93, while that in NR contains one copy of Nup205, one copy of ELYS and one copy of Nup93. These in-depth structural features represent a great advance in understanding the assembly of NPCs.
履歴
登録2021年9月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月2日-
マップ公開2022年2月2日-
更新2022年7月13日-
現状2022年7月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7vci
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7vci
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31891.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31891.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-2.1325743 - 3.300856
平均 (標準偏差)0.008229044 (±0.091990344)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 716.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.242.242.24
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z716.800716.800716.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-2.1333.3010.008

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_31891_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_31891_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_31891_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : nuclear pore complex

全体名称: nuclear pore complex核膜孔
要素
  • 複合体: nuclear pore complex核膜孔
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex protein Nup85核膜孔
    • タンパク質・ペプチド: MGC154553 protein
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoporin SEH1-A
    • タンパク質・ペプチド: Nup160Nucleoporin 160
    • タンパク質・ペプチド: MGC83926 protein
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex protein Nup96核膜孔
    • タンパク質・ペプチド: GATOR complex protein SEC13
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex protein核膜孔
    • タンパク質・ペプチド: outer Nup133
    • タンパク質・ペプチド: MGC83295 protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein ELYS
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex protein Nup93核膜孔

+
超分子 #1: nuclear pore complex

超分子名称: nuclear pore complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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分子 #1: Nuclear pore complex protein Nup85

分子名称: Nuclear pore complex protein Nup85 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African clawed frog (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 75.160047 KDa
配列文字列: MEELDVDPAE TPIPGLGQQN RHIGFSWGPG DLLLYETLYQ KQGNSETAAR CPFMYLVRSD EDIYSPVLRK LFNESHSIFV GLQKSAEEA SGKSRKAQLV QVSRNYRSVL RACMEEMHTL SESTRETAQK YISQISILSA MELSWNLCEI LFIESAPAGP L LILLLEWV ...文字列:
MEELDVDPAE TPIPGLGQQN RHIGFSWGPG DLLLYETLYQ KQGNSETAAR CPFMYLVRSD EDIYSPVLRK LFNESHSIFV GLQKSAEEA SGKSRKAQLV QVSRNYRSVL RACMEEMHTL SESTRETAQK YISQISILSA MELSWNLCEI LFIESAPAGP L LILLLEWV RLHVCEVDNI VQDVLRSEKP TEHEKFWDGV TGYVLQGRMN EARQLLAKEA STSASARSMC RVLDDLLKKM PM LHTGGTQ TLTEFELKWQ HWREECERHL QNGTFSSNVH MEAVCRVLLG DEEVLLEKRD LMTTWYHFLV SRLLFKHPTV KPT ELHFYA QSSLDMFLAG DSCPEPLDNI LLAAFEFDIH QVIKEFSIVS SNWWFVAHLT DLLDHCQLFQ AHNLYFGANM REFL LLDYA SGLFSHHSLW QLGVDYFDYC PNLGREYLKL HMERIPLSTE KKALKALRIC EQRQMTEQVR SICKTMAMQS LCNRR LGSA LSWSIRAKDA AFATLISDRF LKEYCERGNF TDLDLIDNLG SAMLLSDRLT FLGKYREFHR MYSQEQFSEA ASLLLS LMT ARIAPCSFWL TLLLDALPLL EQKQVIFSAE QTYELMRCLE DRMAAKLEST SPDEIQKQDS SIDNTKVEML RLALARN LA RAIVTEGALQ E

+
分子 #2: MGC154553 protein

分子名称: MGC154553 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African clawed frog (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 41.744512 KDa
配列文字列: MADKFAAKFV SHKISRTRWR PVSASSLQQP DVFATGSWDN EENKVCVWAT SDFGATSLDE EYQGDPKQLC DIKHPGDVMD MQFLDKERI VTGSSTGTVT IFRHHENNQT LSVNQRWEQA HYHVGSNMRA PCTAIVCSSP EIVSVGEDGR INCFRAESRD V LRTIDDAD ...文字列:
MADKFAAKFV SHKISRTRWR PVSASSLQQP DVFATGSWDN EENKVCVWAT SDFGATSLDE EYQGDPKQLC DIKHPGDVMD MQFLDKERI VTGSSTGTVT IFRHHENNQT LSVNQRWEQA HYHVGSNMRA PCTAIVCSSP EIVSVGEDGR INCFRAESRD V LRTIDDAD SSTMHGVTFL RTTEILTVNS VGQLKLWDLR KQGNDPTQIF SVTGERVPLH CVDRHPNQQH VVATGGQDGM LC IWDVRHG KMPMSLLNAH EAEMWEVHFH PSNPDHLFTC SEDGSLWHWD ASADSEKPTF LLGGRSTFNI SRSSIAPPNA NQS LACAWL STDPTKGQLE ITNLLPSSTL SVNSLDVLGQ NLVCGTDAEA IYVTRRLFS

+
分子 #3: Nucleoporin SEH1-A

分子名称: Nucleoporin SEH1-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African clawed frog (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 39.777566 KDa
配列文字列: MFVARSIAAD HKDLIHDVSF DFHGRRMATC SSDQSVKVWD KSENGNWHCT ASWKTHSGSV WRVTWAHPEF GQVLASCSFD RTAAVWEEI VGESNDKLRG QSHWVKRTTL VDSRTSVTDV KFAPKHMGLM LATCSADGVV RIYEAPDVMN LSQWSLQHEI S CKLSCSCI ...文字列:
MFVARSIAAD HKDLIHDVSF DFHGRRMATC SSDQSVKVWD KSENGNWHCT ASWKTHSGSV WRVTWAHPEF GQVLASCSFD RTAAVWEEI VGESNDKLRG QSHWVKRTTL VDSRTSVTDV KFAPKHMGLM LATCSADGVV RIYEAPDVMN LSQWSLQHEI S CKLSCSCI SWNPSSSRAH SPMIAVGSDD SSPNIMGKVQ IYEYNENTRK YAKAETLMSV SDPVHDIAFA PNLGRSFHIL AV ATKDVRI FTMKPLRKEL SSSGGVTKFE IHTVAQFDNH NSQVWRVSWN ITGTVLASSG DDGTVRLWKA NYMDNWKCIG VLK GDGNPV GNSYQGFFGS SVGSAGQSLQ NSVNGTPSSG RKHS

+
分子 #4: Nup160

分子名称: Nup160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African clawed frog (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 163.1035 KDa
配列文字列: MAAAESHMTS FQAEDWAGSN ILPMVQRAGG STRGIMAASV NLERSYMELI GAERETSRRN FRDLSLRPDV SLVIGGPKYS DCAGGYCYN ESGSLLSATR NRFIHWTSYA DTLELVELSL DINLLNNAVR LKILNCSILP GGVHICETQN NIIVLILTNQ T VHRLILPH ...文字列:
MAAAESHMTS FQAEDWAGSN ILPMVQRAGG STRGIMAASV NLERSYMELI GAERETSRRN FRDLSLRPDV SLVIGGPKYS DCAGGYCYN ESGSLLSATR NRFIHWTSYA DTLELVELSL DINLLNNAVR LKILNCSILP GGVHICETQN NIIVLILTNQ T VHRLILPH PSRMYRSEII SDSHIQSIFT DIGKTNFHDP NNTYVIPAIP GRAPNSTAST AWLSSDGEAL FALPSVSGGI LV IKMPPRD MEGLVTIAEL KQSSVMQRLL TGWMPSSIRG DPGPAHLPVS LAVHTLDHDS YLFALCQDHK LRMWSYKDQM CLM VADMLE YVPVSKDIRQ TAGTGHKLRL AYSDTLEILY LGVYLHTPRQ GQFCVFQLVC TESNRYSLEH TSSIFTNQET LIDF TFTLS SMNIWALWLD DDNQTVMKHI NFERNQAGHW NPVFVNPLPD DDLAIGDEQE PQEAYLECLF APGRFTIAAL QKAIQ ILRK GSGRVLDLSW EELKKEVTLT VEKEIQNAVV DYDVSQEEFR QINIENWCKF YTCCLQYQET LSRPLALVVH PNTNMV CLL RKGFLSFLAP CSSVEHLYLV PGEHLLTVDE SVICDDVDGA SDIVSLIQCL HMIADYITED MAYQMESACC HPQSPER VA EQILEDLIAN DIDNIMENIQ NKLQDIRNPI QAISFLLQNM DYETNMDMEQ SQHNVRLNLS TLYGSVTASS VVCQAIYK I SATRFLICRD LLILQHLLLR LGDMALVGAG QLLHSQQELI PRAAQLLLSY YMIRWGSQCL ACAVPVDLLE SNLQHLSVL ELSDSQVEKR RYTSGIQTIV ELFFEDVGRK HFPQVFAHLF IQSGSSQVHR SLNWADLIHR ITSYLLQLLW PSNPNFQFAE CLMRNCQYT QLQEYVRLLL PWCQVNVGSC HFMLAQCYLV AGEGHKALDC FSQAASEVER EDFLEKLIRV EEGESVSPRL Q YYNRVLRL LEDVGLPELV IQLATIAISE ASDDWRSQAA LRTRIFKHHL DMGHNSQAYD ALTQIPDTSR QLDCLRQLVV VL CERSQLQ DLVEFPYVNL HNEVVGIIES RARAVDLMTH NYYELLYAFH IYRHNYRKAG TVMFEYGMRL GREVRTLRGL QKQ VNSYLA CLNCLRLIRP EYAWIVQPVS GAVYERPGAS PKRNYDGESS AVPSSSQIEI LELRDLEKEY VLAQTRLTLA KHNP STAAI AGSSAAEEMV ALLVQAGLFD TAISLCQTFK LGLTSIFEGL ACKCIRLQQG GEAAQAEAWE WLAANQLATV ITTKE SSAT DEAWRLMISY LDKYESKNTL YHHCIINKLL SHGVPLPNWL INRYKAMDAA ELLRLYLKYD LLEEAAELVL EYVDAL LGK GHQYFGIQAP LSATSQLVWF PYSAIDHLRL ALGENENNQH NQAILGKLQR KMDEYFQKLK KATDDYKKIV QKPVRA

+
分子 #5: MGC83926 protein

分子名称: MGC83926 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African clawed frog (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 36.588625 KDa
配列文字列: MKQDSASNAT YTVDCEDYVH VVEFNPFDSG EAGSLLAYGG ISYVVIASCR FQEEDSTVEG IEFKTLKTFH HGERVVAIAW SPETRCDAL LPLLRFATAA GDKKIRIFTS DFQDKNEYKV IEGHSGYIND LVFCSPEGTD IASVGDDHTC RIWDLDGKQI A MFILRSPG ...文字列:
MKQDSASNAT YTVDCEDYVH VVEFNPFDSG EAGSLLAYGG ISYVVIASCR FQEEDSTVEG IEFKTLKTFH HGERVVAIAW SPETRCDAL LPLLRFATAA GDKKIRIFTS DFQDKNEYKV IEGHSGYIND LVFCSPEGTD IASVGDDHTC RIWDLDGKQI A MFILRSPG MSVAWHPEGA FKLMVAEKTG TIRFYDLTTH QAILSLESVQ VPLMSADWCV RNTLRIGAVA GNDWIIWEMP RS SYPQDNK PAHADRARMF RWSKCNENVF ATTGYPGKMK SQIAIHHLAH PQPILIGTAP VGSGLSWHRR LPLCVVGGYR KLF FWLTEM

+
分子 #6: Nuclear pore complex protein Nup96

分子名称: Nuclear pore complex protein Nup96 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African clawed frog (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 104.742812 KDa
配列文字列: SKYGLQDSDE EDDQLNSAEA KKLKTAPVPP QGKQPPLQQA TLPGKVTPPP QSPAVDQLDR VMELDSDMAD ITQDQDLDSV AEEQDISEE QEPLSASSHI ASSLGINPHA LQVMKASLLL EEEDGEIMSR FSSFPSSMDP YPDVRSPRLF PSSHAKRPSS I GLLQSKFS ...文字列:
SKYGLQDSDE EDDQLNSAEA KKLKTAPVPP QGKQPPLQQA TLPGKVTPPP QSPAVDQLDR VMELDSDMAD ITQDQDLDSV AEEQDISEE QEPLSASSHI ASSLGINPHA LQVMKASLLL EEEDGEIMSR FSSFPSSMDP YPDVRSPRLF PSSHAKRPSS I GLLQSKFS APSMSRLSET VQGSHSPKIH PAAPWSVPAP LAPSFIMPGP APDTHLRTVG TRRQQELVPL EKSVTHGRGT LM IDMGLFM GRSFRVGWGP NWTLVHNGDK LSERLNAEED RDMDTIDYGF LPKPTSAKSL TESPFKVHVE KLSLEQKTKD LQS YLLPLE IELKNSTVDK SGPCPHFRPN PGVTAIHDYA GWVRNFSSEA AEVEAVVKQW GLTWTLCESL WGQLKELEAS LDEP NEYVK NLERRKAFSH WLAQTAQERI EEEVSLYGPE RHIEAVFSYL TGGRISDACR LAQKSGDHRL SLLLSQMVGS QEVRD LITL QLVDWNKLQV DHYIQEERLR VFCLLSGTPV WRSSDNRSIN VCSQLDWKRT LGIHLWYMLP PTATVAQALH MYEQAF QEQ EGGEPYACYP LPPYLEDCGF SFGDDPSAKF ISLQRDVCVH LLKLYSERQY DLCQLLDPSS ATPDPLDYRL SWHMWMV LQ ALNYTHLSGH RQGMLHASYA AQLENVGLWE WAIFVLLHIQ DPHVREAAVR ELLNRHCVVH DSPESLAKEN FLIQRLCL P AQWIHKAKAV RSRRDGDKHK EALYLLKSHQ WNQCHKLVTR HLAADAVINE NYRYLRGFLG ELARPEHCKH IQDWETAGK VYLDYISVIE MLNQIRQDEC SGGELEKLHT KVMSLCKWVE LIQCYSAKGR LAQSEMAKRV ANILRVVLSL QQPPESMSDS SSEPRVPLR LLAPHIGRLP MPEDYALEEL RGLTQSYLRE LICGS

+
分子 #7: GATOR complex protein SEC13

分子名称: GATOR complex protein SEC13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African clawed frog (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 35.315285 KDa
配列文字列: MVSVINTVDT SHEDMIHDAQ MDYYGIRLAT CSSDRSVKIF DVKNGGQILI ADLRGHDGPV WQVAWAHPMY GNILASCSYD RKVIIWKEE NGTWEKTYEY TGHDSSVNSV CWAPHDFGLV LACGSSDGAI SILTFTGDGP WEVKKISNAH TIGCNAVSWA P SVIPGSLV ...文字列:
MVSVINTVDT SHEDMIHDAQ MDYYGIRLAT CSSDRSVKIF DVKNGGQILI ADLRGHDGPV WQVAWAHPMY GNILASCSYD RKVIIWKEE NGTWEKTYEY TGHDSSVNSV CWAPHDFGLV LACGSSDGAI SILTFTGDGP WEVKKISNAH TIGCNAVSWA P SVIPGSLV DQPSSQKPNY IKRFVSGGCD NLVKIWREED GQWKEDQKLE AHSDWVRDVA WAPSIGLPTS TIASCSQDGR VY IWTSDDA ATNCWTPKLL HKFNDVVWHV SWSITANILA VSGGDNKVTL WKESVDGQWA CISDVNKGQG AVSTVTEGQL NDQ

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分子 #8: Nuclear pore complex protein

分子名称: Nuclear pore complex protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African clawed frog (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 105.398547 KDa
配列文字列: MDMLSPVVRE AEVSRAARRQ SSNRKNPADE SWSNATPTRG PSSRTTGQTL FRQHMTPQTW NSSRPPDVSA ILGTVGRSPR LLQTPGRLA NLSMMSNPDD SVWTTTFSPG RTGMYTTLDS PSFTEDITLS AVMLQEEDPG EAATMSMYPD FLKSFLEHPS S AVFELIEQ ...文字列:
MDMLSPVVRE AEVSRAARRQ SSNRKNPADE SWSNATPTRG PSSRTTGQTL FRQHMTPQTW NSSRPPDVSA ILGTVGRSPR LLQTPGRLA NLSMMSNPDD SVWTTTFSPG RTGMYTTLDS PSFTEDITLS AVMLQEEDPG EAATMSMYPD FLKSFLEHPS S AVFELIEQ YEATCNTQIT LLKKIVKRVT PGQQKFSKTA SILWLLQQEM VTWRLIAALY RDRIQSALEE ENMFEIAAPN AS EKTIVDK LFQRDTLVRQ SQLVVDWLES IAKDEVGDFS DNIEYYAKSV YWENTLHTLK QRSMLSLGSS RPLVSELDPD API RQKLPL DDLDREDDIR LLKYLFTLIR AGMTDEAQRL CKRCGQAWRA ATLEGWKLYH DANINGGTEL QAVEGNPYRC VWKT CCWRM AEDEQFNKYE RAIYATLSGN LKQLLPVCES WEDTVWAHFK VMVDSLVEQE IRASIISFNE ANELPREYLE ANWTL DSVF EELQATDKKR VLEENREHYH IIQKFVILAD VDGLMDEFSE WLSNGKNLLL GHLLRFMTHL LLFFRTLGLQ AKEEVS VEV LKTYIQRLIN EKQIELIAFY VSHLPQELAI SQYAVFLENI TDPDQRQRCL ELAKEAGLDV ASITKTVVEN TRKKDAG EF AHHDFAPALD SGTSEEDRAK IDVIDWLVFD PAQRAEALKQ SNAIMRKFLA SKKHEAAKEV FAKIPQDSIA EIYSQWEE Q AMDSALPAED DNAIREHLCI RAYLESHEAF NEWFKHINSP PQKPTLVGQA SFTEKVAHEH KEKKYEMDFG IWKGHLDAL TSDVKEKIYN VLLFVDGGWM VDVREDTEED PERSHQMVLL RRLCLPMMCF LLHTVLHNTK QYKDCLRLAD IVSSENQKLY TVFSKTEMR NLLQKLRESS LMLLDLQLDP LGYEIQS

+
分子 #9: outer Nup133

分子名称: outer Nup133 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African clawed frog (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 127.55125 KDa
配列文字列: MFPSPRAQGM GSARRPFNSR LTGGRKALGP GVTASSSPSA LYSPVGRRVS ASGARSTPSR VYLHPAASET VNYNVQLFGS SLPVKVMEA LSNASADEPM AACIHEGGWA WLACNDRLII WKISHSSSAK LMVCKELPLP LSDSEWSADL VDICAQTGDP A AAQSVALM ...文字列:
MFPSPRAQGM GSARRPFNSR LTGGRKALGP GVTASSSPSA LYSPVGRRVS ASGARSTPSR VYLHPAASET VNYNVQLFGS SLPVKVMEA LSNASADEPM AACIHEGGWA WLACNDRLII WKISHSSSAK LMVCKELPLP LSDSEWSADL VDICAQTGDP A AAQSVALM AATPEGSSRY WPNILHEGTY IESYTEFGSS LCAFVTAVKG NSFILSSEKN QLVRLTPDAS GKMNQRVLPQ GQ GMLSGIG RRVSTLFGIL SPAVESTLCS VLWDKGDCFY TLTDSSINKW DLDDTSESQV LNWDMSRVLR EYISDAIWGS ESD YDDIKA GININYLSLN QNCDGLVILS AAWHPGDNPC QIYYTLVTVK DEGYNISDEI TVEVTQFNPV FQARGMQLCQ LVVP NFSSQ ACYLYTQEMI FACSTGTGRS TLPQEKIPFE AQGDNIVGAG SCEGWPVFFI RKSGMLTVVA RETASVLPEH MEESL SSVS KSSRQAVVKD SRPDQIAHDD KTKHLKAAFL RYCRKDILGA QSMVDSLFSD SDMEPDDELD LAVNQISVDL IDDYPA SDP RWAESVPEEA AGFSNTSLIL LHQLEDKMKA HSFFVDFLHQ VGLFSRLSTC QTKGMLVATR LLLSEHAEKL SAAIVLK NH HAKLPVLVNS AIQLALDKRM CTVPQNLTAA DVYFREVSQM EIIFECLVDK EEADLESTSI DSVEWANIVV NVNTILKD M LHVACQYRQS KNSLYKNESG IQEPEHVPWT ASSGTAGIRS VVTRQHGIIL KVYPQADSGL RTILIEQLAA LLNYLLDDY VTQLKSIDKL ANEERYNILE MEYAQKRSEL LSPLLILGQY AWASNLAEKY CDFDILVQIC EMTDNQSRLQ RYMTLFAEQN FSDFLFRWY LEKGKRGKLL SQPASQHGQL AAFLQAHDHL SWLHELNSQE FEKAHRTLQT LANMETRYFC KKKTLLGLSK L AALASDFQ EDVLQEKVEE IAEQEHFLLH QETLPKKLLE EKQLDLNAMP VLAPFQLIQL YVCEENKRAN ENDFMKALDL LE YIGDDSE VDVEELKLEI LCKAIKRDEW SATDGKDDPI EATKDSIFVK VLQNLLNKGI ELKGYLPKAE TLLQSEELNS LKT NSYFEF SLKANYECYM KMQS

+
分子 #10: MGC83295 protein

分子名称: MGC83295 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African clawed frog (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 227.854141 KDa
配列文字列: MAAQLALNSE ASLWGPYREI WQTVLSALIK RQPEAVHSLD IVLKKYKPDF ISLFKNPPKS AQQHERVQKA STEGIPIKGT QRTRILEEQ LIKEAFILSD LYNIGEIAAV ELLLIGEQQQ PTFHGLTRGL VAILLYWDGK SCMAESLLHL IQARKGKTFT L DHSPEVVS ...文字列:
MAAQLALNSE ASLWGPYREI WQTVLSALIK RQPEAVHSLD IVLKKYKPDF ISLFKNPPKS AQQHERVQKA STEGIPIKGT QRTRILEEQ LIKEAFILSD LYNIGEIAAV ELLLIGEQQQ PTFHGLTRGL VAILLYWDGK SCMAESLLHL IQARKGKTFT L DHSPEVVS MVTRFTDDLM EQGLTNKILT LISQIDVNNE FDKLKKERGL GNKKHRKEVS DLIKECQQSL AHSLYSWSCQ TP LNREDTL LLIGYLEKVT VEGDGSLDKV NLTLLMSLLY CLDVGFLEQG TDDREELMKQ ASMFMDRQYI AAIHNRLQNT QPW KSPGMQ ATVRLAWALA LRGISQFSEV LEFSEADEPM AEIAIGGNVF LFLTEAVVGS ESFCTDEFFI RRIHKLVTDF PTLM PMKVK QLRNRAEEDA RLIQMSMQMG NEPPASLRRD LEHLLLLIGE LYRKDPFHLE LALEYWCPTE PLQSTSLMGS FLGVA HQRP PQRQVLLSKF VRQMSDLLPA TLYLPYLKML RGLASGPQCA HYCFSLLKAN GGSSAENLQA AGGSPVSWDH FFHSLM LYH EHLRRDLPNT DNIHQRHPPL RGITQRELDG LIACLQLTCT IIDWSESARL ALCEHAQWMP VVVILGLLQC SIPPLLK AE LLKTLAAFGK SPEIAASLWQ SLEYTQILQT VRATGLRQGV GIEVELNEIE SRCEEYPLTR AFCQLISTLV ESSFPTNL G AGLRAPGFEP YLQFLRDTVF LRYRTRAYRR AAEKWEVAEA VLDVFYKLLK DYEPQPEDFV DQYVELQGEE RVAFKPPGF SLMHHLLNES PMLELCLSLM EEGVTQLDTY APFPGKKHLE KAVAYCFMLL NLTLQKENRF MDLLRESHLS MIVTPLEQLL QGINPRSKK ADNVVNIARY LCHGNSNAEL AFESAKILCS ISCNSKIQEK IVGDFTQDQN VSQKLMVGFV SCLDSEEAEE L LDSEKEAE DQVKQTNIRY MTKIHILNLL ITSLEMKAPN LAMFLLGYEL KKPVSTTNLQ DSGVLGCPRT CLHSILDILR KG TDVRAGP VAVWDTPHLA ELCYQVIYQL CACADTSGPT MRYLRTSQDF LFSQLQHLPF SVEESEISAM NQMSWLMKTA TIE LRITSL NRQRSHTQRL LHLLLDDMPT RPYSADGEGG MEDESRSLSG FLHFDTTSKV RRKILRILDS IQFSNEIPEP LQLD FFDRS QIEQVIANCE HKNRRGQTVC NVKLLHRVLV AEVNALQGMA AIGQRPLLME EINTILQYVV ERNKLLQCLH AKRHA LESW RQLVEIILTA CPQDLIPTEH RQLIIRDLLQ DLHVKILDDD AAQELMPIVA GAVFTLTAHL SQSVRTELKQ PMTASG LGQ SQYVQMLDGS FAAPPGTENI SAGFASIGDS SLHMILRNLL EFILKTGGGF QRVRAHLYGS LLYYLQIAQR PDEPDTL ES AHKSMWERLT APEDVFSKLQ RDNLSIFESY GTALMEVVCR DACDGHDIGR MLALALLDRI VSVDRQQQWL LYLSNSGY L KVLVDSLAED DVVLRNLLTP QPPLLKALYI YESKMAFLTR VAKSSQGAIE LLRSGVIVRL AQCQVYDMRP ETDPHGVFG MRETPVFIPA PVERYRQILL PALQICQLIL TSSTAQHLQA AGQVLQFLVA HSDTIQAILR SQEGSLGSLQ ELALLTGIIS KAALPGVLN ELDIGLNDGS MMELQGHIGR FQRQCLALLN RFGGSDRLRQ LSLQDDSSRL DGVSKKDDME LAMQQICSNV M EYCQALMI QNSPSFQQTV CLFTPSLKES ASRDGTRQDS QVSILPSWRL PSLGVVIHLL KQSANNFFTY YDIHRQSVGK LQ NVEQLPP DEIKELCQSE MPVGADKIST TQKYGLARRR LVKLINSRAK LLSLCSYIIE TCLYILWRHL EYYLLHCTTS DSQ DPVFSN MTFGNRRFQD TFNTDPNMDP RNLRQNKVSQ QDVDTLLREG ANSFGESLQK RLLDIESLYC KVRSRHSFIQ ALVR RIRGL LRVSRV

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分子 #11: Protein ELYS

分子名称: Protein ELYS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African clawed frog (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 268.771125 KDa
配列文字列: MQNLEAQVTG SLVAFPDVTQ KALKEDEINL DSVLRGKFST GRTSLAWLAC GPQLEITNSV TGERISAYHF SGLTERPPVV VAVKEFTWQ KKTGLLVGLV EAEGSVLCLY DIGISKVVKA VVLPGSVTAV EPIINHGGAS ASTQHLHQSL RWFFGVTAVV T DVGHVLLI ...文字列:
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分子 #12: Nuclear pore complex protein Nup93

分子名称: Nuclear pore complex protein Nup93 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African clawed frog (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 93.565156 KDa
配列文字列: MDGEGFGELL QQAEQLAAET EGVTELPHVE RNLQEIQQAG ERLRSKTMTR TSQESANVKA SVLLGSRGLD ISHISQRLES LSAATTFEP LEPVKDTDIQ GFLKNEKDNA LLSAIEESRK RTFVMAEEYH RESMLVEWEQ VKQRVLHTLL ASGEDALDFT Q ESETSYIS ...文字列:
MDGEGFGELL QQAEQLAAET EGVTELPHVE RNLQEIQQAG ERLRSKTMTR TSQESANVKA SVLLGSRGLD ISHISQRLES LSAATTFEP LEPVKDTDIQ GFLKNEKDNA LLSAIEESRK RTFVMAEEYH RESMLVEWEQ VKQRVLHTLL ASGEDALDFT Q ESETSYIS ESGAPGRSSL DNVEMAYARQ MYMYNEKVVS GHLQPSLVDL CTEAAERLDD KNVSDLWVMV KQMTDVPLIP AS DTLKSRC SGQMQMAFVR QALNYLEQSY KNYTLISVFA NLQQAQLGGV PGTYNLVRSF LNIRLPTPIP GLQDGEIEGY PVW ALIYYC MRCGDLMAAQ QVVNRAQHQL GDFKNCFQEY IHNKDRRLSP TTENKLRLHY RRAVRASTDP YKRAVYCIIG RCDV SDNHS EVADKTEDYL WLKLSQVCFE DEANSSPQDR LTLPQFQKQL FEDYGESHFA VNQQPYLYFQ VLFLTAQFEA AIAFL FRLE RTRCHAVHVA LALFELKLLL KSTGQSAQLL SQEPGEPQGV RRLNFIRLLM LYTRKFEPTD PREALQYFYF LRNEKD NQG ESMFLRCVSE LVIESREFDM LLGKLEKDGS RKPGAIDKFT RDTKTIINKV ASVAENKGLF EEAAKLYDLA KNPDKVL EL TNKLLSPVVS QISAPQSNRE RLKNMALAIA ERYKSQGVSA EKSINSTFYL LLDLITFFDE YHAGHIDLSF DVIERLKL V PLSQDSVEER VAAFRNFSDE IRHNLSEILL ATMNILFTQY KRLKGSGPTT LGRPQRVQED KDSVLRSQAR ALITFAGMI PYRMSGDTNA RLVQMEVLMN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3103

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 417490
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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