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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vci | ||||||
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タイトル | Structure of Xenopus laevis NPC nuclear ring asymmetric unit | ||||||
要素 |
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キーワード | NUCLEAR PROTEIN / nuclear pore complex (核膜孔) / nuclear ring / asymmetric unit | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GATOR2 complex / nephron development / nuclear pore inner ring / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery ...GATOR2 complex / nephron development / nuclear pore inner ring / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / COPII vesicle coat / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / structural constituent of nuclear pore / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mitotic metaphase chromosome alignment / cellular response to nutrient levels / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / nuclear periphery / 動原体 / protein import into nucleus / protein transport / 核膜 / lysosomal membrane / 細胞分裂 / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å | ||||||
データ登録者 | Tai, L. / Zhu, Y. / Sun, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2022 タイトル: 8 Å structure of the outer rings of the Xenopus laevis nuclear pore complex obtained by cryo-EM and AI. 著者: Linhua Tai / Yun Zhu / He Ren / Xiaojun Huang / Chuanmao Zhang / Fei Sun / 要旨: The nuclear pore complex (NPC), one of the largest protein complexes in eukaryotes, serves as a physical gate to regulate nucleocytoplasmic transport. Here, we determined the 8 Å resolution cryo- ...The nuclear pore complex (NPC), one of the largest protein complexes in eukaryotes, serves as a physical gate to regulate nucleocytoplasmic transport. Here, we determined the 8 Å resolution cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure of the outer rings containing nuclear ring (NR) and cytoplasmic ring (CR) from the Xenopus laevis NPC, with local resolutions reaching 4.9 Å. With the aid of AlphaFold2, we managed to build a pseudoatomic model of the outer rings, including the Y complexes and flanking components. In this most comprehensive and accurate model of outer rings to date, the almost complete Y complex structure exhibits much tighter interaction in the hub region. In addition to two copies of Y complexes, each asymmetric subunit in CR contains five copies of Nup358, two copies of the Nup214 complex, two copies of Nup205 and one copy of newly identified Nup93, while that in NR contains one copy of Nup205, one copy of ELYS and one copy of Nup93. These in-depth structural features represent a great advance in understanding the assembly of NPCs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vci.cif.gz | 2.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vci.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7vci.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vci | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Nuclear pore complex protein ... , 3種, 5分子 AJFOU
#1: タンパク質 | 分子量: 75160.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q68FJ0 #6: タンパク質 | 分子量: 104742.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: A0A1B8XZT4 #12: タンパク質 | | 分子量: 93565.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q7ZX96 |
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-タンパク質 , 9種, 16分子 BKCLDMENGPHQIRST
#2: タンパク質 | 分子量: 41744.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q05AW3 #3: タンパク質 | 分子量: 39777.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q4FZW5 #4: タンパク質 | 分子量: 163103.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) #5: タンパク質 | 分子量: 36588.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q66IZ6 #7: タンパク質 | 分子量: 35315.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q7ZYJ8 #8: タンパク質 | 分子量: 105398.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: A2RV69 #9: タンパク質 | 分子量: 127551.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: A0A1L8H1I9 #10: タンパク質 | | 分子量: 227854.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q642R6 #11: タンパク質 | | 分子量: 268771.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q5U249 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: nuclear pore complex核膜孔 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 6000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 417490 / 対称性のタイプ: POINT |