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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28254 | |||||||||
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タイトル | Composite 70S ribosome structure for "Atomistic simulations of the E. coli ribosome provide selection criteria for translationally active substrates | |||||||||
マップデータ | Composite 70S map from 50S- and 30S-focused refinements | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome (リボソーム) / tRNA (転移RNA) / e. coli (大腸菌) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / transferase activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Watson ZL / Cate JHD | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem / 年: 2023 タイトル: Atomistic simulations of the Escherichia coli ribosome provide selection criteria for translationally active substrates. 著者: Zoe L Watson / Isaac J Knudson / Fred R Ward / Scott J Miller / Jamie H D Cate / Alanna Schepartz / Ara M Abramyan / 要旨: As genetic code expansion advances beyond L-α-amino acids to backbone modifications and new polymerization chemistries, delineating what substrates the ribosome can accommodate remains a challenge. ...As genetic code expansion advances beyond L-α-amino acids to backbone modifications and new polymerization chemistries, delineating what substrates the ribosome can accommodate remains a challenge. The Escherichia coli ribosome tolerates non-L-α-amino acids in vitro, but few structural insights that explain how are available, and the boundary conditions for efficient bond formation are so far unknown. Here we determine a high-resolution cryogenic electron microscopy structure of the E. coli ribosome containing α-amino acid monomers and use metadynamics simulations to define energy surface minima and understand incorporation efficiencies. Reactive monomers across diverse structural classes favour a conformational space where the aminoacyl-tRNA nucleophile is <4 Å from the peptidyl-tRNA carbonyl with a Bürgi-Dunitz angle of 76-115°. Monomers with free energy minima that fall outside this conformational space do not react efficiently. This insight should accelerate the in vivo and in vitro ribosomal synthesis of sequence-defined, non-peptide heterooligomers. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28254.map.gz | 35.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28254-v30.xml emd-28254.xml | 67.1 KB 67.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28254.png | 191 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28254.cif.gz | 14.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28254 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28254 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28254.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 361.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite 70S map from 50S- and 30S-focused refinements | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8296 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : 70S ribosome complex with mRNA, A- and P-site Met-NH-tRNAs
+超分子 #1: 70S ribosome complex with mRNA, A- and P-site Met-NH-tRNAs
+分子 #1: 23S rRNA
+分子 #2: 5S rRNA
+分子 #32: Met-NH-tRNA
+分子 #33: 16S rRNA
+分子 #54: mRNA
+分子 #3: 50S ribosomal protein L2
+分子 #4: 50S ribosomal protein L3
+分子 #5: 50S ribosomal protein L4
+分子 #6: 50S ribosomal protein L5
+分子 #7: 50S ribosomal protein L6
+分子 #8: 50S ribosomal protein L9
+分子 #9: 50S ribosomal protein L13
+分子 #10: 50S ribosomal protein L14
+分子 #11: 50S ribosomal protein L15
+分子 #12: 50S ribosomal protein L16
+分子 #13: 50S ribosomal protein L17
+分子 #14: 50S ribosomal protein L18
+分子 #15: 50S ribosomal protein L19
+分子 #16: 50S ribosomal protein L20
+分子 #17: Ribosomal protein L21
+分子 #18: 50S ribosomal protein L22
+分子 #19: 50S ribosomal protein L23
+分子 #20: 50S ribosomal protein L24
+分子 #21: 50S ribosomal protein L25
+分子 #22: 50S ribosomal protein L27
+分子 #23: 50S ribosomal protein L28
+分子 #24: 50S ribosomal protein L29
+分子 #25: 50S ribosomal protein L30
+分子 #26: 50S ribosomal protein L32
+分子 #27: 50S ribosomal protein L33
+分子 #28: 50S ribosomal protein L34
+分子 #29: 50S ribosomal protein L35
+分子 #30: 50S ribosomal protein L36
+分子 #31: 50S ribosomal protein L31
+分子 #34: 30S ribosomal protein S2
+分子 #35: 30S ribosomal protein S3
+分子 #36: 30S ribosomal protein S4
+分子 #37: 30S ribosomal protein S5
+分子 #38: 30S ribosomal protein S6
+分子 #39: 30S ribosomal protein S7
+分子 #40: 30S ribosomal protein S8
+分子 #41: 30S ribosomal protein S9
+分子 #42: 30S ribosomal protein S10
+分子 #43: 30S ribosomal protein S11
+分子 #44: 30S ribosomal protein S12
+分子 #45: 30S ribosomal protein S13
+分子 #46: 30S ribosomal protein S14
+分子 #47: 30S ribosomal protein S15
+分子 #48: 30S ribosomal protein S16
+分子 #49: 30S ribosomal protein S17
+分子 #50: 30S ribosomal protein S18
+分子 #51: 30S ribosomal protein S19
+分子 #52: 30S ribosomal protein S20
+分子 #53: 30S ribosomal protein S21
+分子 #55: MAGNESIUM ION
+分子 #56: SPERMIDINE
+分子 #57: SPERMINE
+分子 #58: POTASSIUM ION
+分子 #59: ZINC ION
+分子 #60: METHIONINE
+分子 #61: PAROMOMYCIN
+分子 #62: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: OTHER 詳細: This is a composite map from 50S- and 30S-focused maps 使用した粒子像数: 129455 |