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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21227 | ||||||||||||
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タイトル | BG505 SOSIP.v5.2.N241.N289 in complex with rhesus macaque Fab RM19R | ||||||||||||
マップデータ | BG505 SOSIP.v5.2.N241.N289 in complex with rhesus macaque Fab RM19R | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Cottrell CA / Ward AB | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2020 タイトル: Targeting HIV Env immunogens to B cell follicles in nonhuman primates through immune complex or protein nanoparticle formulations. 著者: Jacob T Martin / Christopher A Cottrell / Aleksandar Antanasijevic / Diane G Carnathan / Benjamin J Cossette / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Stephanie ...著者: Jacob T Martin / Christopher A Cottrell / Aleksandar Antanasijevic / Diane G Carnathan / Benjamin J Cossette / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Stephanie Fischinger / Talar Tokatlian / Kimberly M Cirelli / George Ueda / Jeffrey Copps / Torben Schiffner / Sergey Menis / Galit Alter / William R Schief / Shane Crotty / Neil P King / David Baker / Guido Silvestri / Andrew B Ward / Darrell J Irvine / 要旨: Following immunization, high-affinity antibody responses develop within germinal centers (GCs), specialized sites within follicles of the lymph node (LN) where B cells proliferate and undergo somatic ...Following immunization, high-affinity antibody responses develop within germinal centers (GCs), specialized sites within follicles of the lymph node (LN) where B cells proliferate and undergo somatic hypermutation. Antigen availability within GCs is important, as B cells must acquire and present antigen to follicular helper T cells to drive this process. However, recombinant protein immunogens such as soluble human immunodeficiency virus (HIV) envelope (Env) trimers do not efficiently accumulate in follicles following traditional immunization. Here, we demonstrate two strategies to concentrate HIV Env immunogens in follicles, via the formation of immune complexes (ICs) or by employing self-assembling protein nanoparticles for multivalent display of Env antigens. Using rhesus macaques, we show that within a few days following immunization, free trimers were present in a diffuse pattern in draining LNs, while trimer ICs and Env nanoparticles accumulated in B cell follicles. Whole LN imaging strikingly revealed that ICs and trimer nanoparticles concentrated in as many as 500 follicles in a single LN within two days after immunization. Imaging of LNs collected seven days postimmunization showed that Env nanoparticles persisted on follicular dendritic cells in the light zone of nascent GCs. These findings suggest that the form of antigen administered in vaccination can dramatically impact localization in lymphoid tissues and provides a new rationale for the enhanced immune responses observed following immunization with ICs or nanoparticles. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21227.map.gz | 85.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21227-v30.xml emd-21227.xml | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21227_fsc.xml | 10.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21227.png | 163.9 KB | ||
マスクデータ | emd_21227_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_21227_half_map_1.map.gz emd_21227_half_map_2.map.gz | 70.9 MB 70.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21227 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21227 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21227.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | BG505 SOSIP.v5.2.N241.N289 in complex with rhesus macaque Fab RM19R | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21227_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: BG505 SOSIP.v5.2.N241.N289 in complex with rhesus macaque Fab RM19R
ファイル | emd_21227_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | BG505 SOSIP.v5.2.N241.N289 in complex with rhesus macaque Fab RM19R | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: BG505 SOSIP.v5.2.N241.N289 in complex with rhesus macaque Fab RM19R
ファイル | emd_21227_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | BG505 SOSIP.v5.2.N241.N289 in complex with rhesus macaque Fab RM19R | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : BG505 SOSIP.v5.2.N241.N289 in complex with rhesus macaque Fab RM19R
全体 | 名称: BG505 SOSIP.v5.2.N241.N289 in complex with rhesus macaque Fab RM19R |
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要素 |
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-超分子 #1: BG505 SOSIP.v5.2.N241.N289 in complex with rhesus macaque Fab RM19R
超分子 | 名称: BG505 SOSIP.v5.2.N241.N289 in complex with rhesus macaque Fab RM19R タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
-分子 #1: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 53.265309 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETKKHNVWA THCCVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETKKHNVWA THCCVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CTNVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV IIRSENI TNNAKNILVQ LNESVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQWFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG |
-分子 #2: BG505 SOSIPv5.2 gp41
分子 | 名称: BG505 SOSIPv5.2 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.178549 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEC QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #3: RM19R Kappa Light Chain
分子 | 名称: RM19R Kappa Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 11.808134 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AIRMTQSPAI LSLSPGERAT LSCRASQSVD SRLAWYQQKP GQSPRLLIYD VSSRATGIPD RFSGSGSGTE FTLTISSLEP EDVAVYFCH QENDWPWTFG QGTKVEIK |
-分子 #4: RM19R Heavy Chain
分子 | 名称: RM19R Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 13.268667 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGPG LVRPSETLSL TCAVSGDSIS TNNGWSWIRQ TPGKGLEWIG YINGRSGSTR YNPSLQSRVT ISTDTSGNQF SLKVNSVTA ADTAKYYCAF FWSTYYKRFD VWGPGVRVTV SS |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 39 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 1247 / 平均露光時間: 12.5 sec. / 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-6vkn: |