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- EMDB-11875: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana complex-I (open conform... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11875
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis thaliana complex-I (open conformation)
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana complex-I (open conformation)
    • タンパク質・ペプチド: x 46種
  • リガンド: x 13種
機能・相同性
機能・相同性情報


anther dehiscence / vegetative to reproductive phase transition of meristem / cold acclimation / NADH dehydrogenase complex / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / 光呼吸 / embryo development ending in seed dormancy / response to abscisic acid / plant-type vacuole / regulation of reactive oxygen species metabolic process ...anther dehiscence / vegetative to reproductive phase transition of meristem / cold acclimation / NADH dehydrogenase complex / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / 光呼吸 / embryo development ending in seed dormancy / response to abscisic acid / plant-type vacuole / regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to osmotic stress / cobalt ion binding / 色素体 / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase activity / ubiquinone binding / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / protein homotrimerization / electron transport coupled proton transport / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / acyl carrier activity / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / 細胞呼吸 / response to salt stress / respiratory electron transport chain / 葉緑体 / 電子伝達系 / ミトコンドリア / carbonate dehydratase activity / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / fatty acid biosynthetic process / ペルオキシソーム / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ミトコンドリア内膜 / carbohydrate metabolic process / ミトコンドリアマトリックス / copper ion binding / 核小体 / ミトコンドリア / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / At2g27730-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 ...Putative NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / At2g27730-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / Hexapeptide repeat / Soluble ligand binding domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / GRIM-19 / GRIM-19 protein / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NDUFA6, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NDUFB9, LYR domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Trimeric LpxA-like superfamily / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADHデヒドロゲナーゼ / NuoE domain / CHCH / NADH:ubiquinone oxidoreductase / CHCH domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A / Acyl carrier protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-A / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / Acyl carrier protein 1, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 ...NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A / Acyl carrier protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-A / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / Acyl carrier protein 1, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial / At4g16450 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A / 膜貫通型タンパク質 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Excitatory amino acid transporter / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / At1g67350 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / At2g31490 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein / Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / At2g46540/F11C10.23 / Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / thale cress (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者Klusch N / Kuelbrandt W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2021
タイトル: A ferredoxin bridge connects the two arms of plant mitochondrial complex I.
著者: Niklas Klusch / Jennifer Senkler / Özkan Yildiz / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun /
要旨: Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two ...Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two arms, which form a conserved L-shape. We report the structures of the intact, 47-subunit mitochondrial complex I from Arabidopsis thaliana and the 51-subunit complex I from the green alga Polytomella sp., both at around 2.9 Å resolution. In both complexes, a heterotrimeric γ-carbonic anhydrase domain is attached to the membrane arm on the matrix side. Two states are resolved in A. thaliana complex I, with different angles between the two arms and different conformations of the ND1 (NADH dehydrogenase subunit 1) loop near the quinol binding site. The angle appears to depend on a bridge domain, which links the peripheral arm to the membrane arm and includes an unusual ferredoxin. We propose that the bridge domain participates in regulating the activity of plant complex I.
履歴
登録2020年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月2日-
マップ公開2022年3月2日-
更新2022年3月2日-
現状2022年3月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7ar7
  • 表面レベル: 0.011
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11875.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11875.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.011
最小 - 最大-0.03679776 - 0.11912532
平均 (標準偏差)6.365711e-05 (±0.0010330073)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 502.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8370.8370.837
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z502.200502.200502.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.0370.1190.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11875_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_11875_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana complex-I (open conform...

全体名称: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana complex-I (open conformation)
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana complex-I (open conformation)
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: At2g46540/F11C10.23
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein膜貫通型タンパク質
    • タンパク質・ペプチド: Excitatory amino acid transporter
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-A
    • タンパク質・ペプチド: At4g16450
    • タンパク質・ペプチド: ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein
    • タンパク質・ペプチド: At1g67350
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: AT2G31490 protein
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B
    • タンパク質・ペプチド: Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: B14.5a
    • タンパク質・ペプチド: unknown
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDEフラビンモノヌクレオチド
  • リガンド: Ubiquinone-9ユビキノン
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINEホスファチジルエタノールアミン
  • リガンド: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
  • リガンド: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE
  • リガンド: Phosphatidylinositolホスファチジルイノシトール

+
超分子 #1: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana complex-I (open conform...

超分子名称: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana complex-I (open conformation)
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#46
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

+
分子 #1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.941387 KDa
配列文字列:
MMLEFAPIFI YLVISLLVSL ILLGVPFLFA SNSSTYPEKL SAYECGFDPF GDARSRFDIR FYLVSILFLI FDLEVTFFFP WAVSLNKID LFGFWSMMAF LFILTIGFLY EWKRGALDWE

+
分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 17.794744 KDa
配列文字列:
SKAAEFVISK VDDLMNWART GSIWPMTFGL ACCAVEMMHT GAARYDLDRF GIIFRPSPRQ SDCMIVAGTL TNKMAPALRK VYDQMPEPR WVISMGSCAN GGGYYHYSYS VVRGCDRIVP VDIYVPGCPP TAEALLYGLL QLQKKINRRK DFLHWWNK

+
分子 #3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 22.366369 KDa
配列文字列:
MDNQFIFKYS WETLPKKWVK KMERSEHGNR FDTNTDYLFQ LLCFLKLHTY TRVQVLIDIC GVDYPSRKRR FEVVYNLLST RYNSRIRVQ TSADEVTRIS SVVSLFPSAG WWEREVWDMF GVSFINHPDL RRILTDYGFE GHPLRKDFPL SGYVQVRYDD P EKRVVSEP IEMTQEFRYF DFASPWE

+
分子 #4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 43.889418 KDa
配列文字列: NFTLNFGPQH PAAHGVLRLV LEMNGEVVER AEPHIGLLHR GTEKLIEYKT YLQALPYFDR LDYVSMMAQE HAYSLAVEKL LNCEVPLRA QYIRVLFCEI TRILNHLLAL TTHAMDVGAL TPFLWAFEER EKLLEFYERV SGARMHASFI RPGGVAQDLP L GLCRDIDS ...文字列:
NFTLNFGPQH PAAHGVLRLV LEMNGEVVER AEPHIGLLHR GTEKLIEYKT YLQALPYFDR LDYVSMMAQE HAYSLAVEKL LNCEVPLRA QYIRVLFCEI TRILNHLLAL TTHAMDVGAL TPFLWAFEER EKLLEFYERV SGARMHASFI RPGGVAQDLP L GLCRDIDS FTQQFASRID ELEEMLTGNR IWKQRLVDIG TVTAQQAKDW GFSGVMLRGS GVCWDLRRAA PYDVYDQLDF DV PVGTRGD CYDRYCIRIE EMRQSLRIIV QCLNQMPSGM IKADDRKLCP PSRCRMKLSM ESLIHHFELY TEGFSVPASS TYT AVEAPK GEFGVFLVSN GSNRPYRCKI RAPGFAHSQG LDFMSKHHML ADVVTIIGTQ DIVFGEVDR

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分子 #5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 21.411398 KDa
配列文字列: TALNYHLDSP DNKPDLPWEF SEANQSKVKE ILSYYPSNYK QSAVIPLLDL AQQQNGGWLP VSAMNAVAKV IEVAPIRVYE VATFYSMFN RAKVGKYHLL VCGTTPCMIR GSRDIESALL DHLGVKRGEV TKDGLFSVGE MECMGCCVNA PMITVADYSN G SEGYTYNY ...文字列:
TALNYHLDSP DNKPDLPWEF SEANQSKVKE ILSYYPSNYK QSAVIPLLDL AQQQNGGWLP VSAMNAVAKV IEVAPIRVYE VATFYSMFN RAKVGKYHLL VCGTTPCMIR GSRDIESALL DHLGVKRGEV TKDGLFSVGE MECMGCCVNA PMITVADYSN G SEGYTYNY FEDVTPEKVV EIVEKLRKGE KPPH

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分子 #6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 48.087199 KDa
配列文字列: EKTHFGGLKD EDRIFTNLYG LHDPFLKGAM KRGDWHRTKD LVLKGTDWIV NEMKKSGLRG RGGAGFPSGL KWSFMPKVSD GRPSYLVVN ADESEPGTCK DREIMRHDPH KLLEGCLIAG VGMRASAAYI YIRGEYVNER LNLEKARREA YAAGLLGKNA C GSGYDFEV ...文字列:
EKTHFGGLKD EDRIFTNLYG LHDPFLKGAM KRGDWHRTKD LVLKGTDWIV NEMKKSGLRG RGGAGFPSGL KWSFMPKVSD GRPSYLVVN ADESEPGTCK DREIMRHDPH KLLEGCLIAG VGMRASAAYI YIRGEYVNER LNLEKARREA YAAGLLGKNA C GSGYDFEV YIHFGAGAYI CGEETALLES LEGKQGKPRL KPPFPANAGL YGCPTTVTNV ETVAVSPTIL RRGPEWFSSF GR KNNAGTK LFCISGHVNK PCTVEEEMSI PLKELIERHC GGVRGGWDNL LAIIPGGSSV PLIPKNICED VLMDFDALKA VQS GLGTAA VIVMDKSTDV VDAIARLSYF YKHESCGQCT PCREGTGWLW MIMERMKVGN AKLEEIDMLQ EVTKQIEGHT ICAL GDAAA WPVQGLIRHF RPELERRIRE RAERELLQA

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分子 #7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 75.10082 KDa
配列文字列: RNPVGGARVH FSNPEDAIEV FVDGYAVKVP KGFTVLQACE VAGVDIPRFC YHSRLSIAGN CRMCLVEVEK SPKPVASCAM PALPGMKIK TDTPIAKKAR EGVMEFLLMN HPLDCPICDQ GGECDLQDQS MAFGSDRGRF TEMKRSVVDK NLGPLVKTVM T RCIQCTRC ...文字列:
RNPVGGARVH FSNPEDAIEV FVDGYAVKVP KGFTVLQACE VAGVDIPRFC YHSRLSIAGN CRMCLVEVEK SPKPVASCAM PALPGMKIK TDTPIAKKAR EGVMEFLLMN HPLDCPICDQ GGECDLQDQS MAFGSDRGRF TEMKRSVVDK NLGPLVKTVM T RCIQCTRC VRFASEVAGV QDLGILGRGS GEEIGTYVEK LMTSELSGNV IDICPVGALT SKPFAFKARN WELKATETID VS DAVGSNI RVDSRGPEVM RIIPRLNEDI NEEWISDKTR FCYDGLKRQR LSDPMIRDSD GRFKAVSWRD ALAVVGDIIH QVK PDEIVG VAGQLSDAES MMVLKDFVNR MGSDNVWCEG TAAGVDADLR YSYLMNTSIS GLENADLFLL IGTQPRVEAA MVNA RICKT VRASNAKVGY VGPPAEFNYD CKHLGTGPDT LKEIAEGRHP FCTALKNAKN PAIIVGAGLF NRTDKNAILS SVESI AQAN NVVRPDWNGL NFLLQYAAQA AALDLGLIQQ SAKALESAKF VYLMGADDVN VDKIPKDAFV VYQGHHGDKA VYRANV ILP ASAFTEKEGT YENTEGFTQQ TVPAVPTVGD ARDDWKIVRA LSEVSGVKLP YNSIEGVRSR IKSVAPNLVH TDEREPA AF GPSLKPECKE AMSTTPFQTV VENFYMTNSI TRASKIMAQC SAVLLK

+
分子 #8: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 35.888875 KDa
配列文字列: YIAVPAEILG IILPLLLGVA FLVLAERKVM AFVQRRKGPD VVGSFGLLQP LADGLKLILK EPISPSSANF FLFRMAPVAT FMLSLVAWA VVPFDYGMVL SDLNIGLLYL FAISSLGVYG IIIAGRSSNS KYAFLGALRS AAQMVSYEVS IGLILITVLI C VGSCNLSE ...文字列:
YIAVPAEILG IILPLLLGVA FLVLAERKVM AFVQRRKGPD VVGSFGLLQP LADGLKLILK EPISPSSANF FLFRMAPVAT FMLSLVAWA VVPFDYGMVL SDLNIGLLYL FAISSLGVYG IIIAGRSSNS KYAFLGALRS AAQMVSYEVS IGLILITVLI C VGSCNLSE IVMAQKQIWF GIPLFPVLVM FFISCLAETN RAPFDLPEAE AELVAGYNVE YSSMGFALFF LGEYANMILM SG LCTLFFL GGWLPILDLP IFKKIPGSIW FSIKVLFFLF LYIWVRAAFP RYRYDQLMGL GWKVFLPLSL AWVVSVSGLL VTF QWLP

+
分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-A, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 19.72327 KDa
配列文字列:
KEISKDWNTV FERSINTLFL TEMVRGLSLT LKYFFDPKVT INYPFEKGPL SPRFRGEHAL RRYPTGEERC IACKLCEAVC PAQAITIEA EEREDGSRRT TRYDIDMTKC IYCGFCQEAC PVDAIVEGPN FEFATETHEE LLYDKEKLLE NGDRWETEIA E NLRSESLY R

+
分子 #10: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 23.690385 KDa
配列文字列: MILSVLSSLA LVSGLMVVRA KNPVHSVLFF ILVFCDTSGL LLLLGLDFFA MIFLVVYIGA IAVLFLFVVM MFHIQIAEIH EEVLRYLPV SGIIGLIFWW EMFFILDNES IPLLPTQRNT TSLRYTVYAG KVRSWTNLET LGNLLYTYYF VWFLVSSLIL L VAMIGAIV ...文字列:
MILSVLSSLA LVSGLMVVRA KNPVHSVLFF ILVFCDTSGL LLLLGLDFFA MIFLVVYIGA IAVLFLFVVM MFHIQIAEIH EEVLRYLPV SGIIGLIFWW EMFFILDNES IPLLPTQRNT TSLRYTVYAG KVRSWTNLET LGNLLYTYYF VWFLVSSLIL L VAMIGAIV LTMHRTTKVK RQDVFRRNAI DFRRTIMRRT TDPLTIY

+
分子 #11: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.892114 KDa
配列文字列:
MDLIKYFTFS MIIFILGIWG ILLNRRNILI MLMSIELMLL AVNLNFLVFS VSLDDMMGQV FALLVLTVAA AESAIGLAIF VITFRVRG

+
分子 #12: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 68.21475 KDa
配列文字列: MYLLIVFLPL LGSSVAGFFG RFLGSEGSAI MTTTCVSFSS ILSLIAFYEV ALGASACYLR IAPWISSEMF DASWGFLFDS LTVVMLIVV TFISSLVHLY SISYMSEDPH SPRFMCYLSI FTFFMLMLVT GDNFLQLFLG WEGVGLASYL LIHFWFTRLQ A DKAAIKAM ...文字列:
MYLLIVFLPL LGSSVAGFFG RFLGSEGSAI MTTTCVSFSS ILSLIAFYEV ALGASACYLR IAPWISSEMF DASWGFLFDS LTVVMLIVV TFISSLVHLY SISYMSEDPH SPRFMCYLSI FTFFMLMLVT GDNFLQLFLG WEGVGLASYL LIHFWFTRLQ A DKAAIKAM LVNRVGDFGL ALGILGCFTL FQTVDFSTIF ACASVPRNSW IFCNMRLNAI SLICILLFIG AVGKSAQIGL HT WLPDAME GPTPVSALIH AATMVTAGVF MIARCSPLFE YSPTALIVIT FAGAMTSFLA ATTGILQNDL KRVIAYSTCS QLG YMIFAC GISNYSVSVF HLMNHAFFKA LLFLSAGSVI HAMSDEQDMR KMGGLASSFP LTYAMMLIGS LSLIGFPFLT GFYS KDVIL ELAYTKYTIS GNFAFWLGSV SVLFTSYYSF RLLFLTFLVP TNSFGRDISR CHDAPIPMAI PLILLALGSL FVGYL AKDM MIGLGTNFWA NSLLVLPKNE ILAESEFAAP TIIKLIPILF STLGAFVAYN VNLVADQFQR AFQTSTFCNR LYSFFN KRW FFDQVLNDFL VRSFLRFGYE VSFEALDKGA IEILGPYGIS YTFRRLAERI SQ

+
分子 #13: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 55.001484 KDa
配列文字列: YFNLSGLILC PVLGSIILLF IPNSRIRLIR LIGLCASLIT FLYSLVLWIQ FDSSTAKFQF VESLRWLPYE NINFYLGIDG ISLFFVILT TFLIPICILV GWSGMRSYGK EYIIAFLICE FLMIAVFCML DLLLFYVFFE SVLIPMFIII GVWGSRQRKI K AAYQFFLY ...文字列:
YFNLSGLILC PVLGSIILLF IPNSRIRLIR LIGLCASLIT FLYSLVLWIQ FDSSTAKFQF VESLRWLPYE NINFYLGIDG ISLFFVILT TFLIPICILV GWSGMRSYGK EYIIAFLICE FLMIAVFCML DLLLFYVFFE SVLIPMFIII GVWGSRQRKI K AAYQFFLY TLLGSLFMLL AILLILFQTG TTDLQILLTT EFSERRQIFL WIAFFASFAV KVPMVPVHIW LPEAHVEAPT AG SVILAGI LLKFGTYGFL RFSIPMFPEA TLCFTPFIYT LSAIAIIYTS LTTLRQIDLK KIIAYSSVAH MNLVTIGMFS LNI QGIGGS ILLMLSHGLV SSALFLCVGV LYDRHKTRLV RYYGGLVSTM PNFSTIFFFF TLANMSLPGT SSFIGEFLIL VGAF QRNSL VATLAALGMI LGAAYSLWLY NRVVSGNLKP DFLHKFSDLN GREVFIFIPF LVGLVWMGVY PKVFLDCMHT SVSNL VQHG KFH

+
分子 #14: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 54.161207 KDa
配列文字列: MFNLFLAVFP EIFIINATFI LLIHGVVFST SKKYDYPPLA SNVGWLGLLS VLITLLLLAA GAPLLTIAHL FWNNLFRRDN FTYFCQIFL LLSTAGTISM CFDFFDQERF DAFEFIVLIL LSTCGMLFMI SAYDLIAMYL AIELQSLCFY VIAASKRKSE F STEAGLKY ...文字列:
MFNLFLAVFP EIFIINATFI LLIHGVVFST SKKYDYPPLA SNVGWLGLLS VLITLLLLAA GAPLLTIAHL FWNNLFRRDN FTYFCQIFL LLSTAGTISM CFDFFDQERF DAFEFIVLIL LSTCGMLFMI SAYDLIAMYL AIELQSLCFY VIAASKRKSE F STEAGLKY LILGAFSSGI LLFGCSMIYG STGATHFDQL AKILTGYEIT GARSSGIFMG ILFIAVGFLF KITAVPFHMW AP DIYEGSP TPVTAFLSIA PKISIFANIL RVFIYGSYGA TLQQIFFFCS IASMILGALA AMAQTKVKRL LAYSSIGHVG YIC IGFSCG TIEGIQSLLI GIFIYALMTM DAFAIVLALR QTRVKYIADL GALAKTNPIL AITFSITMFS YAGIPPLAGF CSKF YLFFA ALGCGAYFLA LVGVVTSVIG CFYYIRLVKR MFFDTPRTWI LYEPMDRNKS LLLAMTSFFI TLFLLYPSPL FSVTH QMAL SLYL

+
分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mit...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 36.400199 KDa
配列文字列: VGHLARKGTG GRSSVSGIVA TVFGATGFLG RYLVQQLAKM GSQVLVPFRG SEDSPRHLKL MGDLGQVVPM KFDPRDEDSI KAVMAKANV VINLIGREYE TRNFSFEDAN HHIAEKLALV AKEHGGIMRY IQVSCLGASV SSPSRMLRAK AAAEEAVLNA L PEATIMRP ...文字列:
VGHLARKGTG GRSSVSGIVA TVFGATGFLG RYLVQQLAKM GSQVLVPFRG SEDSPRHLKL MGDLGQVVPM KFDPRDEDSI KAVMAKANV VINLIGREYE TRNFSFEDAN HHIAEKLALV AKEHGGIMRY IQVSCLGASV SSPSRMLRAK AAAEEAVLNA L PEATIMRP ATMIGTEDRI LNPWSMFVKK YGFLPLIGGG TTKFQPVYVV DVAAAIVAAL KDDGSSMGKT YELGGPDVFT TH ELAEIMY DMIREWPRYV KLPFPIAKAM AAPRDFMVNK VPFPLPSPQI FNLDQINALT TDTLVSDNAL KFQDLDLVPH KLK GYPVEF LIQYR

+
分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.290985 KDa
配列文字列:
KRGEIGKVSG IPEEHLSRKV IIYSPARTAT QSGSGKLGKW KINFVSTLKW ENPLMGWTST GDPYANVGDS ALAFDSEEAA KSFAERHGW DYKVKKPNTP LLKVKSYSDN FKWKGNPQPE

+
分子 #17: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 6.928023 KDa
配列文字列:
RSKKSPMELI SEVPPIKVDG RIVACEGDTN PALGHPIEFI CLDLNEPAIC KYCGLRYVQD HH

+
分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 10.433207 KDa
配列文字列:
AWRGSISKSM KELRILLCQS SPASAPTRTF VEKNYKDLKS LNPKLPILIR ECSGVQPQMW ARYDMGVERC VNLDGLTEPQ ILKALENLV KSGA

+
分子 #19: Acyl carrier protein 1, mitochondrial

分子名称: Acyl carrier protein 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.526669 KDa
配列文字列:
DDHLSREAVV DRVLDVVKSF PKVDPSKVTP EVHFQNDLGL DSLDTVEIVM AIEEEFKLEI PDKEADKIDS CSLAIEYVYN HPMS

+
分子 #20: Acyl carrier protein 2, mitochondrial

分子名称: Acyl carrier protein 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.232275 KDa
配列文字列:
FLDKSEVTDR VLSVVKNFQK VDPSKVTPKA NFQNDLGLDS LDSVEVVMAL EEEFGFEIPD NEADKIQSID LAVDFIASHP QAK

+
分子 #21: Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subun...

分子名称: Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 16.006163 KDa
配列文字列:
AKVKQTTGIV GLDVVPNARA VLIDLYSKTL KEIQAVPEDE GYRKAVESFT RQRLNVCKEE EDWEMIEKRL GCGQVEELIE EARDELTLI GKMIEWDPWG VPDDYECEVI ENDAPIPKHV PQHRPGPLPE QFYKTLEGLI A

+
分子 #22: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 15.102261 KDa
配列文字列:
MAAPFALRKI GVPPNSANLT EARRRVFDFF RAACRSIPTI MDIYNLQDVV APSQLRYAIS AQIRNNAHIT DPKVIDLLIF KGMEELTDI VDHAKQRHHI IGQYVVGEGL VQNTGNKDQG KTDFLKNFYT SNYF

+
分子 #23: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.036894 KDa
配列文字列:
NPIPTSAVLT ASAKHIGMRC MPENVAFLKC KKNDPNPEKC LDKGRDVTRC VLGLLKDLHQ KCQKEMDDYV GCMYYYTNEF DLCRKEQEA FEKVCPL

+
分子 #24: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 14.150146 KDa
配列文字列:
PLLQDGPPPG GFAPVRYARR ISNTGPSAMA MFLAVSGAFA WGMYQVGQGN KIRRALKEEK YAARRTILPI LQAEEDERFV SEWKKYLEY EADVMKDVPG WKVGENVYNS GRWMPPATGE LRPDVW

+
分子 #25: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 6.717929 KDa
配列文字列:
LVWLEAMLPL GIIGGMLCIM GNSQYYIHKA YHGRPKHIGH DEWDVAMERR DKKVVEKA

+
分子 #26: At2g46540/F11C10.23

分子名称: At2g46540/F11C10.23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 4.240167 KDa
配列文字列:
PVMEKLRMFV AQEPVVAASC LIGGVGLFLP AVVRPILDSL

+
分子 #27: Transmembrane protein

分子名称: Transmembrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 8.811344 KDa
配列文字列:
GDFRAKVWSM TGGPNCRPKH WRRNTAIAMF GVFLVCIPIA KLSAKLEQRP HMPVRPIPSQ IWCKNFGTKD DYEKEH

+
分子 #28: Excitatory amino acid transporter

分子名称: Excitatory amino acid transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 8.457983 KDa
配列文字列:
PISATMVGAL LGLGTQMYSN ALRKLPYMRH PWEHVVGMGL GAVFANQLVK WDVKLKEDLD VMLAKARAAN ERRYF

+
分子 #29: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-A

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 7.847912 KDa
配列文字列:
ASGWGITGNK GRCYDFWMDF SECMSHCREP KDCTLLREDY LECLHHSKEF QRRNRIYKEE QRKL

+
分子 #30: At4g16450

分子名称: At4g16450 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 10.720277 KDa
配列文字列:
MNTDITALEK AQYPVVDRNP AFTKVVGNFS TLDYLRFSTI TGISVTVGYL SGIKPGIKGP SMVTGGLIGL MGGFMYAYQN SAGRLMGFF PNDGEVASYQ K

+
分子 #31: ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein

分子名称: ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 8.319505 KDa
配列文字列:
WATPGHEERP KGYFMNRTPP APGQSRKWED WELPCYITSF LTIVILGVGL NAKPDLSIET WAHQKALERL EM

+
分子 #32: At1g67350

分子名称: At1g67350 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 10.493911 KDa
配列文字列:
GFIMEFAENL VLRLMENPEE RDRKAREHIY EMHERCKKIK EMWALPIRPY GFWTFERHNA QLRWDPQISQ VAGRRDPYDD LLEDN

+
分子 #33: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 5.878873 KDa
配列文字列:
GITYKGVTVH TPKTWHTVTG KGLCAVMWFW ILYRAKQDGP VVMGWRHPWD G

+
分子 #34: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 5.337173 KDa
配列文字列:
PLGTTGEFFR RRDEWRKHPM LSNQMRHALP GIGIGVGAFC VYLVGEQ

+
分子 #35: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 5.074872 KDa
配列文字列:
YEALAWLSGG LGFFVGLGLL AVLNDKASKV PFTPRVYPYD NLRVEL

+
分子 #36: AT2G31490 protein

分子名称: AT2G31490 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 8.003188 KDa
配列文字列:
METNKNKFIE DWGSARENLE HNFRWTRRNF ALIGIFGIAL PIIVYKGIVK DFHMQDEDAG RPHRKFL

+
分子 #37: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 12.86448 KDa
配列文字列:
AAYFARRAAQ KERVRILYRR ALKDTLNWAV HRHIFYRDAS DLREKFNVNQ DVEDVDRIDK LIAHGEAEYN KWRHPDPYIV PWAPGGSKF CRNPTPPAGI EIVYNYGLED

+
分子 #38: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 9.509255 KDa
配列文字列:
KKMIATQEEM SAAKIALGSR DMCAHLLIPL NKCRQAEFYL PWKCEDERHV YEKCEYELVM ERMLAMKKIR EEEALAKQNK

+
分子 #39: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.070687 KDa
配列文字列:
GRKKGLPEFE ESAPDGFDPE NPYKDPVAMV EMREHIVREK WIQIEKAKIL REKVKWCYRV EGVNHYQKCR HLVQQYLDST RGVGWGKDH RPIS

+
分子 #40: Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

分子名称: Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 7.325027 KDa
配列文字列:
GATLVGVDKF GNKYYQKLGD TQYGRHRWVE YASKDRYNAS QVPAEWHGWL HFITDHTGDE LLS

+
分子 #41: B14.5a

分子名称: B14.5a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 1.245536 KDa
配列文字列:
PPIRRYVLTK

+
分子 #42: unknown

分子名称: unknown / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 2.571161 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

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分子 #43: Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial

分子名称: Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 3.208709 KDa
配列文字列:
PKVSEDKNRN YAVVAGVVAI VGSIGWYLKA

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分子 #44: Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial

分子名称: Gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 23.542941 KDa
配列文字列: PKSQVTPSPD RVKWDYRGQR QIIPLGQWLP KVAVDAYVAP NVVLAGQVTV WDGSSVWNGA VLRGDLNKIT VGFCSNVQER CVVHAAWSS PTGLPAQTLI DRYVTVGAYS LLRSCTIEPE CIIGQHSILM EGSLVETRSI LEAGSVLPPG RRIPSGELWG G NPARFIRT ...文字列:
PKSQVTPSPD RVKWDYRGQR QIIPLGQWLP KVAVDAYVAP NVVLAGQVTV WDGSSVWNGA VLRGDLNKIT VGFCSNVQER CVVHAAWSS PTGLPAQTLI DRYVTVGAYS LLRSCTIEPE CIIGQHSILM EGSLVETRSI LEAGSVLPPG RRIPSGELWG G NPARFIRT LTNEETLEIP KLAVAINHLS GDYFSEFLPY STIYLEVEKF KKSLGI

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分子 #45: Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial

分子名称: Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 28.947855 KDa
配列文字列: GTLGRAIYTV GNWIRGTGQA LDRVGSLLQG SHRIEEHLSR HRTLMNVFDK SPLVDKDVFV APSASVIGDV QIGKGSSIWY GCVLRGDVN NISVGSGTNI QDNTLVHVAK TNISGKVLPT LIGDNVTVGH SAVIHGCTVE DDAFVGMGAT LLDGVVVEKH A MVAAGSLV ...文字列:
GTLGRAIYTV GNWIRGTGQA LDRVGSLLQG SHRIEEHLSR HRTLMNVFDK SPLVDKDVFV APSASVIGDV QIGKGSSIWY GCVLRGDVN NISVGSGTNI QDNTLVHVAK TNISGKVLPT LIGDNVTVGH SAVIHGCTVE DDAFVGMGAT LLDGVVVEKH A MVAAGSLV KQNTRIPSGE VWGGNPAKFM RKLTDEEIVY ISQSAKNYIN LAQIHASENS KSFEQIEVER ALRKKYARKD ED YDSMLGI TRETPPELIL PDNVLPGGKP V

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分子 #46: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial

分子名称: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
由来(天然)生物種: thale cress (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 25.202623 KDa
配列文字列: GTLGRAFYSV GFWIRETGQA LDRLGCRLQG KNYFREQLSR HRTLMNVFDK APIVDKEAFV APSASVIGDV HIGRGSSIWY GCVLRGDVN TVSVGSGTNI QDNSLVHVAK SNLSGKVHPT IIGDNVTIGH SAVLHGCTVE DETFIGMGAT LLDGVVVEKH G MVAAGALV ...文字列:
GTLGRAFYSV GFWIRETGQA LDRLGCRLQG KNYFREQLSR HRTLMNVFDK APIVDKEAFV APSASVIGDV HIGRGSSIWY GCVLRGDVN TVSVGSGTNI QDNSLVHVAK SNLSGKVHPT IIGDNVTIGH SAVLHGCTVE DETFIGMGAT LLDGVVVEKH G MVAAGALV RQNTRIPSGE VWGGNPARFL RKLTDEEIAF ISQSATNYSN LAQAHAAENA KPLNVIEFEK VLRKK

+
分子 #47: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #48: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #49: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

+
分子 #50: Ubiquinone-9

分子名称: Ubiquinone-9 / タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 1 / 式: UQ9
分子量理論値: 795.226 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ9:
Ubiquinone-9

+
分子 #51: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 3 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

+
分子 #52: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5...

分子名称: (7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 2 / 式: PC7
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-PC7:
(7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

+
分子 #53: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol

分子名称: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 1 / 式: LMN
分子量理論値: 1.005188 KDa
Chemical component information

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル

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分子 #54: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 54 / コピー数: 1 / 式: NDP
分子量理論値: 745.421 Da
Chemical component information

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸

+
分子 #55: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 55 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #56: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...

分子名称: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 2 / 式: 8Q1
分子量理論値: 540.651 Da
Chemical component information

ChemComp-8Q1:
S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate

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分子 #57: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 57 / コピー数: 1 / 式: PGT
分子量理論値: 751.023 Da
Chemical component information

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

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分子 #58: 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE

分子名称: 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / タイプ: ligand / ID: 58 / コピー数: 1 / 式: PSF
分子量理論値: 455.437 Da
Chemical component information

ChemComp-PSF:
1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジル-L-セリン / ホスファチジルセリン

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分子 #59: Phosphatidylinositol

分子名称: Phosphatidylinositol / タイプ: ligand / ID: 59 / コピー数: 1 / 式: T7X
分子量理論値: 887.128 Da
Chemical component information

ChemComp-T7X:
Phosphatidylinositol / ホスファチジルイノシトール

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48933
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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