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タイトルStructure and design of Langya virus glycoprotein antigens.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 121, Issue 16, Page e2314990121, Year 2024
掲載日2024年4月16日
著者Zhaoqian Wang / Matthew McCallum / Lianying Yan / Cecily A Gibson / William Sharkey / Young-Jun Park / Ha V Dang / Moushimi Amaya / Ashley Person / Christopher C Broder / David Veesler /
PubMed 要旨Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which ...Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which are the main targets of neutralizing antibodies. We show here that the LayV F and G glycoproteins promote membrane fusion with human, mouse, and hamster target cells using a different, yet unknown, receptor than Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) and that NiV- and HeV-elicited monoclonal and polyclonal antibodies do not cross-react with LayV F and G. We determined cryoelectron microscopy structures of LayV F, in the prefusion and postfusion states, and of LayV G, revealing their conformational landscape and distinct antigenicity relative to NiV and HeV. We computationally designed stabilized LayV G constructs and demonstrate the generalizability of an HNV F prefusion-stabilization strategy. Our data will support the development of vaccines and therapeutics against LayV and closely related HNVs.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:38593070 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.9 Å
構造データ

41636

8tvb

EMDB-41636, PDB-8tvb:
Ghanaian virus fusion glycoprotein (GhV F)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

41639

8tve

EMDB-41639, PDB-8tve:
Langya henipavirus fusion protein in postfusion state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

41640

8tvf

EMDB-41640, PDB-8tvf:
Langya henipavirus fusion protein in prefusion state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

41641

8tvg

EMDB-41641, PDB-8tvg:
Langya henipavirus postfusion F protein in complex with the 4G5 Fab, local refinement of the viral membrane distal region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

41642

8tvh

EMDB-41642, PDB-8tvh:
Langya henipavirus postfusion F protein in complex with 4G5 Fab, local refinement of the viral membrane proximal region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

41643

8tvi

EMDB-41643, PDB-8tvi:
Langya Virus G glycoprotein (LayV G) with stabilizing mutations
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-41644: Langya henipavirus postfusion fusion protein in complex with 4G5 Fab (global refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

43593

8vwp

EMDB-43593, PDB-8vwp:
Langya Virus attachment (G) glycoprotein with K85L/L86K mutation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • henipavirus ghanaense (ウイルス)
  • thermotoga maritima msb8 (テルモトガ・マリティマ)
  • langya virus (ウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • Mus sp. (ネズミ)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / GhV F / Glycoprotein (糖タンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Inhibitor / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) / Langya / henipavirus / fusion protein (融合タンパク質) / postfusion / LayVF / prefusion / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / LayVG / LayV / G protein (Gタンパク質) / attachment protein / attachment glycoprotein / Langya virus / protein design (タンパク質設計) / protein stabilization / attachment

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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