+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41641 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Langya henipavirus postfusion F protein in complex with the 4G5 Fab, local refinement of the viral membrane distal region | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Langya / henipavirus / fusion protein (融合タンパク質) / postfusion / LayVF / SSGCID / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | |||||||||
生物種 | Langya virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang Z / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler D | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Structure and design of Langya virus glycoprotein antigens. 著者: Zhaoqian Wang / Matthew McCallum / Lianying Yan / Cecily A Gibson / William Sharkey / Young-Jun Park / Ha V Dang / Moushimi Amaya / Ashley Person / Christopher C Broder / David Veesler / 要旨: Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which ...Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which are the main targets of neutralizing antibodies. We show here that the LayV F and G glycoproteins promote membrane fusion with human, mouse, and hamster target cells using a different, yet unknown, receptor than Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) and that NiV- and HeV-elicited monoclonal and polyclonal antibodies do not cross-react with LayV F and G. We determined cryoelectron microscopy structures of LayV F, in the prefusion and postfusion states, and of LayV G, revealing their conformational landscape and distinct antigenicity relative to NiV and HeV. We computationally designed stabilized LayV G constructs and demonstrate the generalizability of an HNV F prefusion-stabilization strategy. Our data will support the development of vaccines and therapeutics against LayV and closely related HNVs. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41641.map.gz | 398.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-41641-v30.xml emd-41641.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41641.png | 34.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41641.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_41641_additional_1.map.gz emd_41641_half_map_1.map.gz emd_41641_half_map_2.map.gz | 211.8 MB 391.2 MB 391.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41641 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41641 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41641.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9835 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Unsharpened
ファイル | emd_41641_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41641_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41641_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Langya henipavirus postfusion F protein
全体 | 名称: Langya henipavirus postfusion F protein |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Langya henipavirus postfusion F protein
超分子 | 名称: Langya henipavirus postfusion F protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Langya virus (ウイルス) |
-分子 #1: Langya henipavirus postfusion F protein
分子 | 名称: Langya henipavirus postfusion F protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Langya virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 58.480812 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAFLKSAIIC YLLFYPHIVK SSLHYDSLSK VGIIKGLTYN YKIKGSPSTK LMVVKLIPNI DGVRNCTQKQ FDEYKNLVKN VLEPVKLAL NAMLDNVKSG NNKYRFAGAI MAGVALGVAT AATVTAGIAL HRSNENAQAI ANMKNAIQNT NEAVKQLQLA N KQTLAVID ...文字列: MAFLKSAIIC YLLFYPHIVK SSLHYDSLSK VGIIKGLTYN YKIKGSPSTK LMVVKLIPNI DGVRNCTQKQ FDEYKNLVKN VLEPVKLAL NAMLDNVKSG NNKYRFAGAI MAGVALGVAT AATVTAGIAL HRSNENAQAI ANMKNAIQNT NEAVKQLQLA N KQTLAVID TIRGEINNNI IPVINQLSCD TIGLSVGIKL TQYYSEILTA FGPALQNPVN TRITIQAISS VFNRNFDELL KI MGYTSGD LYEILHSGLI RGNIIDVDVE AGYIALEIEF PNLTLVPNAV VQELMPISYN VDGDEWVTLV PRFVLTRTTL LSN IDTSRC TVTESSVICD NDYALPMSYE LIGCLQGDTS KCAREKVVSS YVPRFALSDG LVYANCLNTI CRCMDTDTPI SQSL GTTVS LLDNKKCLVY QVGDILISVG SYLGEGEYSA DNVELGPPVV IDKIDIGNQL AGINQTLQNA EDYIEKSEEF LKGIN PSMK QIEDKIEEIL SKIYHIENEI ARIKKLIGEA PGGSIEGRGS GGGSHHHHHH |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 詳細: 10mM OG |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 24 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 63.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60440 |