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Structure paper

タイトルStructure and conformational plasticity of the intact V/A-type ATPase.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 365, Issue 6455, Year 2019
掲載日2019年8月23日
著者Long Zhou / Leonid A Sazanov /
PubMed 要旨V (vacuolar)/A (archaeal)-type adenosine triphosphatases (ATPases), found in archaea and eubacteria, couple ATP hydrolysis or synthesis to proton translocation across the plasma membrane using the ...V (vacuolar)/A (archaeal)-type adenosine triphosphatases (ATPases), found in archaea and eubacteria, couple ATP hydrolysis or synthesis to proton translocation across the plasma membrane using the rotary-catalysis mechanism. They belong to the V-type ATPase family, which differs from the mitochondrial/chloroplast F-type ATP synthases in overall architecture. We solved cryo-electron microscopy structures of the intact V/A-ATPase, reconstituted into lipid nanodiscs, in three rotational states and two substates. These structures indicate substantial flexibility between V and V in a working enzyme, which results from mechanical competition between central shaft rotation and resistance from the peripheral stalks. We also describe details of adenosine diphosphate inhibition release, V-V torque transmission, and proton translocation, which are relevant for the entire V-type ATPase family.
リンクScience / PubMed:31439765
手法EM (単粒子)
解像度3.25 - 4.3 Å
構造データ

4640

6qum

EMDB-4640, PDB-6qum:
Thermus thermophilus V/A-type ATPase/synthase, rotational state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

4699

6r0w

EMDB-4699, PDB-6r0w:
Thermus thermophilus V/A-type ATPase/synthase, rotational state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

4700

6r0y

EMDB-4700, PDB-6r0y:
Thermus thermophilus V/A-type ATPase/synthase, rotational state 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

4702

6r0z

EMDB-4702, PDB-6r0z:
Thermus thermophilus V/A-type ATPase/synthase, rotational state 1L
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

4703

6r10

EMDB-4703, PDB-6r10:
Thermus thermophilus V/A-type ATPase/synthase, rotational state 1R
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

由来
  • Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
  • thermus thermophilus (strain hb8 / atcc 27634 / dsm 579) (サーマス・サーモフィルス)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ATP hydrolysis/synthesis / proton translocation / rotary catalysis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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