[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルUnderstanding the molecular mechanisms of odorant binding and activation of the human OR52 family.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 8105, Year 2023
掲載日2023年12月7日
著者Chulwon Choi / Jungnam Bae / Seonghan Kim / Seho Lee / Hyunook Kang / Jinuk Kim / Injin Bang / Kiheon Kim / Won-Ki Huh / Chaok Seok / Hahnbeom Park / Wonpil Im / Hee-Jung Choi /
PubMed 要旨Structural and mechanistic studies on human odorant receptors (ORs), key in olfactory signaling, are challenging because of their low surface expression in heterologous cells. The recent structure of ...Structural and mechanistic studies on human odorant receptors (ORs), key in olfactory signaling, are challenging because of their low surface expression in heterologous cells. The recent structure of OR51E2 bound to propionate provided molecular insight into odorant recognition, but the lack of an inactive OR structure limited understanding of the activation mechanism of ORs upon odorant binding. Here, we determined the cryo-electron microscopy structures of consensus OR52 (OR52), a representative of the OR52 family, in the ligand-free (apo) and octanoate-bound states. The apo structure of OR52 reveals a large opening between transmembrane helices (TMs) 5 and 6. A comparison between the apo and active structures of OR52 demonstrates the inward and outward movements of the extracellular and intracellular segments of TM6, respectively. These results, combined with molecular dynamics simulations and signaling assays, shed light on the molecular mechanisms of odorant binding and activation of the OR52 family.
リンクNat Commun / PubMed:38062020 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.84 - 3.66 Å
構造データ

35010

8hti

EMDB-35010, PDB-8hti:
Human Consensus Olfactory Receptor OR52c in Complex with Octanoic Acid (OCA) and G Protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-35770: Human Consensus Olfactory Receptor OR52c in Complex with Octanoic Acid (OCA) and G Protein (Consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-35772: Human Consensus Olfactory Receptor OR52c in Complex with Octanoic Acid (OCA) and G Protein (Receptor-focused map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

EMDB-35773: Human Consensus Olfactory Receptor OR52c in Complex with Octanoic Acid (OCA) and G Protein (G protein-focused map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

35971

8j46

EMDB-35971, PDB-8j46:
Human Consensus Olfactory Receptor OR52c in apo state, OR52c-bRIL
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.66 Å

37336

8w77

EMDB-37336, PDB-8w77:
Human Consensus Olfactory Receptor OR52c in apo state, OR52c only
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.61 Å

PDB-8htg:
Crystal structure of Golf in complex with GTP-gamma S and Mg
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.91 Å

化合物

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GSP:
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-OCA:
OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸 / カプリル酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein (Gタンパク質) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Olfactory Receptor (嗅覚受容体) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / Olfactory GPCR

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る