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タイトルStructure of the Portal Complex from Staphylococcus aureus Pathogenicity Island 1 Transducing Particles In Situ and In Isolation.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 436, Issue 4, Page 168415, Year 2024
掲載日2023年12月21日
著者Amarshi Mukherjee / James L Kizziah / N'Toia C Hawkins / Mohamed O Nasef / Laura K Parker / Terje Dokland /
PubMed 要旨Staphylococcus aureus is an important human pathogen, and the prevalence of antibiotic resistance is a major public health concern. The evolution of pathogenicity and resistance in S. aureus often ...Staphylococcus aureus is an important human pathogen, and the prevalence of antibiotic resistance is a major public health concern. The evolution of pathogenicity and resistance in S. aureus often involves acquisition of mobile genetic elements (MGEs). Bacteriophages play an especially important role, since transduction represents the main mechanism for horizontal gene transfer. S. aureus pathogenicity islands (SaPIs), including SaPI1, are MGEs that carry genes encoding virulence factors, and are mobilized at high frequency through interactions with specific "helper" bacteriophages, such as 80α, leading to packaging of the SaPI genomes into virions made from structural proteins supplied by the helper. Among these structural proteins is the portal protein, which forms a ring-like portal at a fivefold vertex of the capsid, through which the DNA is packaged during virion assembly and ejected upon infection of the host. We have used high-resolution cryo-electron microscopy to determine structures of the S. aureus bacteriophage 80α portal itself, produced by overexpression, and in situ in the empty and full SaPI1 virions, and show how the portal interacts with the capsid. These structures provide a basis for understanding portal and capsid assembly and the conformational changes that occur upon DNA packaging and ejection.
リンクJ Mol Biol / PubMed:38135177 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 3.5 Å
構造データ

43033

8v8b

EMDB-43033, PDB-8v8b:
Structure of 80alpha portal protein expressed in E. coli
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

43142

8vd4

EMDB-43142, PDB-8vd4:
SaPI1 mature capsid structure containing DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

43143

8vd5

EMDB-43143, PDB-8vd5:
SaPI1 mature capsid structure without DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

43145

8vd8

EMDB-43145, PDB-8vd8:
SaPI1 portal structure in mature capsids containing DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

43146

8vdc

EMDB-43146, PDB-8vdc:
SaPI1 portal structure in mature capsids without DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

43147

8vde

EMDB-43147, PDB-8vde:
SaPI1 portal-capsid interface in mature capsids with DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

由来
  • staphylococcus phage 80alpha (ファージ)
  • dubowvirus dv80alpha (ウイルス)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / complex / phage (ファージ) / sapi / portal / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / capsid (カプシド)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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