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タイトルTroponin Structural Dynamics in the Native Cardiac Thin Filament Revealed by Cryo Electron Microscopy.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 436, Issue 6, Page 168498, Year 2024
掲載日2024年2月20日
著者Cristina M Risi / Betty Belknap / Jennifer Atherton / Isabella Leite Coscarella / Howard D White / P Bryant Chase / Jose R Pinto / Vitold E Galkin /
PubMed 要旨Cardiac muscle contraction occurs due to repetitive interactions between myosin thick and actin thin filaments (TF) regulated by Ca levels, active cross-bridges, and cardiac myosin-binding protein C ...Cardiac muscle contraction occurs due to repetitive interactions between myosin thick and actin thin filaments (TF) regulated by Ca levels, active cross-bridges, and cardiac myosin-binding protein C (cMyBP-C). The cardiac TF (cTF) has two nonequivalent strands, each comprised of actin, tropomyosin (Tm), and troponin (Tn). Tn shifts Tm away from myosin-binding sites on actin at elevated Ca levels to allow formation of force-producing actomyosin cross-bridges. The Tn complex is comprised of three distinct polypeptides - Ca-binding TnC, inhibitory TnI, and Tm-binding TnT. The molecular mechanism of their collective action is unresolved due to lack of comprehensive structural information on Tn region of cTF. C1 domain of cMyBP-C activates cTF in the absence of Ca to the same extent as rigor myosin. Here we used cryo-EM of native cTFs to show that cTF Tn core adopts multiple structural conformations at high and low Ca levels and that the two strands are structurally distinct. At high Ca levels, cTF is not entirely activated by Ca but exists in either partially or fully activated state. Complete dissociation of TnI C-terminus is required for full activation. In presence of cMyBP-C C1 domain, Tn core adopts a fully activated conformation, even in absence of Ca. Our data provide a structural description for the requirement of myosin to fully activate cTFs and explain increased affinity of TnC to Ca in presence of active cross-bridges. We suggest that allosteric coupling between Tn subunits and Tm is required to control actomyosin interactions.
リンクJ Mol Biol / PubMed:38387550 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度5.1 - 7.1 Å
構造データ

EMDB-42681, PDB-8uww:
The structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-free state from the upper strand
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

EMDB-42682, PDB-8uwx:
The structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-free tilted state from the upper strand
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-42683, PDB-8uwy:
The structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-free rotated state from the upper strand
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-42800, PDB-8uyd:
The structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-free state from the lower strand
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-42833, PDB-8uz5:
The structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-free rotated state from the lower strand
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

EMDB-42835, PDB-8uz6:
The structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-free tilted state from the lower strand
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-42846, PDB-8uzx:
The structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-bound fully activated state from the upper strand
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

EMDB-42847, PDB-8uzy:
The structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-bound partially activated state from the upper strand
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-42849, PDB-8v01:
The structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-bound fully activated state 1 from the lower strand
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-42856, PDB-8v0i:
The structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-bound fully activated state 2 from the lower strand
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.8 Å

EMDB-42858, PDB-8v0k:
The structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-bound partially activated state from the lower strand
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

EMDB-42874, PDB-8v0y:
The structure of the native cardiac thin filament troponin core in Ca2+-free state from the upper strand activated by the C1-domain of cardiac myosin binding protein C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • sus scrofa (ブタ)
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / thin filament (ミオフィラメント) / troponin (トロポニン) / tropomyosin (トロポミオシン) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / muscle structure / myosin binding protein C

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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