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タイトルAntibody-directed evolution reveals a mechanism for enhanced neutralization at the HIV-1 fusion peptide site.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 7593, Year 2023
掲載日2023年11月21日
著者Bailey B Banach / Sergei Pletnev / Adam S Olia / Kai Xu / Baoshan Zhang / Reda Rawi / Tatsiana Bylund / Nicole A Doria-Rose / Thuy Duong Nguyen / Ahmed S Fahad / Myungjin Lee / Bob C Lin / Tracy Liu / Mark K Louder / Bharat Madan / Krisha McKee / Sijy O'Dell / Mallika Sastry / Arne Schön / Natalie Bui / Chen-Hsiang Shen / Jacy R Wolfe / Gwo-Yu Chuang / John R Mascola / Peter D Kwong / Brandon J DeKosky /
PubMed 要旨The HIV-1 fusion peptide (FP) represents a promising vaccine target, but global FP sequence diversity among circulating strains has limited anti-FP antibodies to ~60% neutralization breadth. Here we ...The HIV-1 fusion peptide (FP) represents a promising vaccine target, but global FP sequence diversity among circulating strains has limited anti-FP antibodies to ~60% neutralization breadth. Here we evolve the FP-targeting antibody VRC34.01 in vitro to enhance FP-neutralization using site saturation mutagenesis and yeast display. Successive rounds of directed evolution by iterative selection of antibodies for binding to resistant HIV-1 strains establish a variant, VRC34.01_mm28, as a best-in-class antibody with 10-fold enhanced potency compared to the template antibody and ~80% breadth on a cross-clade 208-strain neutralization panel. Structural analyses demonstrate that the improved paratope expands the FP binding groove to accommodate diverse FP sequences of different lengths while also recognizing the HIV-1 Env backbone. These data reveal critical antibody features for enhanced neutralization breadth and potency against the FP site of vulnerability and accelerate clinical development of broad HIV-1 FP-targeting vaccines and therapeutics.
リンクNat Commun / PubMed:37989731 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.49 - 2.7 Å
構造データ

28617

8euu

EMDB-28617, PDB-8euu:
Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 DS-SOSIP ENV trimer bound to VRC34.01 FAB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

28618

8euv

EMDB-28618, PDB-8euv:
Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 DS-SOSIP ENV trimer bound to VRC34.01-COMBO1 FAB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

28619

8euw

EMDB-28619, PDB-8euw:
Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 DS-SOSIP ENV trimer bound to VRC34.01-MM28 FAB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

PDB-8eli:
Broadly neutralizing antibody VRC34-combo.1 in complex with HIV fusion peptide (residue 512-519)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.49 Å

PDB-8f7z:
VRC34.01_mm28 bound to fusion peptide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • hiv-1 06tg.ht008 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / VRC34 / Fusion peptide (膜融合タンパク質) / broadly neutralizing / VIRAL PROTEIN/ IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / broadly neutralizing antibody (中和抗体) / HIV-1 / glycoprotein (糖タンパク質) / viral protein (ウイルスタンパク質) / FP-targeting vaccines / VIRAL PROTEIN- IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) / FP-NEUTRALIZING ANTIBODY

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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