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タイトルCryo EM structures map a post vaccination polyclonal antibody response to canine parvovirus.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 6, Issue 1, Page 955, Year 2023
掲載日2023年9月19日
著者Samantha R Hartmann / Andrew J Charnesky / Simon P Früh / Robert A López-Astacio / Wendy S Weichert / Nadia DiNunno / Sung Hung Cho / Carol M Bator / Colin R Parrish / Susan L Hafenstein /
PubMed 要旨Canine parvovirus (CPV) is an important pathogen that emerged by cross-species transmission to cause severe disease in dogs. To understand the host immune response to vaccination, sera from dogs ...Canine parvovirus (CPV) is an important pathogen that emerged by cross-species transmission to cause severe disease in dogs. To understand the host immune response to vaccination, sera from dogs immunized with parvovirus are obtained, the polyclonal antibodies are purified and used to solve the high resolution cryo EM structures of the polyclonal Fab-virus complexes. We use a custom software, Icosahedral Subparticle Extraction and Correlated Classification (ISECC) to perform subparticle analysis and reconstruct polyclonal Fab-virus complexes from two different dogs eight and twelve weeks post vaccination. In the resulting polyclonal Fab-virus complexes there are a total of five distinct Fabs identified. In both cases, any of the five antibodies identified would interfere with receptor binding. This polyclonal mapping approach identifies a specific, limited immune response to the live vaccine virus and allows us to investigate the binding of multiple different antibodies or ligands to virus capsids.
リンクCommun Biol / PubMed:37726539 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.8 Å
構造データ

26786

7utp

EMDB-26786, PDB-7utp:
CPV Affinity Purified Polyclonal Fab A Site Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

26787

7utr

EMDB-26787, PDB-7utr:
CPV Affinity Purified Polyclonal Fab B Site Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

26788

7uts

EMDB-26788, PDB-7uts:
CPV Total-Fab Polyclonal A Site Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

26789

7utu

EMDB-26789, PDB-7utu:
CPV Total-Fab Polyclonal B Site Fab (1 of 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

26790

7utv

EMDB-26790, PDB-7utv:
CPV Total-Fab Polyclonal B Site Fab (2 of 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

由来
  • canis lupus familiaris (イヌ)
  • canine parvovirus type 2 (isolate dog/united states/cpv-b/1978) (ウイルス)
  • canine parvovirus strain b (ウイルス)
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / CPV / polyclonal Fab / A site (リボソーム) / vaccination (予防接種) / VIRUS (ウイルス) / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex / B site

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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