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タイトルSynergistic activation of the insulin receptor via two distinct sites.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 29, Issue 4, Page 357-368, Year 2022
掲載日2022年3月31日
著者Jie Li / Junhee Park / John P Mayer / Kristofor J Webb / Emiko Uchikawa / Jiayi Wu / Shun Liu / Xuewu Zhang / Michael H B Stowell / Eunhee Choi / Xiao-Chen Bai /
PubMed 要旨Insulin receptor (IR) signaling controls multiple facets of animal physiology. Maximally four insulins bind to IR at two distinct sites, termed site-1 and site-2. However, the precise functional ...Insulin receptor (IR) signaling controls multiple facets of animal physiology. Maximally four insulins bind to IR at two distinct sites, termed site-1 and site-2. However, the precise functional roles of each binding event during IR activation remain unresolved. Here, we showed that IR incompletely saturated with insulin predominantly forms an asymmetric conformation and exhibits partial activation. IR with one insulin bound adopts a Γ-shaped conformation. IR with two insulins bound assumes a Ƭ-shaped conformation. One insulin binds at site-1 and another simultaneously contacts both site-1 and site-2 in the Ƭ-shaped IR dimer. We further show that concurrent binding of four insulins to sites-1 and -2 prevents the formation of asymmetric IR and promotes the T-shaped symmetric, fully active state. Collectively, our results demonstrate how the synergistic binding of multiple insulins promotes optimal IR activation.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:35361965 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 5.0 Å
構造データ

EMDB-25188, PDB-7sl1:
Full-length insulin receptor bound with site 1 binding deficient mutant insulin (A-V3E)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-25189, PDB-7sl2:
Full-length insulin receptor bound with site 2 binding deficient mutant insulin (A-L13R) -- asymmetric conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-25190, PDB-7sl3:
Full-length insulin receptor bound with site 2 binding deficient mutant insulin (A-L13R) -- symmetric conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-25191, PDB-7sl4:
Full-length insulin receptor bound with site 2 binding deficient mutant insulin (B-L17R) -- asymmetric conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-25192, PDB-7sl6:
Full-length insulin receptor bound with site 2 binding deficient mutant insulin (B-L17R) -- symmetric conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-25193, PDB-7sl7:
Full-length insulin receptor bound with both site 1 binding deficient mutant insulin (A-V3E) and site 2 binding deficient mutant insulin (A-L13R)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-25428, PDB-7sth:
Full-length insulin receptor bound with unsaturated insulin WT (2 insulin bound) symmetric conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-25429, PDB-7sti:
Full-length insulin receptor bound with unsaturated insulin WT (1 insulin bound) asymmetric conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-25430, PDB-7stj:
Full-length insulin receptor bound with unsaturated insulin WT (2 insulins bound) asymmetric conformation (Conformation 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-25431, PDB-7stk:
Full-length insulin receptor bound with unsaturated insulin WT (2 insulins bound) asymmetric conformation (Conformation 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN/HORMONE / insulin receptor (インスリン受容体) / site 1 binding deficient mutant insulin / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-HORMONE complex / site 2 binding deficient mutant insulin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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