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Structure paper

タイトルComprehensive structure and functional adaptations of the yeast nuclear pore complex.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 185, Issue 2, Page 361-378.e25, Year 2022
掲載日2022年1月20日
著者Christopher W Akey / Digvijay Singh / Christna Ouch / Ignacia Echeverria / Ilona Nudelman / Joseph M Varberg / Zulin Yu / Fei Fang / Yi Shi / Junjie Wang / Daniel Salzberg / Kangkang Song / Chen Xu / James C Gumbart / Sergey Suslov / Jay Unruh / Sue L Jaspersen / Brian T Chait / Andrej Sali / Javier Fernandez-Martinez / Steven J Ludtke / Elizabeth Villa / Michael P Rout /
PubMed 要旨Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub- ...Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub-nanometer resolution to show how flexible connectors tie together different structural and functional layers. These connectors may be targets for phosphorylation and regulated disassembly in cells with an open mitosis. Moreover, some nucleoporin pairs and transport factors have similar interaction motifs, which suggests an evolutionary and mechanistic link between assembly and transport. We provide evidence for three major NPC variants that may foreshadow functional specializations at the nuclear periphery. Cryo-electron tomography extended these studies, providing a model of the in situ NPC with a radially expanded inner ring. Our comprehensive model reveals features of the nuclear basket and central transporter, suggests a role for the lumenal Pom152 ring in restricting dilation, and highlights structural plasticity that may be required for transport.
リンクCell / PubMed:34982960 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度7.6 - 37.0 Å
構造データ

EMDB-24224:
Combined 3D structure of the isolated yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-24225:
Low resolution, multi-part 3D structure of the isolated yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.0 Å

24231

7n84

EMDB-24231, PDB-7n84:
Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.6 Å

24232

7n85

EMDB-24232, PDB-7n85:
Inner ring spoke from the isolated yeast NPC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

24258

7n9f

EMDB-24258, PDB-7n9f:
Structure of the in situ yeast NPC
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 37.0 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • Baker's yeast (パン酵母)
キーワードTRANSLOCASE (輸送酵素) / nuclear pore complex (核膜孔) / outer ring / Nup84 complex / inner ring (C・S・ルイス) / spoke / NPC / nucleocytoplasmic transport

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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