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Structure paper

タイトルEvolutionary shift toward protein-based architecture in trypanosomal mitochondrial ribosomes.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 362, Issue 6413, Year 2018
掲載日2018年10月26日
著者David J F Ramrath / Moritz Niemann / Marc Leibundgut / Philipp Bieri / Céline Prange / Elke K Horn / Alexander Leitner / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban /
PubMed 要旨Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , ...Ribosomal RNA (rRNA) plays key functional and architectural roles in ribosomes. Using electron microscopy, we determined the atomic structure of a highly divergent ribosome found in mitochondria of , a unicellular parasite that causes sleeping sickness in humans. The trypanosomal mitoribosome features the smallest rRNAs and contains more proteins than all known ribosomes. The structure shows how the proteins have taken over the role of architectural scaffold from the rRNA: They form an autonomous outer shell that surrounds the entire particle and stabilizes and positions the functionally important regions of the rRNA. Our results also reveal the "minimal" set of conserved rRNA and protein components shared by all ribosomes that help us define the most essential functional elements.
リンクScience / PubMed:30213880
手法EM (単粒子)
解像度3.08 - 7.8 Å
構造データ

0229

6hiv

EMDB-0229, PDB-6hiv:
Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the complete mitoribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

0230

6hiw

EMDB-0230, PDB-6hiw:
Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the complete small mitoribosomal subunit in complex with mt-IF-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

0231

6hix

EMDB-0231, PDB-6hix:
Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the large mitoribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

0232

6hiy

EMDB-0232, PDB-6hiy:
Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the body of the small mitoribosomal subunit in complex with mt-IF-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

0233

6hiz

EMDB-0233, PDB-6hiz:
Cryo-EM structure of the Trypanosoma brucei mitochondrial ribosome - This entry contains the head of the small mitoribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン / スペルミジン

ChemComp-UTP:
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / UTP*YM / ウリジン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン / スペルミン

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド

ChemComp-SER:
SERINE / セリン / セリン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / mitoribosome / translation (翻訳 (生物学)) / Trypanosoma (トリパノソーマ) / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 12S rRNA / 9S rRNA / ribosomal protein / mitochondrial initiation factor IF-3

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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