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タイトルStructural basis for coupling protein transport and N-glycosylation at the mammalian endoplasmic reticulum.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 360, Issue 6385, Page 215-219, Year 2018
掲載日2018年4月13日
著者Katharina Braunger / Stefan Pfeffer / Shiteshu Shrimal / Reid Gilmore / Otto Berninghausen / Elisabet C Mandon / Thomas Becker / Friedrich Förster / Roland Beckmann /
PubMed 要旨Protein synthesis, transport, and N-glycosylation are coupled at the mammalian endoplasmic reticulum by complex formation of a ribosome, the Sec61 protein-conducting channel, and ...Protein synthesis, transport, and N-glycosylation are coupled at the mammalian endoplasmic reticulum by complex formation of a ribosome, the Sec61 protein-conducting channel, and oligosaccharyltransferase (OST). Here we used different cryo-electron microscopy approaches to determine structures of native and solubilized ribosome-Sec61-OST complexes. A molecular model for the catalytic OST subunit STT3A (staurosporine and temperature sensitive 3A) revealed how it is integrated into the OST and how STT3-paralog specificity for translocon-associated OST is achieved. The OST subunit DC2 was placed at the interface between Sec61 and STT3A, where it acts as a versatile module for recruitment of STT3A-containing OST to the ribosome-Sec61 complex. This detailed structural view on the molecular architecture of the cotranslational machinery for N-glycosylation provides the basis for a mechanistic understanding of glycoprotein biogenesis at the endoplasmic reticulum.
リンクScience / PubMed:29519914 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度4.2 - 30.0 Å
構造データ

EMDB-4306:
Subtomogram average of unsorted ribosome-translocon complexes from STT3B(-/-) HEK cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-4307:
Subtomogram average of OST-free ribosome-translocon complexes from STT3B(-/-) HEK cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-4308:
Subtomogram average of OST-containing ribosome-translocon complexes from STT3B(-/-) HEK cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-4309:
Subtomogram average of unsorted ribosome-translocon complexes from STT3A(-/-) HEK cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-4310:
Subtomogram average of OST-free ribosome-translocon complexes from STT3A(-/-) HEK cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-4311:
Subtomogram average of ribosome-translocon complexes from STT3A(-/-) HEK cells containing an unidentified ER-lumenal component
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-4312:
Subtomogram average of unsorted ribosome-translocon complexes from wild type HEK cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-4313:
Subtomogram average of OST-free ribosome-translocon complexes from wild type HEK cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-4314:
Subtomogram average of OST-containing ribosome-translocon complexes from wild type HEK cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

4315

6ftg

EMDB-4315, PDB-6ftg:
Subtomogram average of OST-containing ribosome-translocon complexes from canine rough microsomal membranes
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.1 Å

4316

6fti

EMDB-4316, PDB-6fti:
Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Programmed 80S Ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

4317

6ftj

EMDB-4317, PDB-6ftj:
Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Non-programmed 80S Ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-9UB:
[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • canis lupus familiaris (イヌ)
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • Rabbit (ウサギ)
  • Dog (イヌ)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Protein translocon of the endoplasmic reticulum

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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