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タイトルDENGUE VIRUS. Cryo-EM structure of an antibody that neutralizes dengue virus type 2 by locking E protein dimers.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 349, Issue 6243, Page 88-91, Year 2015
掲載日2015年7月3日
著者Guntur Fibriansah / Kristie D Ibarra / Thiam-Seng Ng / Scott A Smith / Joanne L Tan / Xin-Ni Lim / Justin S G Ooi / Victor A Kostyuchenko / Jiaqi Wang / Aravinda M de Silva / Eva Harris / James E Crowe / Shee-Mei Lok /
PubMed 要旨There are four closely-related dengue virus (DENV) serotypes. Infection with one serotype generates antibodies that may cross-react and enhance infection with other serotypes in a secondary infection. ...There are four closely-related dengue virus (DENV) serotypes. Infection with one serotype generates antibodies that may cross-react and enhance infection with other serotypes in a secondary infection. We demonstrated that DENV serotype 2 (DENV2)-specific human monoclonal antibody (HMAb) 2D22 is therapeutic in a mouse model of antibody-enhanced severe dengue disease. We determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of HMAb 2D22 complexed with two different DENV2 strains. HMAb 2D22 binds across viral envelope (E) proteins in the dimeric structure, which probably blocks the E protein reorganization required for virus fusion. HMAb 2D22 "locks" two-thirds of or all dimers on the virus surface, depending on the strain, but neutralizes these DENV2 strains with equal potency. The epitope defined by HMAb 2D22 is a potential target for vaccines and therapeutics.
リンクScience / PubMed:26138979 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度6.5 - 23.0 Å
構造データ

2967

4uif

EMDB-2967, PDB-4uif:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 in complex with antigen-binding fragments of human antibody 2D22
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

2968

4uih

EMDB-2968, PDB-4uih:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C complexed with human antibody 2D22 Fab at 37 degree C. The Fab molecules were added to the virus before 37 degree C incubation.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-2969:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C complexed with human antibody 2D22 Fab at 37 degree C. The Fab molecules were added to virus that was pre-incubated at 37 degree C.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

2996

5a1z

EMDB-2996: Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 complexed with human antibody 2D22 Fab at 37 degrees C
PDB-5a1z: Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 strain PVP94-07 complexed with human antibody 2D22 Fab at 37 degrees C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-2997:
Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C complexed with human antibody 2D22 Fab at 4 degrees C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.0 Å

EMDB-2998:
Cryo-EM structure of the unexpanded particles of Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C in complex with human antibody 2D22 Fab at 37 degrees C. The Fab molecules were added to the virus that had been pre-incubated at 37 degrees C.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.0 Å

EMDB-2999:
Cryo-EM structure of the unexpanded particles of Dengue virus serotype 2 strain New Guinea-C in complex with human antibody 2D22 Fab at 37 degrees C. The Fab molecules were added to the virus before 37 degrees C incubation.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / DENGUE VIRUS / HUMAN ANTIBODY (抗体) / CRYO-EM (低温電子顕微鏡法) / NEUTRALIZATION / DENGUE SEROTYPE 2 / VIRUS (ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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