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タイトルAffinity Maturation of a Potent Family of HIV Antibodies Is Primarily Focused on Accommodating or Avoiding Glycans.
ジャーナル・号・ページImmunity, Vol. 43, Issue 6, Page 1053-1063, Year 2015
掲載日2015年12月15日
著者Fernando Garces / Jeong Hyun Lee / Natalia de Val / Alba Torrents de la Pena / Leopold Kong / Cristina Puchades / Yuanzi Hua / Robyn L Stanfield / Dennis R Burton / John P Moore / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
PubMed 要旨The high-mannose patch on the HIV-1 envelope (Env) glycoprotein is the epicenter for binding of the potent broadly neutralizing PGT121 family of antibodies, but strategies for generating such ...The high-mannose patch on the HIV-1 envelope (Env) glycoprotein is the epicenter for binding of the potent broadly neutralizing PGT121 family of antibodies, but strategies for generating such antibodies by vaccination have not been defined. We generated structures of inferred antibody intermediates by X-ray crystallography and electron microscopy to elucidate the molecular events that occurred during evolution of this family. Binding analyses revealed that affinity maturation was primarily focused on avoiding, accommodating, or binding the N137 glycan. The overall antibody approach angle to Env was defined very early in the maturation process, yet some variation evolved in the PGT121 family branches that led to differences in glycan specificities in their respective epitopes. Furthermore, we determined a crystal structure of the recombinant BG505 SOSIP.664 HIV-1 trimer with a PGT121 family member at 3.0 Å that, in concert with these antibody intermediate structures, provides insights to advance design of HIV vaccine candidates.
リンクImmunity / PubMed:26682982 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.105 - 22.0 Å
構造データ

EMDB-3092:
BG505 SOSIP.664 trimer in complex with PGT124 Fab with 32H heavy chain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-3093:
BG505 SOSIP.664 N137A trimer in complex with PGT124 Fab with 3H heavy chain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-6379:
Electron Microscopy of Bg505 in complex with 9H3L antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-6380:
Bg505 SOSIP N137A in complex with 9H3L antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

PDB-5cex:
Crystal Structure of Fab 32H+109L, a putative precursor of the PGT121 family of potent HIV-1 antibodies
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.105 Å

PDB-5cey:
Crystal Structure of Fab 9H+3L, a putative precursor of the PGT121 family of potent HIV-1 antibodies
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.387 Å

PDB-5cez:
Crystal Structure of the BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer in Complex with an early putative precursor of the PGT121 family at 3.0 Angstrom
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.031 Å

化合物

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM / ポリエチレングリコール

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-P6G:
HEXAETHYLENE GLYCOL / ヘキサエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM / ポリエチレングリコール

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-PE7:
1-DEOXY-1-THIO-HEPTAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサ-20-メルカプトイコサン-1-オ-ル

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース

由来
  • Human Immunodeficiency Virus-1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • Simian-Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV-1 / Antibody (抗体) / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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