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タイトルStructural basis of prostaglandin efflux by MRP4.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 31, Issue 4, Page 621-632, Year 2024
掲載日2024年1月12日
著者Sergei Pourmal / Evan Green / Ruchika Bajaj / Ilan E Chemmama / Giselle M Knudsen / Meghna Gupta / Andrej Sali / Yifan Cheng / Charles S Craik / Deanna L Kroetz / Robert M Stroud /
PubMed 要旨Multidrug resistance protein 4 (MRP4) is a broadly expressed ATP-binding cassette transporter that is unique among the MRP subfamily for transporting prostanoids, a group of signaling molecules ...Multidrug resistance protein 4 (MRP4) is a broadly expressed ATP-binding cassette transporter that is unique among the MRP subfamily for transporting prostanoids, a group of signaling molecules derived from unsaturated fatty acids. To better understand the basis of the substrate selectivity of MRP4, we used cryogenic-electron microscopy to determine six structures of nanodisc-reconstituted MRP4 at various stages throughout its transport cycle. Substrate-bound structures of MRP4 in complex with PGE, PGE and the sulfonated-sterol DHEA-S reveal a common binding site that accommodates a diverse set of organic anions and suggest an allosteric mechanism for substrate-induced enhancement of MRP4 ATPase activity. Our structure of a catalytically compromised MRP4 mutant bound to ATP-Mg is outward-occluded, a conformation previously unobserved in the MRP subfamily and consistent with an alternating-access transport mechanism. Our study provides insights into the endogenous function of this versatile efflux transporter and establishes a basis for MRP4-targeted drug design.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:38216659
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.5 Å
構造データ

EMDB-40821, PDB-8swn:
Bovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) E1202Q mutant bound to ATP in MSP lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-40826, PDB-8sx7:
Bovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) bound to DHEA-S in MSP lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-40827, PDB-8sx8:
Bovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) bound to prostaglandin E1 in MSP lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-40828, PDB-8sx9:
Inward-facing narrow conformation of bovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) in MSP lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-40829, PDB-8sxa:
Inward-facing wide conformation of bovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) in MSP lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-40830, PDB-8sxb:
Bovine multidrug resistance protein 4 (MRP4) bound to prostaglandin E2 in MSP lipid nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-ZWY:
17-oxoandrost-5-en-3beta-yl hydrogen sulfate / デヒドロエピアンドロステロンスルファ-ト

ChemComp-HOH:
WATER /

ChemComp-XPG:
7-[(1R,3R)-3-hydroxy-2-[(1E,3S)-3-hydroxyoct-1-en-1-yl]-5-oxocyclopentyl]heptanoic acid / プロスタグランジンE1 / 薬剤*YM / Prostaglandin E1

ChemComp-P2E:
(Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid / プロスタグランジンE2 / 薬剤*YM / プロスタグランジンE2

由来
  • bos taurus (ウシ)
  • bos indicus (コブウシ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC transporter / multidrug resistance-associated protein / membrane protein (膜タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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