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Structure paper

タイトルCleavage-independent activation of ancient eukaryotic gasdermins and structural mechanisms.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 384, Issue 6697, Page adm9190, Year 2024
掲載日2024年5月17日
著者Yueyue Li / Yanjie Hou / Qi Sun / Huan Zeng / Fanyi Meng / Xiang Tian / Qun He / Feng Shao / Jingjin Ding /
PubMed 要旨Gasdermins (GSDMs) are pore-forming proteins that execute pyroptosis for immune defense. GSDMs are two-domain proteins activated by proteolytic removal of the inhibitory domain. In this work, we ...Gasdermins (GSDMs) are pore-forming proteins that execute pyroptosis for immune defense. GSDMs are two-domain proteins activated by proteolytic removal of the inhibitory domain. In this work, we report two types of cleavage-independent GSDM activation. First, GSDM, a pore-forming domain-only protein from the basal metazoan , is a disulfides-linked autoinhibited dimer activated by reduction of the disulfides. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure illustrates the assembly mechanism for the 44-mer GSDM pore. Second, RCD-1-1 and RCD-1-2, encoded by the polymorphic () gene in filamentous fungus , are also pore-forming domain-only GSDMs. RCD-1-1 and RCD-1-2, when encountering each other, form pores and cause pyroptosis, underlying allorecognition in . The cryo-EM structure reveals a pore of 11 RCD-1-1/RCD-1-2 heterodimers and a heterodimerization-triggered pore assembly mechanism. This study shows mechanistic diversities in GSDM activation and indicates versatile functions of GSDMs.
リンクScience / PubMed:38662913
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.86 - 3.63 Å
構造データ

36732

8jyw

EMDB-36732, PDB-8jyw:
Cryo-EM structure of the gasdermin pore from Trichoplax adhaerens
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-36733: Cryo-EM structure of the gasdermin pore from Trichoplax adhaerens
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

36734

8jyz

EMDB-36734, PDB-8jyz:
Cryo-EM structure of RCD-1 pore from Neurospora crassa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

PDB-8jyv:
Crystal structure of the gasdermin from Trichoplax adhaerens
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

PDB-8jyx:
Crystal structure of the gasdermin-like protein RCD-1-1 from Neurospora crassa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å

PDB-8jyy:
Crystal structure of the gasdermin-like protein RCD-1-2 from Neurospora crassa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.65 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • trichoplax adhaerens (センモウヒラムシ)
  • neurospora crassa (アカパンカビ)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Pyroptosis / Gasdermnin / Ggasdermin / Pore-forming / Allorecognition / Pore

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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