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タイトルA method for structure determination of GPCRs in various states.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 20, Issue 1, Page 74-82, Year 2024
掲載日2023年8月14日
著者Qiong Guo / Binbin He / Yixuan Zhong / Haizhan Jiao / Yinhang Ren / Qinggong Wang / Qiangqiang Ge / Yongxiang Gao / Xiangyu Liu / Yang Du / Hongli Hu / Yuyong Tao /
PubMed 要旨G-protein-coupled receptors (GPCRs) are a class of integral membrane proteins that detect environmental cues and trigger cellular responses. Deciphering the functional states of GPCRs induced by ...G-protein-coupled receptors (GPCRs) are a class of integral membrane proteins that detect environmental cues and trigger cellular responses. Deciphering the functional states of GPCRs induced by various ligands has been one of the primary goals in the field. Here we developed an effective universal method for GPCR cryo-electron microscopy structure determination without the need to prepare GPCR-signaling protein complexes. Using this method, we successfully solved the structures of the β-adrenergic receptor (βAR) bound to antagonistic and agonistic ligands and the adhesion GPCR ADGRL3 in the apo state. For βAR, an intermediate state stabilized by the partial agonist was captured. For ADGRL3, the structure revealed that inactive ADGRL3 adopts a compact fold and that large unusual conformational changes on both the extracellular and intracellular sides are required for activation of adhesion GPCRs. We anticipate that this method will open a new avenue for understanding GPCR structure‒function relationships and drug development.
リンクNat Chem Biol / PubMed:37580554
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.8 - 3.4 Å
構造データ

36342

8jj8

EMDB-36342, PDB-8jj8:
Cryo-EM structure of the beta2AR-mBRIL/1b3 Fab/Glue complex with a partial agonist
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

36360

8jjl

EMDB-36360, PDB-8jjl:
cryo-EM structure of the beta2-AR-mBRIL/1b3 Fab/Glue complex with a full agonist
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

36361

8jjo

EMDB-36361, PDB-8jjo:
Cryo-EM structure of the beta2AR-mBRIL/1b3 Fab/Glue complex with an antagonist
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

36426

8jmt

EMDB-36426, PDB-8jmt:
Structure of the adhesion GPCR ADGRL3 in the apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

PDB-8j7e:
Crystal structure of BRIL in complex with 1b3 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-H98:
~{N}-[5-[(1~{R})-2-[[(2~{R})-1-(4-methoxyphenyl)propan-2-yl]amino]-1-oxidanyl-ethyl]-2-oxidanyl-phenyl]methanamide / (R,R)-ホルモテロ-ル / アゴニスト*YM / ホルモテロール

ChemComp-DZQ:
Olodaterol / オロダテロ-ル

ChemComp-JTZ:
(2S)-1-[(1-methylethyl)amino]-3-(2-prop-2-en-1-ylphenoxy)propan-2-ol / (-)-アルプレノロ-ル

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Complex / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / chimera / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / ADGRL3 / Apo form

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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