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タイトルBiased allosteric activation of ketone body receptor HCAR2 suppresses inflammation.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 83, Issue 17, Page 3171-33187.e7, Year 2023
掲載日2023年9月7日
著者Chang Zhao / Heli Wang / Ying Liu / Lin Cheng / Bo Wang / Xiaowen Tian / Hong Fu / Chao Wu / Ziyan Li / Chenglong Shen / Jingjing Yu / Shengyong Yang / Hongbo Hu / Ping Fu / Liang Ma / Chuanxin Wang / Wei Yan / Zhenhua Shao /
PubMed 要旨Hydroxycarboxylic acid receptor 2 (HCAR2), modulated by endogenous ketone body β-hydroxybutyrate and exogenous niacin, is a promising therapeutic target for inflammation-related diseases. HCAR2 ...Hydroxycarboxylic acid receptor 2 (HCAR2), modulated by endogenous ketone body β-hydroxybutyrate and exogenous niacin, is a promising therapeutic target for inflammation-related diseases. HCAR2 mediates distinct pathophysiological events by activating G protein or β-arrestin effectors. Here, we characterize compound 9n as a G-biased allosteric modulator (BAM) of HCAR2 and exhibit anti-inflammatory efficacy in RAW264.7 macrophages via a specific HCAR2-G pathway. Furthermore, four structures of HCAR2-G complex bound to orthosteric agonists (niacin or monomethyl fumarate), compound 9n, and niacin together with compound 9n simultaneously reveal a common orthosteric site and a unique allosteric site. Combined with functional studies, we decipher the action framework of biased allosteric modulation of compound 9n on the orthosteric site. Moreover, co-administration of compound 9n with orthosteric agonists could enhance anti-inflammatory effects in the mouse model of colitis. Together, our study provides insight to understand the molecular pharmacology of the BAM and facilitates exploring the therapeutic potential of the BAM with orthosteric drugs.
リンクMol Cell / PubMed:37597514
手法EM (単粒子)
解像度2.78 - 3.5 Å
構造データ

EMDB-36300, PDB-8jhy:
Cryo-EM structure of compound 9n bound ketone body receptor HCAR2-Gi signaling complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

EMDB-36312, PDB-8jii:
Cryo-EM structure of compound 9n and niacin bound ketone body receptor HCAR2-Gi signaling complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

EMDB-36317, PDB-8jil:
Cryo-EM structure of niacin bound ketone body receptor HCAR2-Gi signaling complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-36318, PDB-8jim:
Cryo-EM structure of MMF bound ketone body receptor HCAR2-Gi signaling complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

EMDB-36490: Cryo-EM map of human receptor R2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

EMDB-36491: Cryo-EM map of human Gi heterotrimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.78 Å

EMDB-36492: Cryo-EM map of human receptor R2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

EMDB-36493: Cryo-EM map of human Gi heterotrimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

EMDB-36494: Cryo-EM map of human receptor R2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

EMDB-36495: Cryo-EM map of human Gi heterotrimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-36496: Cryo-EM map of human receptor R2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

EMDB-36497: Cryo-EM map of human Gi heterotrimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-36505: Cryo-EM map of human receptor R2 in complex with Gi protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

EMDB-36506: Cryo-EM map of human receptor R2 in complex with Gi protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

EMDB-36507: Cryo-EM map of human receptor R2 in complex with Gi protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

EMDB-36508: Cryo-EM map of human receptor R2 in complex with Gi protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

化合物

ChemComp-IX8:
7-methyl-N-[(2R)-1-phenoxypropan-2-yl]-3-(4-propan-2-ylphenyl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-6-carboxamide

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

ChemComp-NIO:
NICOTINIC ACID / ニコチン酸 / ニコチン酸

ChemComp-HOH:
WATER /

ChemComp-AW9:
(2Z)-4-methoxy-4-oxobut-2-enoic acid

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Complex / Agonist (アゴニスト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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