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Structure paper

タイトルStructural basis for Y2 receptor-mediated neuropeptide Y and peptide YY signaling.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 31, Issue 1, Page 44-57.e6, Year 2023
掲載日2023年1月5日
著者Hyunook Kang / Chaehee Park / Yeol Kyo Choi / Jungnam Bae / Sohee Kwon / Jinuk Kim / Chulwon Choi / Chaok Seok / Wonpil Im / Hee-Jung Choi /
PubMed 要旨Neuropeptide Y (NPY) and its receptors are expressed in various human tissues including the brain where they regulate appetite and emotion. Upon NPY stimulation, the neuropeptide Y1 and Y2 receptors ...Neuropeptide Y (NPY) and its receptors are expressed in various human tissues including the brain where they regulate appetite and emotion. Upon NPY stimulation, the neuropeptide Y1 and Y2 receptors (YR and YR, respectively) activate G signaling, but their physiological responses to food intake are different. In addition, deletion of the two N-terminal amino acids of peptide YY (PYY(3-36)), the endogenous form found in circulation, can stimulate YR but not YR, suggesting that YR and YR may have distinct ligand-binding modes. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of the PYY(3-36)‒YR‒G and NPY‒YR‒G complexes. Using cell-based assays, molecular dynamics simulations, and structural analysis, we revealed the molecular basis of the exclusive binding of PYY(3-36) to YR. Furthermore, we demonstrated that YR favors G protein signaling over β-arrestin signaling upon activation, whereas YR does not show a preference between these two pathways.
リンクStructure / PubMed:36525977
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.39 Å
構造データ

EMDB-33984, PDB-7yon:
Complex structure of Neuropeptide Y Y2 receptor in complex with PYY(3-36) and Gi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-33985, PDB-7yoo:
Complex structure of Neuropeptide Y Y2 receptor in complex with NPY and Gi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

EMDB-35494: Complex structure of Neuropeptide Y Y2 receptor in complex with NPY and Gi (Consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

EMDB-35495: Complex structure of Neuropeptide Y Y2 receptor in complex with NPY and Gi (Focused map on NPY-Y2R)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

EMDB-35496: Complex structure of Neuropeptide Y Y2 receptor in complex with NPY and Gi (Focused map on Gi-scFv16)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-35497: Complex structure of Neuropeptide Y Y2 receptor in complex with PYY(3-36) and Gi (Consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-35498: Complex structure of Neuropeptide Y Y2 receptor in complex with PYY(3-36) and Gi (Focused map on PYY(3-36)-Y2R)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

EMDB-35499: Complex structure of Neuropeptide Y Y2 receptor in complex with PYY(3-36) and Gi (Focused map on Gi-scFv16)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER /

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / NPY / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / G-protein (Gタンパク質) / Complex / G-protein coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / neuropeptide y (神経ペプチドY)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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