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タイトルMapping cross-variant neutralizing sites on the SARS-CoV-2 spike protein.
ジャーナル・号・ページEmerg Microbes Infect, Vol. 11, Issue 1, Page 351-367, Year 2022
掲載日2022年1月27日
著者Shiqi Xu / Yifan Wang / Yanxing Wang / Chao Zhang / Qin Hong / Chenjian Gu / Rong Xu / Tingfeng Wang / Yong Yang / Jinkai Zang / Yu Zhou / Zuyang Li / Qixing Liu / Bingjie Zhou / Lulu Bai / Yuanfei Zhu / Qiang Deng / Haikun Wang / Dimitri Lavillette / Gary Wong / Youhua Xie / Yao Cong / Zhong Huang /
PubMed 要旨The emergence of multiple severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern threatens the efficacy of currently approved vaccines and authorized therapeutic monoclonal ...The emergence of multiple severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern threatens the efficacy of currently approved vaccines and authorized therapeutic monoclonal antibodies (MAbs). It is hence important to continue searching for SARS-CoV-2 broadly neutralizing MAbs and defining their epitopes. Here, we isolate 9 neutralizing mouse MAbs raised against the spike protein of a SARS-CoV-2 prototype strain and evaluate their neutralizing potency towards a panel of variants, including B.1.1.7, B.1.351, B.1.617.1, and B.1.617.2. By using a combination of biochemical, virological, and cryo-EM structural analyses, we identify three types of cross-variant neutralizing MAbs, represented by S5D2, S5G2, and S3H3, respectively, and further define their epitopes. S5D2 binds the top lateral edge of the receptor-binding motif within the receptor-binding domain (RBD) with a binding footprint centred around the loop, and efficiently neutralizes all variant pseudoviruses, but the potency against B.1.617.2 was observed to decrease significantly. S5G2 targets the highly conserved RBD core region and exhibits comparable neutralization towards the variant panel. S3H3 binds a previously unreported epitope located within the evolutionarily stable SD1 region and is able to near equally neutralize all of the variants tested. Our work thus defines three distinct cross-variant neutralizing sites on the SARS-CoV-2 spike protein, providing guidance for design and development of broadly effective vaccines and MAb-based therapies.
リンクEmerg Microbes Infect / PubMed:34964428 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 4.3 Å
構造データ

32428

7wcr

EMDB-32428, PDB-7wcr:
RBD-1 of SARS-CoV-2 Beta spike in complex with S5D2 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

32430

7wcz

EMDB-32430, PDB-7wcz:
SARS-CoV-2 Beta spike in complex with one S5D2 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

32431

7wd0

EMDB-32431, PDB-7wd0:
SARS-CoV-2 Beta spike in complex with two S5D2 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

32433

7wd7

EMDB-32433, PDB-7wd7:
SARS-CoV-2 Beta spike in complex with three S5D2 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

32434

7wd8

EMDB-32434, PDB-7wd8:
SARS-CoV-2 Beta spike SD1 in complex with S3H3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

32435

7wd9

EMDB-32435, PDB-7wd9:
SARS-CoV-2 Beta spike in complex with three S3H3 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

32437

7wdf

EMDB-32437, PDB-7wdf:
SARS-CoV-2 Beta spike in complex with two S3H3 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / Beta variant (SARSコロナウイルス2-ベータ株) / B.1.351 lineage (SARSコロナウイルス2-ベータ株) / spike protein (スパイクタンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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