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Structure paper

タイトルCryo-EM structure of the RADAR supramolecular anti-phage defense complex.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 186, Issue 5, Page 987-998.e15, Year 2023
掲載日2023年3月2日
著者Brianna Duncan-Lowey / Nitzan Tal / Alex G Johnson / Shaun Rawson / Megan L Mayer / Shany Doron / Adi Millman / Sarah Melamed / Taya Fedorenko / Assaf Kacen / Alexander Brandis / Tevie Mehlman / Gil Amitai / Rotem Sorek / Philip J Kranzusch /
PubMed 要旨RADAR is a two-protein bacterial defense system that was reported to defend against phage by "editing" messenger RNA. Here, we determine cryo-EM structures of the RADAR defense complex, revealing ...RADAR is a two-protein bacterial defense system that was reported to defend against phage by "editing" messenger RNA. Here, we determine cryo-EM structures of the RADAR defense complex, revealing RdrA as a heptameric, two-layered AAA+ ATPase and RdrB as a dodecameric, hollow complex with twelve surface-exposed deaminase active sites. RdrA and RdrB join to form a giant assembly up to 10 MDa, with RdrA docked as a funnel over the RdrB active site. Surprisingly, our structures reveal an RdrB active site that targets mononucleotides. We show that RdrB catalyzes ATP-to-ITP conversion in vitro and induces the massive accumulation of inosine mononucleotides during phage infection in vivo, limiting phage replication. Our results define ATP mononucleotide deamination as a determinant of RADAR immunity and reveal supramolecular assembly of a nucleotide-modifying machine as a mechanism of anti-phage defense.
リンクCell / PubMed:36764290 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.11 - 6.73 Å
構造データ

29323

8fnt

EMDB-29323, PDB-8fnt:
Structure of RdrA from Escherichia coli RADAR defense system
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.52 Å

EMDB-29324: Map of RdrA from Escherichia coli RADAR defense system in single-split conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.51 Å

EMDB-29325: Map of RdrA from Escherichia coli RADAR defense system in double-split conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.35 Å

29326

8fnu

EMDB-29326, PDB-8fnu:
Structure of RdrA from Streptococcus suis RADAR defense system
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

29327

8fnv

EMDB-29327, PDB-8fnv:
Structure of RdrB from Escherichia coli RADAR defense system
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.11 Å

29328

8fnw

EMDB-29328, PDB-8fnw:
Structure of RdrA-RdrB complex from Escherichia coli RADAR defense system
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.73 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • streptococcus suis (バクテリア)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / anti-phage defense / ATPase (ATPアーゼ) / RADAR / RdrA / antiphage system / adenosine deaminase (アデノシンデアミナーゼ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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