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タイトルStructure of mycobacterial CIIICIV respiratory supercomplex bound to the tuberculosis drug candidate telacebec (Q203).
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 10, Year 2021
掲載日2021年9月30日
著者David J Yanofsky / Justin M Di Trani / Sylwia Król / Rana Abdelaziz / Stephanie A Bueler / Peter Imming / Peter Brzezinski / John L Rubinstein /
PubMed 要旨The imidazopyridine telacebec, also known as Q203, is one of only a few new classes of compounds in more than 50 years with demonstrated antituberculosis activity in humans. Telacebec inhibits the ...The imidazopyridine telacebec, also known as Q203, is one of only a few new classes of compounds in more than 50 years with demonstrated antituberculosis activity in humans. Telacebec inhibits the mycobacterial respiratory supercomplex composed of complexes III and IV (CIIICIV). In mycobacterial electron transport chains, CIIICIV replaces canonical CIII and CIV, transferring electrons from the intermediate carrier menaquinol to the final acceptor, molecular oxygen, while simultaneously transferring protons across the inner membrane to power ATP synthesis. We show that telacebec inhibits the menaquinol:oxygen oxidoreductase activity of purified CIIICIV at concentrations similar to those needed to inhibit electron transfer in mycobacterial membranes and growth in culture. We then used electron cryomicroscopy (cryoEM) to determine structures of CIIICIV both in the presence and absence of telacebec. The structures suggest that telacebec prevents menaquinol oxidation by blocking two different menaquinol binding modes to prevent CIIICIV activity.
リンクElife / PubMed:34590581 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.5 Å
構造データ

24455

7rh5

EMDB-24455, PDB-7rh5:
Mycobacterial CIII2CIV2 supercomplex, Inhibitor free
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

24456

7rh6

EMDB-24456, PDB-7rh6:
Mycobacterial CIII2CIV2 supercomplex, inhibitor free, -Lpqe cyt cc open
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

24457

7rh7

EMDB-24457, PDB-7rh7:
Mycobacterial CIII2CIV2 supercomplex, Telacebec (Q203) bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION / 銅

ChemComp-HEA:
HEME-A / Heme A

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9 / メナキノン

ChemComp-9Y0:
(2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

ChemComp-9XX:
(2S)-1-(hexadecanoyloxy)propan-2-yl (10S)-10-methyloctadecanoate

ChemComp-HEC:
HEME C / Heme C

ChemComp-9YF:
(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-HUU:
6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[4-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]piperidin-1-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide / Q-203

由来
  • mycolicibacterium smegmatis (strain atcc 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
  • mycolicibacterium smegmatis mc2 155 (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Electron transport chain (電子伝達系) / CIII2CIV2 supercomplex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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