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Structure paper

タイトルStructural insights into the cause of human primary ciliary dyskinesia.
ジャーナル・号・ページMol Biol Cell, Vol. 32, Issue 12, Page 1202-1209, Year 2021
掲載日2021年6月1日
著者Yanhe Zhao / Justine Pinskey / Jianfeng Lin / Weining Yin / Patrick R Sears / Leigh A Daniels / Maimoona A Zariwala / Michael R Knowles / Lawrence E Ostrowski / Daniela Nicastro /
PubMed 要旨Cilia and flagella are evolutionarily conserved eukaryotic organelles involved in cell motility and signaling. In humans, mutations in Radial Spoke Head Component 4A () can lead to primary ciliary ...Cilia and flagella are evolutionarily conserved eukaryotic organelles involved in cell motility and signaling. In humans, mutations in Radial Spoke Head Component 4A () can lead to primary ciliary dyskinesia (PCD), a life-shortening disease characterized by chronic respiratory tract infections, abnormal organ positioning, and infertility. Despite its importance for human health, the location of RSPH4A in human cilia has not been resolved, and the structural basis of PCD remains elusive. Here, we present the native three-dimensional structure of human respiratory cilia using samples collected noninvasively from a PCD patient. Using cryo-electron tomography (cryo-ET) and subtomogram averaging, we compared the structures of control and cilia, revealing primary defects in two of the three radial spokes (RSs) within the axonemal repeat and secondary (heterogeneous) defects in the central pair complex. Similar to cilia, the radial spoke heads of RS1 and RS2, but not RS3, were missing in cilia. However, cilia also exhibited defects within the arch domains adjacent to the RS1 and RS2 heads, which were not observed with RSPH1 loss. Our results provide insight into the underlying structural basis for PCD and highlight the benefits of applying cryo-ET directly to patient samples for molecular structure determination.
リンクMol Biol Cell / PubMed:33852348 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度33.6 - 41.8 Å
構造データ

EMDB-22874:
Cryo-electron tomography and subtomographic averaging reveals ciliary defects underlying human RSPH1 primary ciliary dyskinesia
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 33.6 Å

EMDB-22875:
Cryo-electron tomography and subtomographic averaging reveals ciliary defects underlying human RSPH4A primary ciliary dyskinesia
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 41.8 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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