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Structure paper

タイトルThe structural basis of Rubisco phase separation in the pyrenoid.
ジャーナル・号・ページNat Plants, Vol. 6, Issue 12, Page 1480-1490, Year 2020
掲載日2020年11月23日
著者Shan He / Hui-Ting Chou / Doreen Matthies / Tobias Wunder / Moritz T Meyer / Nicky Atkinson / Antonio Martinez-Sanchez / Philip D Jeffrey / Sarah A Port / Weronika Patena / Guanhua He / Vivian K Chen / Frederick M Hughson / Alistair J McCormick / Oliver Mueller-Cajar / Benjamin D Engel / Zhiheng Yu / Martin C Jonikas /
PubMed 要旨Approximately one-third of global CO fixation occurs in a phase-separated algal organelle called the pyrenoid. The existing data suggest that the pyrenoid forms by the phase separation of the CO- ...Approximately one-third of global CO fixation occurs in a phase-separated algal organelle called the pyrenoid. The existing data suggest that the pyrenoid forms by the phase separation of the CO-fixing enzyme Rubisco with a linker protein; however, the molecular interactions underlying this phase separation remain unknown. Here we present the structural basis of the interactions between Rubisco and its intrinsically disordered linker protein Essential Pyrenoid Component 1 (EPYC1) in the model alga Chlamydomonas reinhardtii. We find that EPYC1 consists of five evenly spaced Rubisco-binding regions that share sequence similarity. Single-particle cryo-electron microscopy of these regions in complex with Rubisco indicates that each Rubisco holoenzyme has eight binding sites for EPYC1, one on each Rubisco small subunit. Interface mutations disrupt binding, phase separation and pyrenoid formation. Cryo-electron tomography supports a model in which EPYC1 and Rubisco form a codependent multivalent network of specific low-affinity bonds, giving the matrix liquid-like properties. Our results advance the structural and functional understanding of the phase separation underlying the pyrenoid, an organelle that plays a fundamental role in the global carbon cycle.
リンクNat Plants / PubMed:33230314 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.06 - 2.68 Å
構造データ

22308

7jfo

EMDB-22308, PDB-7jfo:
EPYC1(49-72)-bound Rubisco
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.13 Å

22401

7jn4

EMDB-22401, PDB-7jn4:
Rubisco in the apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

22462

7jsx

EMDB-22462, PDB-7jsx:
EPYC1(106-135) peptide-bound Rubisco
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.06 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / Lyase (リアーゼ) / Rubisco (リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) / Pyrenoid (ピレノイド)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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