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Structure paper

タイトルStructural basis for subversion of host cell actin cytoskeleton during infection.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 9, Issue 49, Page eadj5777, Year 2023
掲載日2023年12月8日
著者Biao Yuan / Jonas Scholz / Jiri Wald / Roland Thuenauer / Rory Hennell James / Irina Ellenberg / Sabine Windhorst / Jan Faix / Thomas C Marlovits /
PubMed 要旨Secreted bacterial type III secretion system (T3SS) proteins are essential for successful infection by many human pathogens. Both T3SS translocator SipC and effector SipA are critical for infection ...Secreted bacterial type III secretion system (T3SS) proteins are essential for successful infection by many human pathogens. Both T3SS translocator SipC and effector SipA are critical for infection by subversion of the host cell cytoskeleton, but the precise molecular interplay between them remains unknown. Here, using cryo-electron microscopy, we show that SipA binds along the F-actin grooves with a unique binding pattern. SipA stabilizes F-actin through charged interface residues and appears to prevent inorganic phosphate release through closure of the "back door" of adenosine 5'-triphosphate pocket. We also show that SipC enhances the binding of SipA to F-actin, thus demonstrating that a sequential presence of T3SS proteins in host cells is associated with a sequence of infection events-starting with actin nucleation, filament growth, and stabilization. Together, our data explain the coordinated interplay of a precisely tuned and highly effective mechanism during infection and provide a blueprint for interfering with effectors acting on actin.
リンクSci Adv / PubMed:38064550 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度2.6 - 2.7 Å
構造データ

16424

8c4c

EMDB-16424, PDB-8c4c:
F-actin decorated by SipA497-669
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.7 Å

16425

8c4e

EMDB-16425, PDB-8c4e:
F-actin decorated by SipA426-685
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2 (サルモネラ菌)
  • gallus gallus (ニワトリ)
  • salmonella (サルモネラ菌)
キーワードCELL INVASION / Salmonella invasion

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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