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タイトルThe giant mimivirus 1.2 Mb genome is elegantly organized into a 30-nm diameter helical protein shield.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 11, Year 2022
掲載日2022年7月28日
著者Alejandro Villalta / Alain Schmitt / Leandro F Estrozi / Emmanuelle R J Quemin / Jean-Marie Alempic / Audrey Lartigue / Vojtěch Pražák / Lucid Belmudes / Daven Vasishtan / Agathe M G Colmant / Flora A Honoré / Yohann Couté / Kay Grünewald / Chantal Abergel /
PubMed 要旨Mimivirus is the prototype of the family of giant dsDNA viruses. Little is known about the organization of the 1.2 Mb genome inside the membrane-limited nucleoid filling the ~0.5 µm icosahedral ...Mimivirus is the prototype of the family of giant dsDNA viruses. Little is known about the organization of the 1.2 Mb genome inside the membrane-limited nucleoid filling the ~0.5 µm icosahedral capsids. Cryo-electron microscopy, cryo-electron tomography, and proteomics revealed that it is encased into a ~30-nm diameter helical protein shell surprisingly composed of two GMC-type oxidoreductases, which also form the glycosylated fibrils decorating the capsid. The genome is arranged in 5- or 6-start left-handed super-helices, with each DNA-strand lining the central channel. This luminal channel of the nucleoprotein fiber is wide enough to accommodate oxidative stress proteins and RNA polymerase subunits identified by proteomics. Such elegant supramolecular organization would represent a remarkable evolutionary strategy for packaging and protecting the genome, in a state ready for immediate transcription upon unwinding in the host cytoplasm. The parsimonious use of the same protein in two unrelated substructures of the virion is unexpected for a giant virus with thousand genes at its disposal.
リンクElife / PubMed:35900198 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称) / EM (トモグラフィー)
解像度3.3 - 4.0 Å
構造データ

13641

7ptv

EMDB-13641, PDB-7ptv:
Structure of the Mimivirus genomic fibre asymmetric unit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

14353

7yx3

EMDB-14353, PDB-7yx3:
Structure of the Mimivirus genomic fibre in its compact 6-start helix form
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.0 Å

14354

7yx4

EMDB-14354, PDB-7yx4:
Structure of the Mimivirus genomic fibre in its compact 5-start helix form
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.7 Å

14355

7yx5

EMDB-14355, PDB-7yx5:
Structure of the Mimivirus genomic fibre in its relaxed 5-start helix form
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-15627: Tomogram of the Mimivirus genomic fiber
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-15628: Tomogram of the Mimivirus genomic fiber
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-15629: Tomogram of the Mimivirus genomic fiber
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-15630: Tomogram of the Mimivirus genomic fiber
手法: EM (トモグラフィー)

化合物

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM / フラビンアデニンジヌクレオチド

由来
  • acanthamoeba polyphaga mimivirus (ミミウイルス)
  • Mimivirus (ミミウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Mimivirus (ミミウイルス) / Genomic fibre / Cytoplasmic infectious cycle / 1.2 Mb dsDNA / VIRUS (ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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