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タイトルMechanism of cyclic β-glucan export by ABC transporter Cgt of Brucella.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 29, Issue 12, Page 1170-1177, Year 2022
掲載日2022年12月1日
著者Jaroslaw Sedzicki / Dongchun Ni / Frank Lehmann / Na Wu / Renato Zenobi / Seunho Jung / Henning Stahlberg / Christoph Dehio /
PubMed 要旨Polysaccharides play critical roles in bacteria, including the formation of protective capsules and biofilms and establishing specific host cell interactions. Their transport across membranes is ...Polysaccharides play critical roles in bacteria, including the formation of protective capsules and biofilms and establishing specific host cell interactions. Their transport across membranes is often mediated by ATP-binding cassette (ABC) transporters, which utilize ATP to translocate diverse molecules. Cyclic β-glucans (CβGs) are critical for host interaction of the Rhizobiales, including the zoonotic pathogen Brucella. CβGs are exported into the periplasmic space by the cyclic glucan transporter (Cgt). The interaction of an ABC transporter with a polysaccharide substrate has not been visualized so far. Here we use single-particle cryoelectron microscopy to elucidate the structures of Cgt from Brucella abortus in four conformational states. The substrate-bound structure reveals an unusual binding pocket at the height of the cytoplasmic leaflet, whereas ADP-vanadate models hint at an alternative mechanism of substrate release. Our work provides insights into the translocation of large, heterogeneous substrates and sheds light on protein-polysaccharide interactions in general.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:36456825
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 4.0 Å
構造データ

14814

7znu

EMDB-14814, PDB-7znu:
cryo-EM structure of CGT ABC transporter in detergent micelle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

14843

7zo8

EMDB-14843, PDB-7zo8:
cryo-EM structure of CGT ABC transporter in nanodisc apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

14844

7zo9

EMDB-14844, PDB-7zo9:
cryo-EM structure of CGT ABC transporter in vanadate trapped state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

14845

7zoa

EMDB-14845, PDB-7zoa:
cryo-EM structure of CGT ABC transporter in presence of CBG substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-VO4:
VANADATE ION / バナジン酸塩

ChemComp-PLC:
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

由来
  • brucella abortus 2308 (ウシ流産菌)
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / cyclic-beta-glucan / ABC transporter / CGT / Brucella (ブルセラ属)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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