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Structure paper

タイトルStructural basis of the mycobacterial stress-response RNA polymerase auto-inhibition via oligomerization.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 484, Year 2023
掲載日2023年1月30日
著者Zakia Morichaud / Stefano Trapani / Rishi K Vishwakarma / Laurent Chaloin / Corinne Lionne / Joséphine Lai-Kee-Him / Patrick Bron / Konstantin Brodolin /
PubMed 要旨Self-assembly of macromolecules into higher-order symmetric structures is fundamental for the regulation of biological processes. Higher-order symmetric structure self-assembly by the gene expression ...Self-assembly of macromolecules into higher-order symmetric structures is fundamental for the regulation of biological processes. Higher-order symmetric structure self-assembly by the gene expression machinery, such as bacterial DNA-dependent RNA polymerase (RNAP), has never been reported before. Here, we show that the stress-response σ factor from the human pathogen, Mycobacterium tuberculosis, induces the RNAP holoenzyme oligomerization into a supramolecular complex composed of eight RNAP units. Cryo-electron microscopy revealed a pseudo-symmetric structure of the RNAP octamer in which RNAP protomers are captured in an auto-inhibited state and display an open-clamp conformation. The structure shows that σ is sequestered by the RNAP flap and clamp domains. The transcriptional activator RbpA prevented octamer formation by promoting the initiation-competent RNAP conformation. Our results reveal that a non-conserved region of σ is an allosteric controller of transcription initiation and demonstrate how basal transcription factors can regulate gene expression by modulating the RNAP holoenzyme assembly and hibernation.
リンクNat Commun / PubMed:36717560 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.86 - 6.75 Å
構造データ

14696

7zf2

EMDB-14696, PDB-7zf2:
Protomeric substructure from an octameric assembly of M. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation factor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.86 Å

EMDB-14697: M. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation factor: octameric assembly of (alpha)2-beta-beta'-omega-sigB protomers.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

EMDB-14974: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase holoenzyme dimer comprising sigma factor SigB, conformation 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.75 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
  • Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / self-assembly (自己集合) / octamer (オリゴマー) / tuberculosis (結核) / stress response (闘争・逃走反応) / hibernation (冬眠)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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