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Structure paper

タイトルStructural and functional investigation of ABC transporter STE6-2p from reveals unexpected interaction with sterol molecules.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 119, Issue 43, Page e2202822119, Year 2022
掲載日2022年10月25日
著者E Sabine M Schleker / Sabine Buschmann / Hao Xie / Sonja Welsch / Hartmut Michel / Christoph Reinhart /
PubMed 要旨Adenosine triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporters are multidomain transmembrane proteins, which facilitate the transport of various substances across cell membranes using energy ...Adenosine triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporters are multidomain transmembrane proteins, which facilitate the transport of various substances across cell membranes using energy derived from ATP hydrolysis. They are important drug targets since they mediate decreased drug susceptibility during pharmacological treatments. For the methylotrophic yeast , a model organism that is a widely used host for protein expression, the role and function of its ABC transporters is unexplored. In this work, we investigated the ABC-B transporter STE6-2p. Functional investigations revealed that STE6-2p is capable of transporting rhodamines in vivo and is active in the presence of verapamil and triazoles in vitro. A phylogenetic analysis displays homology among multidrug resistance (MDR) transporters from pathogenic fungi to human ABC-B transporters. Further, we present high-resolution single-particle electron cryomicroscopy structures of an ABC transporter from in the apo conformation (3.1 Å) and in complex with verapamil and adenylyl imidodiphosphate (AMP-PNP) (3.2 Å). An unknown density between transmembrane helices 4, 5, and 6 in both structures suggests the presence of a sterol-binding site of unknown function.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:36256814 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.2 Å
構造データ

14049

7qkr

EMDB-14049, PDB-7qkr:
Cryo-EM structure of ABC transporter STE6-2p from Pichia pastoris with Verapamil at 3.2 A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

14050

7qks

EMDB-14050, PDB-7qks:
Cryo-EM structure of ABC transporter STE6-2p from Pichia pastoris in apo conformation at 3.1 A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-I6H:
Dexverapamil / (+)-ベラパミル / 薬剤, チャネルブロッカー*YM / ベラパミル

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

由来
  • komagataella phaffii cbs 7435 (菌類)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC transporter / ABCB / MDR / membrane protein (膜タンパク質) / Pichia pastoris

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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