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Structure paper

タイトルThe antibody response to SARS-CoV-2 Beta underscores the antigenic distance to other variants.
ジャーナル・号・ページCell Host Microbe, Vol. 30, Issue 1, Page 53-68.e12, Year 2022
掲載日2022年1月12日
著者Chang Liu / Daming Zhou / Rungtiwa Nutalai / Helen M E Duyvesteyn / Aekkachai Tuekprakhon / Helen M Ginn / Wanwisa Dejnirattisai / Piyada Supasa / Alexander J Mentzer / Beibei Wang / James Brett Case / Yuguang Zhao / Donal T Skelly / Rita E Chen / Sile Ann Johnson / Thomas G Ritter / Chris Mason / Tariq Malik / Nigel Temperton / Neil G Paterson / Mark A Williams / David R Hall / Daniel K Clare / Andrew Howe / Philip J R Goulder / Elizabeth E Fry / Michael S Diamond / Juthathip Mongkolsapaya / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton /
PubMed 要旨Alpha-B.1.1.7, Beta-B.1.351, Gamma-P.1, and Delta-B.1.617.2 variants of SARS-CoV-2 express multiple mutations in the spike protein (S). These may alter the antigenic structure of S, causing escape ...Alpha-B.1.1.7, Beta-B.1.351, Gamma-P.1, and Delta-B.1.617.2 variants of SARS-CoV-2 express multiple mutations in the spike protein (S). These may alter the antigenic structure of S, causing escape from natural or vaccine-induced immunity. Beta is particularly difficult to neutralize using serum induced by early pandemic SARS-CoV-2 strains and is most antigenically separated from Delta. To understand this, we generated 674 mAbs from Beta-infected individuals and performed a detailed structure-function analysis of the 27 most potent mAbs: one binding the spike N-terminal domain (NTD), the rest the receptor-binding domain (RBD). Two of these RBD-binding mAbs recognize a neutralizing epitope conserved between SARS-CoV-1 and -2, while 18 target mutated residues in Beta: K417N, E484K, and N501Y. There is a major response to N501Y, including a public IgVH4-39 sequence, with E484K and K417N also targeted. Recognition of these key residues underscores why serum from Beta cases poorly neutralizes early pandemic and Delta viruses.
リンクCell Host Microbe / PubMed:34921776 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.7 - 4.9 Å
構造データ

13857

7q6e

EMDB-13857, PDB-7q6e:
Beta049 fab in complex with SARS-CoV2 beta-Spike glycoprotein, The Beta mAb response underscores the antigenic distance to other SARS-CoV-2 variants
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

13868

7q9f

EMDB-13868, PDB-7q9f:
Beta-50 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

13869

7q9g

EMDB-13869, PDB-7q9g:
COVOX-222 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

13870

7q9i

EMDB-13870, PDB-7q9i:
Beta-43 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

13871

7q9j

EMDB-13871, PDB-7q9j:
Beta-26 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

13872

7q9k

EMDB-13872, PDB-7q9k:
Beta-32 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

13873

7q9m

EMDB-13873, PDB-7q9m:
Beta-53 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-13874:
Beta-44 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

13875

7q9p

EMDB-13875, PDB-7q9p:
Beta-06 fab in complex with SARS-CoV-2 beta-Spike glycoprotein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

PDB-7pry:
Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with COVOX-45 and beta-6 Fabs
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.1 Å

PDB-7prz:
Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with beta-22 Fabs
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

PDB-7ps0:
Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with beta-24 Fabs
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.92 Å

PDB-7ps1:
Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-27 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-7ps2:
Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-29 and Beta-53 Fabs
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.99 Å

PDB-7ps3:
Crystal structure of antibody Beta-32 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-7ps4:
Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-38
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.94 Å

PDB-7ps5:
Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-47 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.14 Å

PDB-7ps6:
Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-44 and Beta-54 Fabs
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.26 Å

PDB-7ps7:
Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-40 Fab
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.9 Å

PDB-7q0g:
Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-49 and FI-3A Fabs
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.82 Å

PDB-7q0h:
Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-50 and Beta-54
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.65 Å

PDB-7q0i:
Crystal structure of the N-terminal domain of SARS-CoV-2 beta variant spike glycoprotein in complex with Beta-43
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.39 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-IOD:
IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-MLT:
D-MALATE / D-りんご酸 / リンゴ酸

ChemComp-PG0:
2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル / 阻害剤, 沈殿剤*YM / ジエチレングリコールモノメチルエーテル

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-TAR:
D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸 / 酒石酸

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM / ポリエチレングリコール

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 alpha variant (SARSコロナウイルス2-アルファ株) / beta variant (SARSコロナウイルス2-ベータ株) / gamma variant (SARSコロナウイルス2-ガンマ株) / delta variant / B.1.1.7 (SARSコロナウイルス2-アルファ株) / B.1.351 (SARSコロナウイルス2-ベータ株) / P.1 / B.1.617.2 (SARSコロナウイルス2-デルタ株) / antibody (抗体) / receptor-binding-domain / spike / neutralisation / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / SARS-COV-2 B.1.1.7 (Alpha) VARIANT / B.1.351 (Beta) VARIANT / P.1 (Gamma) VARIANT / B.1.617.2 (Delta) VARIANT / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX (ウイルス性) / RBD / N-terminal domain (N末端) / NTD / SARS-CoV2 (SARSコロナウイルス2) / glycoprotein (糖タンパク質) / fab / B.1.135 / Complex / neutralising / convalescent sera

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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