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Structure paper

タイトルClamping of DNA shuts the condensin neck gate.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 119, Issue 14, Page e2120006119, Year 2022
掲載日2022年4月5日
著者Byung-Gil Lee / James Rhodes / Jan Löwe /
PubMed 要旨SignificanceDNA needs to be compacted to fit into nuclei and during cell division, when dense chromatids are formed for their mechanical segregation, a process that depends on the protein complex ...SignificanceDNA needs to be compacted to fit into nuclei and during cell division, when dense chromatids are formed for their mechanical segregation, a process that depends on the protein complex condensin. It forms and enlarges loops in DNA through loop extrusion. Our work resolves the atomic structure of a DNA-bound state of condensin in which ATP has not been hydrolyzed. The DNA is clamped within a compartment that has been reported previously in other structural maintenance of chromosomes (SMC) complexes, including Rad50, cohesin, and MukBEF. With the caveat of important differences, it means that all SMC complexes cycle through at least some similar states and undergo similar conformational changes in their head modules, while hydrolyzing ATP and translocating DNA.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:35349345 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 9.0 Å
構造データ

13783

7q2x

EMDB-13783, PDB-7q2x:
Cryo-EM structure of clamped S.cerevisiae condensin-DNA complex (Form I)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

13784

7q2y

EMDB-13784, PDB-7q2y:
Cryo-EM structure of clamped S.cerevisiae condensin-DNA complex (form II)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-13785: Cryo-EM map of clamped S.cerevisiae condensin-DNA complex (pentamer dataset)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

13786

7q2z

EMDB-13786, PDB-7q2z:
Cryo-EM structure of S.cerevisiae condensin Ycg1-Brn1-DNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-13787: Cryo-EM map of clamped S.cerevisiae condensin complex on circular DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.75 Å

EMDB-13788: Cryo-EM map of S.cerevisiae condensin Ycg1-Brn1 complex on circular DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.0 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / condensin (コンデンシン) / SMC / Ycg1 / heat repeat (HEATリピート) / HAWK

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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