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- EMDB-13783: Cryo-EM structure of clamped S.cerevisiae condensin-DNA complex (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13783
タイトルCryo-EM structure of clamped S.cerevisiae condensin-DNA complex (Form I)
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of condensin tetramer (smc2, smc4, brn1, ycs4), DNA, ADP-BeF3
    • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Condensin complex subunit 2コンデンシン
    • タンパク質・ペプチド: Condensin complex subunit 1コンデンシン
    • DNA: DNA (36-MER)
    • DNA: DNA (36-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / meiotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / DNA secondary structure binding / maintenance of rDNA / rDNA chromatin condensation / synaptonemal complex assembly ...negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / meiotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / DNA secondary structure binding / maintenance of rDNA / rDNA chromatin condensation / synaptonemal complex assembly / nucleophagy / condensed chromosome, centromeric region / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / mitotic sister chromatid segregation / condensed chromosome / histone binding / double-stranded DNA binding / 細胞分裂 / chromatin binding / クロマチン / 核小体 / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Condensin subunit 1 / Condensin complex subunit 1, N-terminal / Condensin subunit 1/Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin complex subunit 1, C-terminal / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1, N-term / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1 / Smc2, ATP-binding cassette domain / Condensin complex subunit 2/barren / Condensin complex subunit 2 / Structural maintenance of chromosomes protein ...Condensin subunit 1 / Condensin complex subunit 1, N-terminal / Condensin subunit 1/Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin complex subunit 1, C-terminal / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1, N-term / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1 / Smc2, ATP-binding cassette domain / Condensin complex subunit 2/barren / Condensin complex subunit 2 / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Condensin complex subunit 2 / Structural maintenance of chromosomes protein 2 / Condensin complex subunit 1 / Structural maintenance of chromosomes protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Lee B-G / Rhodes J / Lowe J
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust218621/Z/19/Z 英国
Wellcome Trust202754/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)U105184326 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Clamping of DNA shuts the condensin neck gate.
著者: Byung-Gil Lee / James Rhodes / Jan Löwe /
要旨: SignificanceDNA needs to be compacted to fit into nuclei and during cell division, when dense chromatids are formed for their mechanical segregation, a process that depends on the protein complex ...SignificanceDNA needs to be compacted to fit into nuclei and during cell division, when dense chromatids are formed for their mechanical segregation, a process that depends on the protein complex condensin. It forms and enlarges loops in DNA through loop extrusion. Our work resolves the atomic structure of a DNA-bound state of condensin in which ATP has not been hydrolyzed. The DNA is clamped within a compartment that has been reported previously in other structural maintenance of chromosomes (SMC) complexes, including Rad50, cohesin, and MukBEF. With the caveat of important differences, it means that all SMC complexes cycle through at least some similar states and undergo similar conformational changes in their head modules, while hydrolyzing ATP and translocating DNA.
履歴
登録2021年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月23日-
マップ公開2022年3月23日-
更新2022年4月13日-
現状2022年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13783.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13783.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 16.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 162 pix.
= 173.34 Å		1.07 Å/pix.
x 162 pix.
= 173.34 Å		1.07 Å/pix.
x 162 pix.
= 173.34 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.03270672 - 2.0688243
平均 (標準偏差)0.0069678035 (±0.058647737)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ162162162
Spacing162162162
セルA=B=C: 173.34001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : complex of condensin tetramer (smc2, smc4, brn1, ycs4), DNA, ADP-BeF3

全体名称: complex of condensin tetramer (smc2, smc4, brn1, ycs4), DNA, ADP-BeF3
要素
  • 複合体: complex of condensin tetramer (smc2, smc4, brn1, ycs4), DNA, ADP-BeF3
    • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Condensin complex subunit 2コンデンシン
    • タンパク質・ペプチド: Condensin complex subunit 1コンデンシン
    • DNA: DNA (36-MER)
    • DNA: DNA (36-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: complex of condensin tetramer (smc2, smc4, brn1, ycs4), DNA, ADP-BeF3

超分子名称: complex of condensin tetramer (smc2, smc4, brn1, ycs4), DNA, ADP-BeF3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量実験値: 515 kDa/nm

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分子 #1: Structural maintenance of chromosomes protein 2

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 134.125875 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKVEELIIDG FKSYATRTVI TDWDPQFNAI TGLNGSGKSN ILDAICFVLG IASMSTVRAS SLQDLIYKRG QAGVTKASVT IVFDNTDKS NSPIGFTNSP QISVTRQVVL GGTSKYLING HRAPQQSVLQ LFQSVQLNIN NPNFLIMQGK ITKVLNMKPS E ILSLIEEA ...文字列:
MKVEELIIDG FKSYATRTVI TDWDPQFNAI TGLNGSGKSN ILDAICFVLG IASMSTVRAS SLQDLIYKRG QAGVTKASVT IVFDNTDKS NSPIGFTNSP QISVTRQVVL GGTSKYLING HRAPQQSVLQ LFQSVQLNIN NPNFLIMQGK ITKVLNMKPS E ILSLIEEA AGTKMFEDRR EKAERTMSKK ETKLQENRTL LTEEIEPKLE KLRNEKRMFL EFQSTQTDLE KTERIVVSYE YY NIKHKHT SIRETLENGE TRMKMLNEFV KKTSEEIDSL NEDVEEIKLQ KEKELHKEGT ISKLENKENG LLNEISRLKT SLS IKVENL NDTTEKSKAL ESEIASSSAK LIEKKSAYAN TEKDYKMVQE QLSKQRDLYK RKEELVSTLT TGISSTGAAD GGYN AQLAK AKTELNEVSL AIKKSSMKME LLKKELLTIE PKLKEATKDN ELNVKHVKQC QETCDKLRAR LVEYGFDPSR IKDLK QRED KLKSHYYQTC KNSEYLKRRV TNLEFNYTKP YPNFEASFVH GVVGQLFQID NDNIRYATAL QTCAGGRLFN VVVQDS QTA TQLLERGRLR KRVTIIPLDK IYTRPISSQV LDLAKKIAPG KVELAINLIR FDESITKAME FIFGNSLICE DPETAKK IT FHPKIRARSI TLQGDVYDPE GTLSGGSRNT SESLLVDIQK YNQIQKQIET IQADLNHVTE ELQTQYATSQ KTKTIQSD L NLSLHKLDLA KRNLDANPSS QIIARNEEIL RDIGECENEI KTKQMSLKKC QEEVSTIEKD MKEYDSDKGS KLNELKKEL KLLAKELEEQ ESESERKYDL FQNLELETEQ LSSELDSNKT LLHNHLKSIE SLKLENSDLE GKIRGVEDDL VTVQTELNEE KKRLMDIDD ELNELETLIK KKQDEKKSSE LELQKLVHDL NKYKSNTNNM EKIIEDLRQK HEFLEDFDLV RNIVKQNEGI D LDTYRERS KQLNEKFQEL RKKVNPNIMN MIENVEKKEA ALKTMIKTIE KDKMKIQETI SKLNEYKRET LVKTWEKVTL DF GNIFADL LPNSFAKLVP CEGKDVTQGL EVKVKLGNIW KESLIELSGG QRSLIALSLI MALLQFRPAP MYILDEVDAA LDL SHTQNI GHLIKTRFKG SQFIVVSLKE GMFANANRVF RTRFQDGTSV VSIM

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分子 #2: Structural maintenance of chromosomes protein 4

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: comment: since alignment with full sequence did not work, we input only sequence in pdb. The real sequence is UNIPROT Q12267 (full-length construct),comment: since alignment with full ...詳細: comment: since alignment with full sequence did not work, we input only sequence in pdb. The real sequence is UNIPROT Q12267 (full-length construct),comment: since alignment with full sequence did not work, we input only sequence in pdb. The real sequence is UNIPROT Q12267 (full-length construct)
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 162.435812 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSDSPLSKRQ KRKSAQEPEL SLDQGDAEED SQVENRVNLS ENTPEPDLPA LEASYSKSYT PRKLVLSSGE NRYAFSQPTN STTTSLHVP NLQPPKTSSR GRDHKSYSQS PPRSPGRSPT RRLELLQLSP VKNSRVELQK IYDRHQSSSK QQSRLFINEL V LENFKSYA ...文字列:
MSDSPLSKRQ KRKSAQEPEL SLDQGDAEED SQVENRVNLS ENTPEPDLPA LEASYSKSYT PRKLVLSSGE NRYAFSQPTN STTTSLHVP NLQPPKTSSR GRDHKSYSQS PPRSPGRSPT RRLELLQLSP VKNSRVELQK IYDRHQSSSK QQSRLFINEL V LENFKSYA GKQVVGPFHT SFSAVVGPNG SGKSNVIDSM LFVFGFRANK MRQDRLSDLI HKSEAFPSLQ SCSVAVHFQY VI DESSGTS RIDEEKPGLI ITRKAFKNNS SKYYINEKES SYTEVTKLLK NEGIDLDHKR FLILQGEVEN IAQMKPKAEK ESD DGLLEY LEDIIGTANY KPLIEERMGQ IENLNEVCLE KENRFEIVDR EKNSLESGKE TALEFLEKEK QLTLLRSKLF QFKL LQSNS KLASTLEKIS SSNKDLEDEK MKFQESLKKV DEIKAQRKEI KDRISSCSSK EKTLVLERRE LEGTRVSLEE RTKNL VSKM EKAEKTLKST KHSISEAENM LEELRGQQTE HETEIKDLTQ LLEKERSILD DIKLSLKDKT KNISAEIIRH EKELEP WDL QLQEKESQIQ LAESELSLLE ETQAKLKKNV ETLEEKILAK KTHKQELQDL ILDLKKKLNS LKDERSQGEK NFTSAHL KL KEMQKVLNAH RQRAMEARSS LSKAQNKSKV LTALSRLQKS GRINGFHGRL GDLGVIDDSF DVAISTACPR LDDVVVDT V ECAQHCIDYL RKNKLGYARF ILLDRLRQFN LQPISTPENV PRLFDLVKPK NPKFSNAFYS VLRDTLVAQN LKQANNVAY GKKRFRVVTV DGKLIDISGT MSGGGNHVAK GLMKLGTNQS DKVDDYTPEE VDKIERELSE RENNFRVASD TVHEMEEELK KLRDHEPDL ESQISKAEME ADSLASELTL AEQQVKEAEM AYVKAVSDKA QLNVVMKNLE RLRGEYNDLQ SETKTKKEKI K GLQDEIMK IGGIKLQMQN SKVESVCQKL DILVAKLKKV KSASKKSGGD VVKFQKLLQN SERDVELSSD ELKVIEEQLK HT KLALAEN DTNMNETLNL KVELKEQSEQ LKEQMEDMEE SINEFKSIEI EMKNKLEKLN SLLTYIKSEI TQQEKGLNEL SIR DVTHTL GMLDDNKMDS VKEDVKNNQE LDQEYRSCET QDESEIKDAE TSCDNYHPMN IDETSDEVSR GIPRLSEDEL RELD VELIE SKINELSYYV EETNVDIGVL EEYARRLAEF KRRKLDLNNA VQKRDEVKEQ LGILKKKRFD EFMAGFNIIS MTLKE MYQM ITMGGNAELE LVDSLDPFSE GVTFSVMPPK KSWRNITNLS GGEKTLSSLA LVFALHKYKP TPLYVMDEID AALDFR NVS IVANYIKERT KNAQFIVISL RNNMFELAQQ LVGVYKRDNR TKSTTIKNID ILNRT

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分子 #3: Condensin complex subunit 2

分子名称: Condensin complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 86.323297 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MTTQLRYENN DDDERVEYNL FTNRSTMMAN FEEWIKMATD NKINSRNSWN FALIDYFYDL DVLKDGENNI NFQKASATLD GCIKIYSSR VDSVTTETGK LLSGLAQRKT NGASNGDDSN GGNGEGLGGD SDEANIEIDP LTGMPISNDP DVNNTRRRVY N RVLETTLV ...文字列:
MTTQLRYENN DDDERVEYNL FTNRSTMMAN FEEWIKMATD NKINSRNSWN FALIDYFYDL DVLKDGENNI NFQKASATLD GCIKIYSSR VDSVTTETGK LLSGLAQRKT NGASNGDDSN GGNGEGLGGD SDEANIEIDP LTGMPISNDP DVNNTRRRVY N RVLETTLV EFETIKMKEL DQELIIDPLF KKALVDFDEG GAKSLLLNTL NIDNTARVIF DASIKDTQNV GQGKLQRKEE EL IERDSLV DDENEPSQSL ISTRNDSTVN DSVISAPSME DEILSLGMDF IKFDQIAVCE ISGSIEQLRN VVEDINQAKD FIE NVNNRF DNFLTEEELQ AAVPDNAEDD SDGFDMGMQQ ELCYPDENHD NTSHDEQDDD NVNSTTGSIF EKDLMAYFDE NLNR NWRGR EHWKVRNFKK ANLVNKESDL LEETRTTIGD TTDKNTTDDK SMDTKKKHKQ KKVLEIDFFK TDDSFEDKVF ASKGR TKID MPIKNRKNDT HYLLPDDFHF STDRITRLFI KPGQKMSLFS HRKHTRGDVS SGLFEKSTVS ANHSNNDIPT IADEHF WAD NYERKEQEEK EKEQSKEVGD VVGGALDNPF EDDMDGVDFN QAFEGTDDNE EASVKLDLQD DEDHKFPIRE NKVTYSR VS KKVDVRRLKK NVWRSINNLI QEHDSRKNRE QSSNDSETHT EDESTKELKF SDIIQGISKM YSDDTLKDIS TSFCFICL L HLANEHGLQI THTENYNDLI VNYEDLATTQ AAS

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分子 #4: Condensin complex subunit 1

分子名称: Condensin complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 133.116766 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSGFSLSEYL TKFQTTDRES YPRLQDPSRE LNVIIDQLAV SPEQIDASPD SLEALIDLCH DFPHLTPKLQ TQLSYLISSS LSNLSKDIK ANLSSNVNFT EIGGLIPQWK RHLEEYGYLI QVLLTFLQDE LHKVSSQSTN LNRSAKNSKN DSANVELFKR D CNQMENLL ...文字列:
MSGFSLSEYL TKFQTTDRES YPRLQDPSRE LNVIIDQLAV SPEQIDASPD SLEALIDLCH DFPHLTPKLQ TQLSYLISSS LSNLSKDIK ANLSSNVNFT EIGGLIPQWK RHLEEYGYLI QVLLTFLQDE LHKVSSQSTN LNRSAKNSKN DSANVELFKR D CNQMENLL ESITKLLEIN LSKIFQTTPE KDLFIGLFTR PLFVLLEIEP VTKVSSLKMF IQRILAMCVK NHGQSSSIQS SL MTNLTYF LHLSVFNAEL LKLLNDEYNY PQLTEDILKE ISTRVFNAKD TTGPKAISNF LIKLSELSPG IMLRQMNLVI TLL NNSSIT LRCSVVEACG NIVAELAQDP QTMEHYKQQI AVLIELLEER FQDSNPYVRT KAIQGCSKIC DLSSKFNKSK AKFT SLAVR SLQDRSSLVR RNSVKLLSKL LLKHPFKAIH GSQLRLSEWE EYLKGSESQL NSTLKKVESQ ETLNDTIERS LIEEE VEQD EGQCRTELEG SFNKSAELSR IENEVENINA TNTSVLMKLK LMIVYYKDAI SFIKEIHKSI ELISNLLFSK NRNEVL ESM DFLVLADAFD IELSEFGIKK MLHLVWMKGT NDEGTSISVH LIECYKQLFL TAPDSCNMQE KAAHIAKNLI NLSIGAS IA DLASLEQLLG MMYEQKLIDQ HVINILWAIY NSASKASMQK EQNVNNRDSE KGFSKEQIHG SIIILGMLSL ADNEIALK G LESLLNIGLG AVGLKDLTLC RYSCLALERM VPKRSTIITK AINQELEDVA VKKLYAIIIN YTKDNEYYPM CEQALSALF TISSKPDILA TDLIREKTMM TFGKPEEEDS ILSLEQSSRV VSLSQLLFIV GQVAIKTLVY LEKCEAEFKK RKIEAETRNG KVKNQGADV TNTTQDNGGD KELEMIGGTN EDDFTDAIQF VKENELLFGE KSILGKFCPI VEEIVSNSSR FSDPMLQRTA T LCLEKLMC LSSKYCEKSL PLLITVMEKS PDPTIRSNAV LGLGDMAVCF NNLVDENTDY LYRRLHDENL MVQRTCLMTV TF LILAGQV KVKGQLGEMA KCLDNPDQGI SDMCRLFFTE LASKDNAIYN GFIDIFSNLS SDDLLGKESF KKIIKFLLTF IDK ERHQKQ LNEKLVGRLR KCETQKQWDD IAFVLNNLPY KNEDVTALLE QGFKVVSAKE

+
分子 #5: DNA (36-MER)

分子名称: DNA (36-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 11.230485 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

+
分子 #6: DNA (36-MER)

分子名称: DNA (36-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 10.905983 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

+
分子 #7: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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分子 #8: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 286294

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6yvu

chain_id: A

6yvu

chain_id: B

6yvu

chain_id: C

6yvu

chain_id: D

6zz6

chain_id: E

6zz6

chain_id: F
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7q2x:
Cryo-EM structure of clamped S.cerevisiae condensin-DNA complex (Form I)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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