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Structure paper

タイトルComplete atomic structure of a native archaeal cell surface.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 37, Issue 8, Page 110052, Year 2021
掲載日2021年11月23日
著者Andriko von Kügelgen / Vikram Alva / Tanmay A M Bharat /
PubMed 要旨Many prokaryotic cells are covered by an ordered, proteinaceous, sheet-like structure called a surface layer (S-layer). S-layer proteins (SLPs) are usually the highest copy number macromolecules in ...Many prokaryotic cells are covered by an ordered, proteinaceous, sheet-like structure called a surface layer (S-layer). S-layer proteins (SLPs) are usually the highest copy number macromolecules in prokaryotes, playing critical roles in cellular physiology such as blocking predators, scaffolding membranes, and facilitating environmental interactions. Using electron cryomicroscopy of two-dimensional sheets, we report the atomic structure of the S-layer from the archaeal model organism Haloferax volcanii. This S-layer consists of a hexagonal array of tightly interacting immunoglobulin-like domains, which are also found in SLPs across several classes of archaea. Cellular tomography reveal that the S-layer is nearly continuous on the cell surface, completed by pentameric defects in the hexagonal lattice. We further report the atomic structure of the SLP pentamer, which shows markedly different relative arrangements of SLP domains needed to complete the S-layer. Our structural data provide a framework for understanding cell surfaces of archaea at the atomic level.
リンクCell Rep / PubMed:34818541 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (単粒子)
解像度3.46 - 15.87 Å
構造データ

13632

7ptp

EMDB-13632, PDB-7ptp:
In-situ structure of pentameric S-layer protein
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.58 Å

13634

7ptr

EMDB-13634, PDB-7ptr:
Structure of hexameric S-layer protein from Haloferax volcanii archaea
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

13637

7ptt

EMDB-13637, PDB-7ptt:
In-situ structure of hexameric S-layer protein
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.968 Å

13638

7ptu

EMDB-13638, PDB-7ptu:
Structure of pentameric S-layer protein from Halofaerax volcanii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.87 Å

EMDB-13639:
In-vitro structure of inverted S-layer tube
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.87 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-BGC:
beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス / グルコース

由来
  • haloferax volcanii ds2 (古細菌)
  • Halobacterium volcanii (古細菌)
  • haloferax volcanii (strain atcc 29605 / dsm 3757 / jcm 8879 / nbrc 14742 / ncimb 2012 / vkm b-1768 / ds2) (古細菌)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / S-layer csg

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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