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Structure paper

タイトルStructural basis of soluble membrane attack complex packaging for clearance.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 6086, Year 2021
掲載日2021年10月19日
著者Anaïs Menny / Marie V Lukassen / Emma C Couves / Vojtech Franc / Albert J R Heck / Doryen Bubeck /
PubMed 要旨Unregulated complement activation causes inflammatory and immunological pathologies with consequences for human disease. To prevent bystander damage during an immune response, extracellular ...Unregulated complement activation causes inflammatory and immunological pathologies with consequences for human disease. To prevent bystander damage during an immune response, extracellular chaperones (clusterin and vitronectin) capture and clear soluble precursors to the membrane attack complex (sMAC). However, how these chaperones block further polymerization of MAC and prevent the complex from binding target membranes remains unclear. Here, we address that question by combining cryo electron microscopy (cryoEM) and cross-linking mass spectrometry (XL-MS) to solve the structure of sMAC. Together our data reveal how clusterin recognizes and inhibits polymerizing complement proteins by binding a negatively charged surface of sMAC. Furthermore, we show that the pore-forming C9 protein is trapped in an intermediate conformation whereby only one of its two transmembrane β-hairpins has unfurled. This structure provides molecular details for immune pore formation and helps explain a complement control mechanism that has potential implications for how cell clearance pathways mediate immune homeostasis.
リンクNat Commun / PubMed:34667172 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.27 - 3.83 Å
構造データ

EMDB-12646:
cryoEM reconstruction of the terminal C9s and chaperone in 3C9-sMAC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.83 Å

EMDB-12647:
cryoEM reconstruction of the terminal C9s in 2C9-sMAC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-12648:
cryoEM reconstruction of C5b and C7 C-ter in 2C9-sMAC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.64 Å

EMDB-12649:
cryoEM reconstruction of 1C9-sMAC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

12650

7nyc

EMDB-12650, PDB-7nyc:
cryoEM structure of 3C9-sMAC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

12651

7nyd

EMDB-12651, PDB-7nyd:
cryoEM structure of 2C9-sMAC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

化合物

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose / β-D-マンノピラノ-ス / マンノース

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-FUC:
alpha-L-fucopyranose / α-L-フコピラノ-ス / フコース

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Human (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Complement / MACPF / Membrane Attack Complex (膜侵襲複合体) / CDC / pore forming

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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