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Structure paper

タイトルIn situ structure and organization of the influenza C virus surface glycoprotein.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 1694, Year 2021
掲載日2021年3月16日
著者Steinar Halldorsson / Kasim Sader / Jack Turner / Lesley J Calder / Peter B Rosenthal /
PubMed 要旨The lipid-enveloped influenza C virus contains a single surface glycoprotein, the haemagglutinin-esterase-fusion (HEF) protein, that mediates receptor binding, receptor destruction, and membrane ...The lipid-enveloped influenza C virus contains a single surface glycoprotein, the haemagglutinin-esterase-fusion (HEF) protein, that mediates receptor binding, receptor destruction, and membrane fusion at the low pH of the endosome. Here we apply electron cryotomography and subtomogram averaging to describe the structural basis for hexagonal lattice formation by HEF on the viral surface. The conformation of the glycoprotein in situ is distinct from the structure of the isolated trimeric ectodomain, showing that a splaying of the membrane distal domains is required to mediate contacts that form the lattice. The splaying of these domains is also coupled to changes in the structure of the stem region which is involved in membrane fusion, thereby linking HEF's membrane fusion conformation with its assembly on the virus surface. The glycoprotein lattice can form independent of other virion components but we show a major role for the matrix layer in particle formation.
リンクNat Commun / PubMed:33727554 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度9.1 - 26.2 Å
構造データ

10810

6yi5

EMDB-10810: In-situ structure of the trimeric HEF from influenza C viral particles with a matrix layer by cryo-ET
PDB-6yi5: In-situ structure of the trimeric HEF from influenza C by flexible fitting into a cryo-ET map.
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.1 Å

EMDB-10811:
In-situ structure of a dimer of the trimeric HEF from influenza C viral particles containing a matrix layer by cryo-ET
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.7 Å

EMDB-10812:
In-situ structure of the trimeric HEF from influenza C viral particles without a matrix layer by cryo-ET
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-10813:
In-situ structure of a dimer of the trimeric HEF from influenza C viral particles without a matrix layer by cryo-ET
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.3 Å

EMDB-10814:
In-situ structure of HEF from filamentous influenza C viral particles by cryo-ET
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 26.2 Å

由来
  • influenza c virus (strain c/johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
  • Canis lupus (オオカミ)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Receptor / esterase (エステラーゼ) / fusion / influenza (インフルエンザ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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