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タイトルA 2.8-Angstrom-Resolution Cryo-Electron Microscopy Structure of Human Parechovirus 3 in Complex with Fab from a Neutralizing Antibody.
ジャーナル・号・ページJ Virol, Vol. 93, Issue 4, Year 2019
掲載日2019年2月15日
著者Aušra Domanska / Justin W Flatt / Joonas J J Jukonen / James A Geraets / Sarah J Butcher /
PubMed 要旨Human parechovirus 3 (HPeV3) infection is associated with sepsis characterized by significant immune activation and subsequent tissue damage in neonates. Strategies to limit infection have been ...Human parechovirus 3 (HPeV3) infection is associated with sepsis characterized by significant immune activation and subsequent tissue damage in neonates. Strategies to limit infection have been unsuccessful due to inadequate molecular diagnostic tools for early detection and the lack of a vaccine or specific antiviral therapy. Toward the latter, we present a 2.8-Å-resolution structure of HPeV3 in complex with fragments from a neutralizing human monoclonal antibody, AT12-015, using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and image reconstruction. Modeling revealed that the epitope extends across neighboring asymmetric units with contributions from capsid proteins VP0, VP1, and VP3. Antibody decoration was found to block binding of HPeV3 to cultured cells. Additionally, at high resolution, it was possible to model a stretch of RNA inside the virion and, from this, identify the key features that drive and stabilize protein-RNA association during assembly. Human parechovirus 3 (HPeV3) is receiving increasing attention as a prevalent cause of sepsis-like symptoms in neonates, for which, despite the severity of disease, there are no effective treatments available. Structural and molecular insights into virus neutralization are urgently needed, especially as clinical cases are on the rise. Toward this goal, we present the first structure of HPeV3 in complex with fragments from a neutralizing monoclonal antibody. At high resolution, it was possible to precisely define the epitope that, when targeted, prevents virions from binding to cells. Such an atomic-level description is useful for understanding host-pathogen interactions and viral pathogenesis mechanisms and for finding potential cures for infection and disease.
リンクJ Virol / PubMed:30463974 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 Å
構造データ

0069

6gv4

EMDB-0069, PDB-6gv4:
High-resolution Cryo-EM of Fab-labeled human parechovirus 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human parechovirus 3 (ウイルス)
キーワードVIRUS (ウイルス) / human parechovirus / antibody (抗体) / RNA (リボ核酸)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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