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タイトルInside and outside of virus-like particles HBc and HBc/4M2e: A comprehensive study of the structure.
ジャーナル・号・ページBiophys Chem, Vol. 293, Page 106943, Year 2023
掲載日2022年12月5日
著者V V Egorov / A V Shvetsov / E B Pichkur / A A Shaldzhyan / Ya A Zabrodskaya / D S Vinogradova / P A Nekrasov / A N Gorshkov / Yu P Garmay / A A Kovaleva / L A Stepanova / L M Tsybalova / T A Shtam / A G Myasnikov / A L Konevega /
PubMed 要旨Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (HBc/4M2e) form virus-like particles whose structure was studied using a combination of ...Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (HBc/4M2e) form virus-like particles whose structure was studied using a combination of molecular modeling and cryo-electron microscopy (cryo-EM). It was also shown that self-assembling of the particles occurs inside bacterial cells, but despite the big inner volume of the core shell particle, purified HBc/4M2e contain an insignificant amount of bacterial proteins. It was shown that a fragment of the M2e corresponding to 4M2e insertion is prone to formation of amyloid-like fibrils. However, as the part of the immunodominant loop, M2e insertion does not show a tendency to intermolecular interaction. A full-atomic HBc-4M2e model with the resolution of about 3 Å (3.13 Å for particles of Т = 4 symmetry, 3.7 Å for particles of Т = 3 symmetry) was obtained by molecular modeling methods based on cryo-EM data.
リンクBiophys Chem / PubMed:36495688
手法EM (単粒子)
解像度3.13 - 4.0 Å
構造データ

15995

8bdz

EMDB-15995, PDB-8bdz:
Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (HBc/4M2e) with T=4 topology
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

16009

8ber

EMDB-16009, PDB-8ber:
Hepatitis B virus core antigen (HBc) with the insertion of four external domains of the influenza A M2 protein (HBc/4M2e) with T=3 topology
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

由来
  • hepatitis b virus (B 型肝炎ウイルス)
  • hepatitis b virus genotype d subtype ayw (isolate france/tiollais/1979) (B型肝炎ウイルス)
  • hepatitis b virus adw/991 (B型肝炎ウイルス)
  • influenza a virus (a/malaya/302/1954(h1n1)) (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza a virus (strain a/malaysia:malaya/302/1954 h1n1) (A型インフルエンザウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / HBc / M2e / VLP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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